[日本語] English
万見
- PDB-7euc: Parallel G-quadruplex structure -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7euc
タイトルParallel G-quadruplex structure
要素
  • DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-quadruplex / Four-layer / Parallel / L-serinol / Stable
機能・相同性O-PHOSPHOETHANOLAMINE / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing / molecular dynamics
データ登録者Winnerdy, F.R. / Devi, G. / Ang, J.C.Y. / Lim, K.W. / Phan, A.T.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
National Research Foundation (NRF, Singapore) シンガポール
引用ジャーナル: Acs Nano / 年: 2022
タイトル: Four-Layered Intramolecular Parallel G-Quadruplex with Non-Nucleotide Loops: An Ultra-Stable Self-Folded DNA Nano-Scaffold.
著者: Devi, G. / Winnerdy, F.R. / Ang, J.C.Y. / Lim, K.W. / Phan, A.T.
履歴
登録2021年5月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年6月14日Group: Other / カテゴリ: pdbx_database_status / Item: _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*G)-3')
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,02710
ポリマ－6,0004
非ポリマー1,0276
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 1880.251 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*G)-3')


分子量: 1271.866 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 1576.059 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物
ChemComp-PSE / O-PHOSPHOETHANOLAMINE


分子量: 171.089 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H10NO5P
研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic1H2O NOESY
122isotropic1D2O NOESY

-
試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11 mM DNA (25-MER), 70 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 90% H2O/10% D2OH2O_sample90% H2O/10% D2O
solution21 mM DNA (25-MER), 70 mM potassium chloride, 20 mM potassium phosphate, 100% D2OD2O_sample100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMDNA (25-MER)natural abundance1
70 mMpotassium chloridenatural abundance1
20 mMpotassium phosphatenatural abundance1
1 mMDNA (25-MER)natural abundance2
70 mMpotassium chloridenatural abundance2
20 mMpotassium phosphatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: condition_1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
TopSpinBruker Biospin解析
NMRFAM-SPARKYLee, W., Tonelli, M., Markley, J.L.peak picking
NMRFAM-SPARKYLee, W., Tonelli, M., Markley, J.L.chemical shift assignment
NMRFAM-SPARKYLee, W., Tonelli, M., Markley, J.L.データ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化
手法ソフトェア番号
DGSA-distance geometry simulated annealing6
molecular dynamics7
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る