PDB-7esq: Structure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomo...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7esq

タイトル

Structure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomonas aeruginosa phage phiYY

要素

Packaging NTPase

キーワード

HYDROLASE / Cystoviruses / phiYY P4 / NTPase / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

Packaging enzyme P4 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / viral genome packaging / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PYROPHOSPHATE / Packaging NTPase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas phage phiYY (ファージ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Zhang, C.Y. / Jin, T.C.

引用

ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Structure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomonas aeruginosa phage phiYY.
著者: Zhang, C. / Li, Y. / Samad, A. / Zheng, P. / Ji, Z. / Chen, F. / Zhang, H. / Jin, T.

履歴

登録	2021年5月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年3月23日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7esq.cif.gz	120.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7esq.ent.gz	90.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7esq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7esq_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7esq_full_validation.pdf.gz	1.9 MB	表示
XML形式データ	7esq_validation.xml.gz	23.3 KB	表示
CIF形式データ	7esq_validation.cif.gz	33.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/es/7esq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7esoC 7espC 7esvC 4blpS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Packaging NTPase

B: Packaging NTPase

ヘテロ分子

75.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Packaging NTPase

B: Packaging NTPase

ヘテロ分子

A: Packaging NTPase

B: Packaging NTPase

ヘテロ分子

A: Packaging NTPase

B: Packaging NTPase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
227 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	170.260, 170.260, 170.260
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	199
Space group name H-M	I2₁3

#1: タンパク質	Packaging NTPase 分子量: 37338.531 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiYY (ファージ) 遺伝子: phiYY_sL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9AK63
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-PPV / PYROPHOSPHATE / ピロりん酸分子量: 177.975 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: H₄O₇P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 254 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.34 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.9 詳細: 200 mM NH4 tartrate, 20% PEG2000 MME, phosphate pH 7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→40.13 Å / Num. obs: 687024 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 9.8 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 26.68
反射シェル	解像度: 1.85→1.96 Å / Num. unique obs: 112408 / CC_1/2: 0.718

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.18.2_3874	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4blp

4blp

解像度: 1.85→40.13 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.35 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2041	3479	4.99 %
R_work	0.1855	66252	-
obs	0.1864	69731	99.72 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 102.12 Å² / B_iso mean: 45.7793 Å² / B_iso min: 29.13 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.85→40.13 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3899	0	48	254	4201
B_iso mean	-	-	51.47	49.61	-
残基数	-	-	-	-	528

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.85-1.87	0.376	130	0.322	2473	2603	94
1.87-1.9	0.2817	138	0.2706	2635	2773	100
1.9-1.93	0.3358	140	0.2766	2663	2803	100
1.93-1.96	0.2514	140	0.2396	2633	2773	100
1.96-1.99	0.2697	138	0.2265	2643	2781	100
1.99-2.02	0.2333	139	0.2138	2636	2775	100
2.03-2.06	0.2423	142	0.2155	2638	2780	100
2.06-2.1	0.249	136	0.2125	2636	2772	100
2.1-2.14	0.2015	136	0.1979	2624	2760	100
2.14-2.19	0.2099	142	0.19	2652	2794	100
2.19-2.24	0.2475	141	0.2043	2668	2809	100
2.24-2.3	0.222	138	0.2007	2607	2745	100
2.3-2.36	0.2297	142	0.1984	2651	2793	100
2.36-2.43	0.2414	140	0.2049	2679	2819	100
2.43-2.51	0.2067	139	0.204	2627	2766	100
2.51-2.6	0.2228	138	0.2045	2639	2777	100
2.6-2.7	0.2134	137	0.2025	2668	2805	100
2.7-2.82	0.2287	137	0.2061	2649	2786	100
2.83-2.97	0.2373	139	0.2021	2674	2813	100
2.97-3.16	0.2388	136	0.1935	2650	2786	100
3.16-3.4	0.1925	142	0.1913	2691	2833	100
3.41-3.75	0.177	139	0.1764	2666	2805	100
3.75-4.29	0.1762	137	0.1599	2669	2806	100
4.29-5.39	0.1902	146	0.1586	2697	2843	100
5.4-40.13	0.1766	147	0.1719	2784	2931	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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