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- PDB-7eqv: Crystal structure of JMJD2A complexed with 3,4-dihydroxybenzoic acid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqv
タイトルCrystal structure of JMJD2A complexed with 3,4-dihydroxybenzoic acid
要素Lysine-specific demethylase 4A
キーワードOXIDOREDUCTASE / Human histone lysine demethylase 4A / Lysine-specific demethylase 4A / KDM4A / JMJD2A / 3 / 4-dihydroxybenzoic acid / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation ...[histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase / histone H3K36me2/H3K36me3 demethylase activity / apoptotic chromosome condensation / histone H4K20me2 reader activity / histone H3K36 demethylase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase / histone H3K9me2/H3K9me3 demethylase activity / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of astrocyte differentiation / histone demethylase activity / pericentric heterochromatin / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / positive regulation of neuron differentiation / negative regulation of autophagy / response to nutrient levels / HDMs demethylate histones / fibrillar center / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / regulation of gene expression / chromatin remodeling / negative regulation of gene expression / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / chromatin / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase 4, Tudor domain / Jumonji domain-containing protein 2A Tudor domain / Tudor domain / Tudor domain / PHD-finger / PHD-zinc-finger like domain / JmjN domain / jmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / Extended PHD (ePHD) domain / Extended PHD (ePHD) domain profile. / JmjC domain, hydroxylase / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / NICKEL (II) ION / Lysine-specific demethylase 4A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Fang, W.-K. / Yang, S.-M. / Wang, W.-C.
引用ジャーナル: J.Biomed.Sci. / 年: 2022
タイトル: Natural product myricetin is a pan-KDM4 inhibitor which with poly lactic-co-glycolic acid formulation effectively targets castration-resistant prostate cancer.
著者: Liu, J.S. / Fang, W.K. / Yang, S.M. / Wu, M.C. / Chen, T.J. / Chen, C.M. / Lin, T.Y. / Liu, K.L. / Wu, C.M. / Chen, Y.C. / Chuu, C.P. / Wang, L.Y. / Hsieh, H.P. / Kung, H.J. / Wang, W.C.
履歴
登録2021年5月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,8875
ポリマ－40,5731
非ポリマー3144
水2,702150
1
A: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子

A: Lysine-specific demethylase 4A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,77410
ポリマ－81,1472
非ポリマー6278
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555x-y,-y,-z+2/31
Buried area1260 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area31730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)149.396, 149.396, 62.175
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-611-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 4A / JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / ...JmjC domain-containing histone demethylation protein 3A / Jumonji domain-containing protein 2A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(36) demethylase 4A / [histone H3]-trimethyl-L-lysine(9) demethylase 4A


分子量: 40573.332 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM4A, JHDM3A, JMJD2, JMJD2A, KIAA0677 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O75164, [histone H3]-trimethyl-L-lysine9 demethylase, [histone H3]-trimethyl-L-lysine36 demethylase

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非ポリマー , 5種, 154分子

#2: 化合物 ChemComp-DHB / 3,4-DIHYDROXYBENZOIC ACID / プロトカテク酸


分子量: 154.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.08 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 15% PEG3350, 0.1 M HEPES pH 7.5, 0.2M NaCl, 277 K, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.97622 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2018年12月10日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled, Fixed-Exit Double Crystal Monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97622 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→129.38 Å / Num. obs: 24683 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 17.8 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Rpim(I) all: 0.017 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 0.976 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.69120.68723520.9080.1920.7160.87996.1
2.69-2.8160.62424520.9690.1590.6450.89199.9
2.8-2.9318.70.48624480.9840.1150.4990.896100
2.93-3.0819.20.27424580.9950.0640.2820.927100
3.08-3.2819.20.1724540.9970.040.1750.951100
3.28-3.5319.20.11224710.9990.0260.1150.989100
3.53-3.88190.07424770.9990.0180.0771.004100
3.88-4.4418.80.05524890.9990.0130.0561.071100
4.44-5.5918.30.05125020.9990.0120.0531.371100
5.59-3017.30.03258010.0070.0310.72399.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.6 Å29.68 Å
Translation2.6 Å29.68 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4BIS

4bis


解像度: 2.6→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 7.041 / SU ML: 0.143 / SU R Cruickshank DPI: 0.2499 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.25 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.222 1112 4.9 %RANDOM
Rwork0.1681 ---
obs0.1706 21751 92.39 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.29 Å2 / Biso mean: 43.64 Å2 / Biso min: 3.6 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.01 Å20 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2799 0 14 150 2963
Biso mean--76.14 36.75 -
残基数----340
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0192895
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9591.9473918
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.94836086
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2225339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.49323.143140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.52715492
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.1611519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2399
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213194
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02649
LS精密化 シェル解像度: 2.602→2.67 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 50 -
Rwork0.253 813 -
all-863 -
obs--47.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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