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万見
- PDB-7et6: Crystal structure of Arabidopsis TEM1 B3-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7et6
タイトルCrystal structure of Arabidopsis TEM1 B3-DNA complex
要素
  • AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
  • FT-RY14-F
  • FT-RY14-R
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / GENE REGULATION (遺伝子発現の調節) / Flowering time regulation / plant protein (植物) / DNA BINDING PROTEIN (DNA結合タンパク質) / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photoperiodism, flowering / ethylene-activated signaling pathway / cellular response to hypoxia / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / 細胞核
類似検索 - 分子機能
B3 domain-containing transcription factor LEC2-like / AP2/ERF domain superfamily / AP2/ERF domain profile. / DNA-binding domain in plant proteins such as APETALA2 and EREBPs / AP2/ERF domain / AP2 domain / B3 DNA結合ドメイン / B3 DNA結合ドメイン / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA結合ドメイン ...B3 domain-containing transcription factor LEC2-like / AP2/ERF domain superfamily / AP2/ERF domain profile. / DNA-binding domain in plant proteins such as APETALA2 and EREBPs / AP2/ERF domain / AP2 domain / B3 DNA結合ドメイン / B3 DNA結合ドメイン / B3 DNA-binding domain profile. / B3 DNA結合ドメイン / DNA-binding pseudobarrel domain superfamily / DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
デオキシリボ核酸 / DNA (> 10) / AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Hu, H. / Du, J.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: TEM1 combinatorially binds to FLOWERING LOCUS T and recruits a Polycomb factor to repress the floral transition in Arabidopsis.
著者: Hu, H. / Tian, S. / Xie, G. / Liu, R. / Wang, N. / Li, S. / He, Y. / Du, J.
履歴
登録2021年5月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年9月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
A: AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1
E: FT-RY14-F
F: FT-RY14-R


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9834
ポリマ－37,9834
非ポリマー00
水41423
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3970 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area16340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.760, 68.760, 162.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322

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要素

#1: タンパク質 AP2/ERF and B3 domain-containing transcription repressor TEM1 / Protein TEMPRANILLO 1 / RAV1-like ethylene-responsive transcription factor TEM1


分子量: 14402.643 Da / 分子数: 2 / 断片: B3 domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: TEM1, At1g25560, F2J7.3 / プラスミド: psumo / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DE3 / Variant (発現宿主): Rosseta / 参照: UniProt: Q9C6M5
#2: DNA鎖 FT-RY14-F


分子量: 4568.985 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖 FT-RY14-R


分子量: 4609.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.5 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MgAc, 0.1 M MES pH 6.5, 10% PEG 10000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 12666 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.6 % / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.072 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.988 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 1227 / CC1/2: 0.513 / CC star: 0.824 / Rpim(I) all: 0.446

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LDW

4ldw


解像度: 2.7→36.231 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 27.81 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2664 518 4.96 %
Rwork0.232 9919 -
obs0.2338 10437 91.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 140.86 Å2 / Biso mean: 63.2222 Å2 / Biso min: 22.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→36.231 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1757 609 0 23 2389
Biso mean---44.91 -
残基数----241
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.7-2.97120.3799910.3229179569
2.9712-3.40090.28471270.2579264299
3.4009-4.28370.26171310.222684100
4.2837-100.24711690.2172279899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.32420.37780.10323.9382.19843.5340.09781.3587-0.8188-1.4601-0.06150.52090.7453-0.8861-0.00371.047-0.088-0.22041.2283-0.25920.529216.16889.6252-56.2092
25.45940.1992-3.6895.25381.02714.43440.25540.0920.5226-0.21460.08090.0853-0.3721-0.2256-0.37520.26550.06310.00230.1974-0.05160.360720.699822.2391-40.5853
32.96430.38332.02692.16640.34981.3890.13541.43110.22-1.4075-0.09931.3254-0.0594-1.1971-0.00620.58610.1279-0.31730.95040.09540.57319.274619.13-49.4837
40.163-0.19470.15524.4819-2.37061.98840.06190.28730.3252-0.29840.33031.0450.2653-0.6344-0.37820.66340.3211-0.1762.1863-0.35070.91433.269611.3015-44.8635
56.40463.00180.16637.2215-1.6778.6023-0.24830.7088-1.1745-0.8065-0.0483-0.31221.64950.12720.30590.58950.01470.02470.5937-0.24920.540418.21143.7699-45.0111
67.33770.1608-0.46442.1569-0.38277.0666-0.0105-0.0446-0.16040.0235-0.13131.08610.3391-0.86540.11610.2859-0.0971-0.09380.5057-0.17060.429212.188311.7013-39.8327
75.85962.4498-0.41146.7051-0.94387.6114-0.05590.10370.3082-0.0416-0.1910.1794-0.22020.24920.23710.24990.0501-0.0120.54470.02740.102319.245416.4672-41.351
80.4639-1.04070.42732.61680.38076.82590.26780.3556-0.4665-0.1428-0.50460.77411.4223-0.87020.14940.7764-0.0385-0.15511.3726-0.53380.69313.3153.9151-52.9363
91.4253-1.141-0.19741.96611.44148.94690.1590.433-0.2363-0.3643-0.0938-0.15290.2150.73130.01620.44550.2268-0.08631.3304-0.38470.518924.451512.3054-51.8338
100.28720.0717-0.08624.80711.0014.0688-0.0286-0.5117-0.87550.68020.0274-1.14850.90860.3886-0.00690.67130.146-0.01990.43960.20450.774720.3718.2813-2.7658
115.49142.19820.42916.48294.16424.3321-0.18120.1315-0.5299-1.02270.0591-0.50750.18430.22540.10110.60460.07140.18660.2297-0.06440.380916.247925.8102-15.4196
121.7176-0.00020.45416.98911.79240.8151-0.0105-0.2857-1.02060.54340.1065-0.76460.89350.287-0.05120.80430.19720.24610.31970.11180.886217.719911.463-7.2691
135.5126-0.49831.84755.01251.61324.8307-0.25440.3316-2.14680.72790.3690.00721.83910.2863-0.10091.07040.12560.28970.5606-0.04641.23556.40258.1736-10.2801
142.29932.44441.11493.50661.06712.5643-0.221-0.526-0.79151.21640.457-0.19010.35870.0857-0.24170.84580.25050.11460.55880.07250.54445.993822.43120.4188
155.0573-2.9944-0.18057.1355.12095.4272-0.06850.3069-0.87410.3053-0.4240.40430.5482-0.30270.53750.740.07380.3560.35930.04850.56436.891917.4519-9.8117
163.8324-1.11730.99383.54013.07494.29440.18870.7673-0.9495-0.1165-0.2688-0.02440.42870.21720.03060.82150.17360.32520.3622-0.08120.634711.55714.1149-15.6134
174.2954.5015-0.96949.81220.48347.1096-0.2958-0.12040.36510.66540.34890.9893-0.1575-0.4773-0.07750.45530.06780.12090.25560.08780.39729.568529.706-7.7661
185.09865.2622-1.19277.9146-2.88434.47210.0499-0.7728-1.02171.0329-0.2563-0.6650.19620.27430.24220.71770.2719-0.01220.35020.1170.509917.565724.9172-2.8571
193.98620.89260.88893.5173-2.6334.63630.2796-1.2277-1.14330.8283-0.2485-0.21290.14270.08170.0181.5220.3956-0.05850.82050.27870.623613.095820.46734.0263
204.2818-1.9076-0.73312.64990.66861.9754-0.06170.556-0.23230.5888-0.10870.20750.02130.14090.14420.43390.2415-0.01260.4098-0.01580.774514.678419.9316-22.7165
210.2097-0.0124-0.25220.2220.12410.3668-0.08420.0214-0.27820.1026-0.07150.00480.22760.0470.08990.30820.61250.0250.4838-0.31720.910715.970516.6408-23.3304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'D' and (resid 189 through 198 )D189 - 198
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'D' and (resid 199 through 209 )D199 - 209
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'D' and (resid 210 through 218 )D210 - 218
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 219 through 239 )D219 - 239
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 240 through 250 )D240 - 250
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 251 through 259 )D251 - 259
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 260 through 284 )D260 - 284
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 285 through 297 )D285 - 297
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 298 through 307 )D298 - 307
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 194 through 198 )A194 - 198
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 199 through 209 )A199 - 209
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 210 through 220 )A210 - 220
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'A' and (resid 221 through 239 )A221 - 239
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'A' and (resid 240 through 250 )A240 - 250
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'A' and (resid 251 through 259 )A251 - 259
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'A' and (resid 260 through 270 )A260 - 270
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'A' and (resid 271 through 278 )A271 - 278
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'A' and (resid 279 through 290 )A279 - 290
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'A' and (resid 291 through 306 )A291 - 306
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'E' and (resid 1 through 15 )E1 - 15
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'F' and (resid 1 through 15 )F1 - 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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