PDB-7ern: Crystal structure of D-allulose 3-epimerase with D-fructose from ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ern

タイトル

Crystal structure of D-allulose 3-epimerase with D-fructose from Agrobacterium sp. SUL3

要素

D-tagatose 3-epimerase

キーワード

ISOMERASE / D-allulose / rare sugar / Agrobacterium sp. SUL3 / D-allulose 3-epimerase

機能・相同性

Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / D-fructose / D-tagatose 3-epimerase

機能・相同性情報

生物種

Agrobacterium sp. SUL3 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Zhu, Z.L. / Miyakawa, T. / Tanokura, M. / Lu, F.P. / Qin, H.-M.

引用

ジャーナル: Adv Sci / 年: 2024
タイトル: Growth-Coupled Evolutionary Pressure Improving Epimerases for D-Allulose Biosynthesis Using a Biosensor-Assisted In Vivo Selection Platform
著者: Li, C. / Gao, H. / Li, H. / Wang, T. / Lu, F.P. / Qin, H.-M.

履歴

登録	2021年5月6日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.2	2024年2月7日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ern.cif.gz	525.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ern.ent.gz	359.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ern.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ern ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7ern	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7ermC 7eroC 7dz2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (3)

登録構造単位

A: D-tagatose 3-epimerase

B: D-tagatose 3-epimerase

C: D-tagatose 3-epimerase

D: D-tagatose 3-epimerase

ヘテロ分子

123 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	66.191, 97.953, 160.172
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質	D-tagatose 3-epimerase 分子量: 30585.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Agrobacterium sp. SUL3 (バクテリア) 遺伝子: AKG12_23230 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta 参照: UniProt: A0A0L6K0Q2, 異性化酵素; ラセマーゼ・エピメラーゼ（光学異性の転換）; 炭水化物およびその類縁体に作用
#2: 糖	ChemComp-FUD / D-fructose / フルクト-スタイプ: D-saccharide / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 349 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.82 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris pH=8.5, 30% PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年10月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.05→46.88 Å / Num. obs: 66104 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / B_iso Wilson estimate: 33.81 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.037 / R_rim(I) all: 0.097 / Net I/σ(I): 14.1
反射シェル	解像度: 2.05→2.1 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4343 / CC_1/2: 0.75 / R_pim(I) all: 0.43

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7DZ2

7dz2

解像度: 2.05→46.84 Å / SU ML: 0.2087 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.8156
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2097	3340	5.06 %
R_work	0.1601	62675	-
obs	0.1626	66015	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 41.11 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.05→46.84 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8592	0	40	349	8981

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0069	8820
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8139	11971
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0486	1313
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0047	1574
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	9.4188	1221

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.05-2.08	0.3237	143	0.2539	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.13
2.08-2.11	0.3	136	0.24	2576	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.11-2.14	0.2533	110	0.2239	2602	X-RAY DIFFRACTION	99.34
2.14-2.18	0.2898	139	0.2117	2544	X-RAY DIFFRACTION	99.85
2.18-2.22	0.2513	163	0.2039	2551	X-RAY DIFFRACTION	99.49
2.22-2.26	0.2532	134	0.1896	2587	X-RAY DIFFRACTION	100
2.26-2.3	0.3213	135	0.1873	2566	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.3-2.35	0.2443	136	0.1853	2596	X-RAY DIFFRACTION	99.93
2.35-2.4	0.2344	130	0.1888	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.78
2.4-2.45	0.2537	132	0.1853	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.45-2.51	0.2255	139	0.183	2588	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.51-2.58	0.2929	134	0.1872	2585	X-RAY DIFFRACTION	99.89
2.58-2.66	0.2245	131	0.1862	2611	X-RAY DIFFRACTION	100
2.66-2.74	0.2372	133	0.198	2606	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.74-2.84	0.2593	120	0.1879	2624	X-RAY DIFFRACTION	99.96
2.84-2.96	0.2624	155	0.1881	2573	X-RAY DIFFRACTION	99.82
2.96-3.09	0.2525	137	0.1771	2607	X-RAY DIFFRACTION	99.82
3.09-3.25	0.2424	147	0.1814	2620	X-RAY DIFFRACTION	99.89
3.25-3.46	0.2174	137	0.1675	2629	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.46-3.72	0.1862	157	0.1388	2609	X-RAY DIFFRACTION	99.86
3.72-4.1	0.1721	146	0.1195	2653	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.1-4.69	0.1349	140	0.1079	2666	X-RAY DIFFRACTION	99.86
4.69-5.91	0.1591	149	0.1318	2683	X-RAY DIFFRACTION	99.86
5.91-46.84	0.1692	157	0.1407	2814	X-RAY DIFFRACTION	99.8

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.158112938165	-0.0895079206006	-0.0683087294669	0.525665867038	-0.559767213398	0.548843751756	0.0110731569135	0.107699414164	0.0574299076004	0.106355482561	-0.0812785153177	0.0775989683004	-0.121570326593	-0.107357772273	5.34877557475E-5	0.311894438802	0.0131073258433	-0.012465590345	0.229567791822	0.0141070777612	0.292610312603	-27.4350476975	22.9633645727	-12.273274945
2	0.569505065413	-0.149434646634	0.0114043560456	0.296940042024	-0.187077586088	0.97070932196	0.0154429119092	0.119455706433	-0.0182652775647	-0.0534947504484	-0.0827815130826	0.00344901625485	0.0723731773268	0.0748474100622	-2.38956383503E-5	0.261424378645	0.0251024820285	0.0243105196411	0.246099280212	-0.0126761581989	0.2357226225	-21.6372466234	4.18994589318	-9.6648802566
3	0.0473172215633	-0.00605430904225	0.0262341259408	0.0401473064976	-0.0326020404711	-0.00222290065873	-0.120609198517	0.205785909732	0.321052507462	-0.145195649215	0.124909794403	0.259263956873	0.0235183250052	-0.258721540743	-0.000476773525944	0.40527662307	0.00440799497324	-0.030625659594	0.395925029331	-0.000998240991733	0.395605275541	-40.8201070633	11.1944821957	-4.79499019198
4	0.10230726682	-0.00264692424243	-0.137441576759	0.0489203805721	-0.150755525121	0.261719175131	-0.226094542103	-0.0726178231661	0.367331426422	0.148086841578	-0.0530416220776	-0.111635093	-0.455046457227	0.107142074936	0.000339368443654	0.322201305719	-0.00294395244984	-0.0347048443191	0.209024753646	0.00663732165577	0.278912896345	-24.0624857799	19.2957937849	7.27044922717
5	0.568320523571	0.245184975947	0.00943209228187	0.346439591934	-0.0830435217717	0.0424569257941	0.0490573601967	-0.323969746173	-0.852632950662	0.230961049773	-0.296477566061	-0.250535997117	0.128085279944	0.164327172409	-0.0156435516497	0.334095039206	0.0314888985807	0.00111377049887	0.397146875269	0.156471157386	0.554786062847	-1.51884052857	-13.9649117852	32.7246427414
6	0.444814432239	0.380292146786	-0.300724427251	0.641008080641	-0.284174407744	0.204645537368	0.0734329522208	-0.290109599457	-0.0934977778705	0.117649227128	-0.195779006037	-0.146515620274	-0.096848498563	0.281502158664	-4.28238099692E-5	0.227357194419	-0.0303696991862	-0.0397548105606	0.408084439228	0.0756817963648	0.321852993859	2.82018365106	6.3628044296	33.4152470597
7	0.0801968427432	0.0481741087548	0.114450846465	0.200526848609	-0.0621308649755	0.130010124621	0.127683721414	-0.185050726235	0.0966215484556	0.0188579635585	-0.164132961632	0.0884644887882	-0.0598390879844	0.0488321575652	-0.000169839287898	0.217547006355	-0.000670110809594	-0.00499287733406	0.285011624561	0.0370339065226	0.25691405658	-3.18024509947	8.65063311171	23.9572313111
8	0.350163218685	0.0359576199425	0.257665713246	0.536404493207	0.0291805123113	0.207178393288	0.00024349683076	-0.0893844454813	-0.0134959107456	0.0279527621845	-0.0475960714901	-0.0380353569984	0.0209281289733	-0.0158348679334	1.79955081593E-5	0.199328929036	0.0157569645989	0.00221367053295	0.247178443849	0.00896907218587	0.237282783536	-13.074795338	-0.289849568063	25.5976059904
9	0.158753615933	-0.0903186067366	0.0942450783139	0.0817316608281	0.0215131250007	0.0991334235912	0.0845495764274	0.00138671836427	-0.164316928326	-0.0879557845637	0.00842158830269	-0.0619744854849	0.525491750286	0.0238796816642	-0.000954936621805	0.377526980608	0.0385267967413	0.026148512547	0.251267028329	-0.00734389978263	0.323471816905	-15.3711133454	-10.4752366193	18.4606523893
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精密化 TLSグループ

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14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 157 through 171 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 172 through 218 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 219 through 237 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 238 through 260 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 261 through 284 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 1 through 29 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 30 through 57 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 58 through 116 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 117 through 137 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 138 through 156 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 157 through 184 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 185 through 204 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 205 through 218 )
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 219 through 237 )
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 238 through 260 )
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 261 through 283 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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