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万見
- PDB-7eso: Structure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eso
タイトルStructure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomonas aeruginosa phage phiYY
要素Packaging NTPase
キーワードHYDROLASE / Cystoviruses / phiYY P4 / NTPase / VIRAL PROTEIN
機能・相同性Packaging enzyme P4 / ATPase P4 of dsRNA bacteriophage phi-12 / viral genome packaging / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / metal ion binding / Packaging NTPase
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas phage phiYY (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Zhang, C.Y. / Jin, T.C.
引用ジャーナル: Int.J.Biol.Macromol. / 年: 2022
タイトル: Structure and mutation analysis of the hexameric P4 from Pseudomonas aeruginosa phage phiYY.
著者: Zhang, C. / Li, Y. / Samad, A. / Zheng, P. / Ji, Z. / Chen, F. / Zhang, H. / Jin, T.
履歴
登録2021年5月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Packaging NTPase
B: Packaging NTPase
H: Packaging NTPase
G: Packaging NTPase
C: Packaging NTPase
D: Packaging NTPase
E: Packaging NTPase
F: Packaging NTPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,5758
ポリマ－301,5758
非ポリマー00
水4,414245
1
A: Packaging NTPase
B: Packaging NTPase
C: Packaging NTPase
D: Packaging NTPase
E: Packaging NTPase
F: Packaging NTPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,1816
ポリマ－226,1816
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area17750 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area57930 Å2
手法PISA
2
H: Packaging NTPase
G: Packaging NTPase

H: Packaging NTPase
G: Packaging NTPase

H: Packaging NTPase
G: Packaging NTPase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)226,1816
ポリマ－226,1816
非ポリマー00
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area17540 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area58030 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)241.075, 241.075, 152.950
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質
Packaging NTPase


分子量: 37696.875 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas phage phiYY (ファージ)
遺伝子: phiYY_sL4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9AK63
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 245 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 600 mM K/Na tartrate, 100 mM Tris-HCl pH 8.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→41.13 Å / Num. obs: 242159 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 10.2 % / CC1/2: 0.995 / Rrim(I) all: 0.167 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 62177 / CC1/2: 0.694 / Rrim(I) all: 0.12
Serial crystallography sample delivery手法: injection

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4blp

4blp


解像度: 2.45→41.13 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 22.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2076 12121 5.01 %
Rwork0.1803 229745 -
obs0.1817 241866 99.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 135.95 Å2 / Biso mean: 58.4117 Å2 / Biso min: 28.68 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→41.13 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15452 0 0 245 15697
Biso mean---50.36 -
残基数----2092
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.45-2.480.33654580.28677928250100
2.48-2.510.30393540.257277208074100
2.51-2.540.27774000.246676058005100
2.54-2.570.27424120.239677638175100
2.57-2.610.27934160.241475347950100
2.61-2.640.25664280.236278228250100
2.64-2.680.29443660.244875597925100
2.68-2.720.25664270.222776188045100
2.72-2.760.26743790.232376708049100
2.76-2.810.23834260.223676468072100
2.81-2.860.26874190.214476408059100
2.86-2.910.283680.216577438111100
2.91-2.960.24174280.206976428070100
2.96-3.030.24283900.202877208110100
3.03-3.090.26784060.206177128118100
3.09-3.160.23094060.21175787984100
3.16-3.240.24693610.207477218082100
3.24-3.330.23864030.211376938096100
3.33-3.430.2353990.20776098008100
3.43-3.540.25094270.203577618188100
3.54-3.660.23523600.19357602796299
3.66-3.810.19624260.18197627805399
3.81-3.980.18744090.17757555796499
3.98-4.190.17273970.14987585798299
4.19-4.460.1713840.14267587797199
4.46-4.80.16534070.131277128119100
4.8-5.280.15524260.148976748100100
5.28-6.040.20994180.15875858003100
6.05-7.610.19094110.157976428053100
7.61-41.130.12874100.13817628803899
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -49.6075 Å / Origin y: -30.9441 Å / Origin z: -57.5306 Å
111213212223313233
T0.3482 Å20.0162 Å2-0.0393 Å2-0.3561 Å2-0.0066 Å2--0.3674 Å2
L0.3003 °20.0413 °2-0.1542 °2-0.2279 °2-0.0061 °2--0.3356 °2
S-0.0691 Å °0.0747 Å °0.0564 Å °0.0658 Å °0.056 Å °0.0301 Å °0.0578 Å °-0.1071 Å °0.0134 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA28 - 296
2X-RAY DIFFRACTION1allB28 - 288
3X-RAY DIFFRACTION1allH28 - 296
4X-RAY DIFFRACTION1allG28 - 288
5X-RAY DIFFRACTION1allC28 - 296
6X-RAY DIFFRACTION1allD28 - 288
7X-RAY DIFFRACTION1allE28 - 296
8X-RAY DIFFRACTION1allF28 - 288
9X-RAY DIFFRACTION1allI1 - 245

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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