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- PDB-7eqh: Crystal structure of Arabidopsis GUN2/HO1 in complex with heme -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqh
タイトルCrystal structure of Arabidopsis GUN2/HO1 in complex with heme
要素Heme oxygenase 1, chloroplastic
キーワードOXIDOREDUCTASE / Arabidopsis / GUN2 / heme oxygenase / heme metabolism / heme / biliverdin
機能・相同性
機能・相同性情報


chloroplast-nucleus signaling pathway / regulation of meristem growth / phytochromobilin biosynthetic process / carotenoid biosynthetic process / regulation of stomatal movement / flavonoid biosynthetic process / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / cellular response to UV-C ...chloroplast-nucleus signaling pathway / regulation of meristem growth / phytochromobilin biosynthetic process / carotenoid biosynthetic process / regulation of stomatal movement / flavonoid biosynthetic process / heme oxygenase (biliverdin-producing) / heme oxidation / heme oxygenase (decyclizing) activity / cellular response to UV-C / photosynthesis / chloroplast / heme binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Haem oxygenase (decyclizing), plant / Haem oxygenase / Haem oxygenase-like / Heme oxygenase / Haem oxygenase-like, multi-helical
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Heme oxygenase 1, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Li, X. / Wang, J. / Liu, L.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31800251 中国
引用ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2022
タイトル: Enzymological and structural characterization of Arabidopsis thaliana heme oxygenase-1.
著者: Wang, J. / Li, X. / Chang, J.W. / Ye, T. / Mao, Y. / Wang, X. / Liu, L.
履歴
登録2021年5月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年11月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heme oxygenase 1, chloroplastic
B: Heme oxygenase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7104
ポリマ－55,4772
非ポリマー1,2332
水2,972165
1
A: Heme oxygenase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3552
ポリマ－27,7381
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10890 Å2
手法PISA
2
B: Heme oxygenase 1, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3552
ポリマ－27,7381
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1250 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area10770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.622, 84.759, 92.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...
21(chain B and (resid 71 through 88 or (resid 89...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERVALVAL(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...AA71 - 11325 - 67
12GLYGLYLEULEU(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...AA115 - 16069 - 114
13GLUGLUGLUGLU(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...AA161115
14SERSERSERSER(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...AA71 - 28225 - 236
15SERSERSERSER(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...AA71 - 28225 - 236
16SERSERSERSER(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...AA71 - 28225 - 236
17SERSERSERSER(chain A and (resid 71 through 113 or resid 115...AA71 - 28225 - 236
21SERSERLYSLYS(chain B and (resid 71 through 88 or (resid 89...BB71 - 8825 - 42
22ASPASPASPASP(chain B and (resid 71 through 88 or (resid 89...BB8943
23SERSERSERSER(chain B and (resid 71 through 88 or (resid 89...BB71 - 28225 - 236
24SERSERSERSER(chain B and (resid 71 through 88 or (resid 89...BB71 - 28225 - 236
25SERSERSERSER(chain B and (resid 71 through 88 or (resid 89...BB71 - 28225 - 236
26SERSERSERSER(chain B and (resid 71 through 88 or (resid 89...BB71 - 28225 - 236

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要素

#1: タンパク質 Heme oxygenase 1, chloroplastic / AtHO1 / Protein GENOMES UNCOUPLED 2 / Protein REVERSAL OF THE DET PHENOTYPE 4


分子量: 27738.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: HO1, GUN2, HY1, HY6, TED4, At2g26670, F18A8.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O48782, heme oxygenase (biliverdin-producing)
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 165 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.95 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.17 M Ammonium acetate, 0.085 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25.5% w/v Polyethylene glycol 4000, 15% v/v Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 27162 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.131 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.142 / Χ2: 0.893 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 197106
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRmerge(I) obsRrim(I) all
2.2-2.287.426860.850.5870.973100
2.28-2.377.526800.9340.3540.7671000.910.977
2.37-2.487.626490.9570.2670.7851000.6880.739
2.48-2.617.626890.9670.2130.8591000.5460.587
2.61-2.777.526840.9780.1620.9691000.4130.444
2.77-2.997.527120.9870.1070.9191000.2730.294
2.99-3.297.427120.9910.0740.9411000.1840.199
3.29-3.76727230.9940.0541.07399.90.130.141
3.76-4.746.627700.9950.041.02599.80.090.099
4.74-506.628570.9950.030.62298.20.0680.075

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IW1

1iw1


解像度: 2.2→34.75 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.24 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2498 1306 5.2 %
Rwork0.2077 23814 -
obs0.2098 25120 92.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 79.82 Å2 / Biso mean: 35.0677 Å2 / Biso min: 19.93 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→34.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 86 165 3737
Biso mean--30.86 37.4 -
残基数----424
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2096X-RAY DIFFRACTION7.682TORSIONAL
12B2096X-RAY DIFFRACTION7.682TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.290.3584870.29381803189063
2.29-2.390.35141190.26282245236480
2.39-2.520.2851410.2432581272291
2.52-2.680.2951580.23922787294598
2.68-2.890.25211830.221628042987100
2.89-3.180.23471580.217428683026100
3.18-3.630.24931500.20528623012100
3.63-4.580.21271610.17522882304399
4.58-34.750.23371490.18792982313197

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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