+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7erp | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The regulatory domain of YeiE, a sulfite sensing LysR-type transcriptional regulator from Cronobacter sakazakii (sulfite-bound form) | ||||||
![]() | LysR family transcriptional regulator | ||||||
![]() | DNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcriptional regulator / LTTR / Cronobacter sakazakii / sulfite | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Hong, S. / Ha, N.-C. | ||||||
資金援助 | ![]()
| ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structures of YeiE from Cronobacter sakazakii and the role of sulfite tolerance in gram-negative bacteria. 著者: Hong, S. / Kim, J. / Cho, E. / Na, S. / Yoo, Y.J. / Cho, Y.H. / Ryu, S. / Ha, N.C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204.1 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 131.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 30.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 42.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7erqC ![]() 7fdfC C: 同じ文献を引用 ( |
---|---|
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
2 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23263.971 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: sulfite 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: YeiE / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-SO3 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.5 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M 2-(N-morpholino)ethanesulfonic acid (MES) pH 7.0, 6% (v/v) polyethylene glycol (PEG) 20000, 2mM Tris (2-carboxyethyl) phosphine (TCEP) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月30日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 58388 / % possible obs: 95.8 % / 冗長度: 7.7 % / Biso Wilson estimate: 20.27 Å2 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Rpim(I) all: 0.026 / Net I/σ(I): 18.06 |
反射 シェル | 解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.579 / Mean I/σ(I) obs: 2.53 / Num. unique obs: 2956 / CC star: 0.817 / Rpim(I) all: 0.188 / % possible all: 98.8 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: sequence based generated model 解像度: 2.03→32.28 Å / SU ML: 0.2945 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.49 / 位相誤差: 29.7524 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 29.56 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.03→32.28 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|