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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eua | ||||||
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タイトル | X-ray structure of a P93A Monellin mutant | ||||||
要素 | Monellin | ||||||
キーワード | PLANT PROTEIN / W4Y / F19W / P93A / X-ray crystal structure | ||||||
生物種 | Dioscoreophyllum cumminsii (植物) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å | ||||||
データ登録者 | Manjula, R. / Bhatia, S. / Jayant, B. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: X-ray structure of a P93A Monellin mutant 著者: Manjula, R. / Ramaswamy, S. / Gosavi, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eua.cif.gz | 32.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eua.ent.gz | 19.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eua.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7eua_validation.pdf.gz | 1019.6 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7eua_full_validation.pdf.gz | 1019.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7eua_validation.xml.gz | 5.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7eua_validation.cif.gz | 6.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eua ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eu/7eua | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 2o9uS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11409.012 Da / 分子数: 1 / 変異: W4Y, F19W, P93A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Dioscoreophyllum cumminsii (植物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | 配列の詳細 | The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code ...The complete sequence of single chain Monellin has been deposited to NCBI with accession code AFF58925. W4Y, F19W, P93A represent mutations. | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.09 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Ammonium sulfate, 30% PEG 8K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年6月29日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.43→64.94 Å / Num. obs: 3068 / % possible obs: 93.9 % / 冗長度: 6 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 14.3 / Num. measured all: 18402 / Scaling rejects: 14 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2O9U 解像度: 2.43→32.47 Å / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.43 / 位相誤差: 19.26 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 74.74 Å2 / Biso mean: 29.0322 Å2 / Biso min: 11.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.43→32.47 Å
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