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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eun | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N(omega)-hydroxy-L-arginine hydrolase in complex with ABH | ||||||
要素 | N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase | ||||||
キーワード | ANTIBIOTIC / hydrolase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / hydrolase activity, acting on carbon-nitrogen (but not peptide) bonds, in linear amidines / arginase activity / arginine catabolic process to ornithine / antibiotic biosynthetic process / manganese ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Streptomyces lavendulae (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.28 Å | ||||||
データ登録者 | Oda, K. / Matoba, Y. | ||||||
資金援助 | 1件
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引用 | ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2022 タイトル: Catalytic mechanism of DcsB: Arginase framework used for hydrolyzing its inhibitor. 著者: Oda, K. / Sakaguchi, T. / Matoba, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eun.cif.gz | 330.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eun.ent.gz | 273.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eun.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eun_validation.pdf.gz | 5 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eun_full_validation.pdf.gz | 5 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7eun_validation.xml.gz | 26.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eun_validation.cif.gz | 41.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eun ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eun | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 30016.701 Da / 分子数: 2 / 断片: N(omega)-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Streptomyces lavendulae (バクテリア) 遺伝子: dcsB / プラスミド: pET21 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: D2Z025, Nomega-hydroxy-L-arginine amidinohydrolase #2: 化合物 | ChemComp-MN / #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-ABH / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.76 % / Mosaicity: 0.1 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3 / 詳細: PEG 4000, MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月14日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.9 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.28→44.26 Å / Num. obs: 116740 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 3.7 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.073 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.085 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 428211 / Scaling rejects: 239 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdbid 6LUH 解像度: 1.28→44.26 Å / SU ML: 0.09 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 12.41 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 60.07 Å2 / Biso mean: 16.5292 Å2 / Biso min: 5.02 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.28→44.26 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30
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