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Yorodumi- PDB-7erm: Crystal structure of D-allulose 3-epimerase from Agrobacterium sp... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7erm | ||||||
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Title | Crystal structure of D-allulose 3-epimerase from Agrobacterium sp. SUL3 | ||||||
Components | D-tagatose 3-epimerase | ||||||
Keywords | ISOMERASE / D-allulose / rare sugar / Agrobacterium sp. SUL3 / D-allulose 3-epimerase | ||||||
Function / homology | Xylose isomerase-like, TIM barrel domain / Xylose isomerase-like TIM barrel / Xylose isomerase-like superfamily / D-tagatose 3-epimerase Function and homology information | ||||||
Biological species | Agrobacterium sp. SUL3 (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.32 Å | ||||||
Authors | Zhu, Z.L. / Miyakawa, T. / Tanokura, M. / Lu, F.P. / Qin, H.-M. | ||||||
Citation | Journal: Adv Sci / Year: 2024 Title: Growth-Coupled Evolutionary Pressure Improving Epimerases for D-Allulose Biosynthesis Using a Biosensor-Assisted In Vivo Selection Platform Authors: Li, C. / Gao, H. / Li, H. / Wang, T. / Lu, F.P. / Qin, H.-M. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7erm.cif.gz | 521 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7erm.ent.gz | 358.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7erm.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7erm_validation.pdf.gz | 3.8 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7erm_full_validation.pdf.gz | 3.9 MB | Display | |
Data in XML | 7erm_validation.xml.gz | 39.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7erm_validation.cif.gz | 55.6 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/er/7erm | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ernC 7eroC 7dz2S S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: Protein | Mass: 30471.295 Da / Num. of mol.: 4 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Agrobacterium sp. SUL3 (bacteria) / Gene: AKG12_23230 / Production host: Escherichia coli BL21(DE3) (bacteria) / Strain (production host): BL21(DE3) / Variant (production host): Rosetta / References: UniProt: A0A0L6K0Q2 #2: Chemical | ChemComp-MG / #3: Chemical | ChemComp-SO4 / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.23 Å3/Da / Density % sol: 44.9 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, sitting drop Details: 0.2M Magnesium chloride, 0.1M Tris pH=8.5, 30% PEG 4000 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 95 K / Serial crystal experiment: N |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: AR-NE3A / Wavelength: 1 Å |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Feb 16, 2020 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2.32→47.19 Å / Num. obs: 89663 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 13.1 % / Biso Wilson estimate: 39.07 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.051 / Rrim(I) all: 0.184 / Net I/σ(I): 11.1 |
Reflection shell | Resolution: 2.32→2.4 Å / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 4570 / Rpim(I) all: 0.437 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 7DZ2 Resolution: 2.32→47.19 Å / SU ML: 0.2926 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 0.01 / Phase error: 26.197 Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 46.11 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.32→47.19 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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