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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eqg | ||||||
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タイトル | Structure of Csy-AcrIF5 | ||||||
要素 |
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キーワード | IMMUNE SYSTEM/RNA/DNA / complex / inhibitor / IMMUNE SYSTEM / IMMUNE SYSTEM-RNA-DNA complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 CRISPR-associated protein Csy1 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy1) / CRISPR-associated protein Csy2 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy2) / CRISPR-associated protein Csy3 / CRISPR-associated protein (Cas_Csy3) 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, L. / Feng, Y. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2022 タイトル: AcrIF5 specifically targets DNA-bound CRISPR-Cas surveillance complex for inhibition. 著者: Yongchao Xie / Laixing Zhang / Zhengyu Gao / Peipei Yin / Hao Wang / Hang Li / Zeliang Chen / Yi Zhang / Maojun Yang / Yue Feng / 要旨: CRISPR-Cas systems are prokaryotic antiviral systems, and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to inactivate these systems. Here we present structural and functional analyses of AcrIF5, exploring ...CRISPR-Cas systems are prokaryotic antiviral systems, and phages use anti-CRISPR proteins (Acrs) to inactivate these systems. Here we present structural and functional analyses of AcrIF5, exploring its unique anti-CRISPR mechanism. AcrIF5 shows binding specificity only for the target DNA-bound form of the crRNA-guided surveillance (Csy) complex, but not the apo Csy complex from the type I-F CRISPR-Cas system. We solved the structure of the Csy-dsDNA-AcrIF5 complex, revealing that the conformational changes of the Csy complex caused by dsDNA binding dictate the binding specificity for the Csy-dsDNA complex by AcrIF5. Mechanistically, five AcrIF5 molecules bind one Csy-dsDNA complex, which destabilizes the helical bundle domain of Cas8f, thus preventing subsequent Cas2/3 recruitment. AcrIF5 exists in symbiosis with AcrIF3, which blocks Cas2/3 recruitment. This attack on the recruitment event stands in contrast to the conventional mechanisms of blocking binding of target DNA. Overall, our study reveals an unprecedented mechanism of CRISPR-Cas inhibition by AcrIF5. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eqg.cif.gz | 588.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eqg.ent.gz | 473.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eqg.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eqg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eqg | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 5種, 14分子 CDEFGHIJKPQRLB
#1: タンパク質 | 分子量: 36244.074 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) 遺伝子: csy2, ALP65_00953, EQH76_13810, NCTC13437_01526, PACL_0128 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B3G161 | ||||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 37623.324 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: IPC1505_30680, IPC36_28835 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A659BSG0 #3: タンパク質 | 分子量: 8531.865 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: IPC1164_31450 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A7M3A7R4 #4: タンパク質 | | 分子量: 21429.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) #7: タンパク質 | | 分子量: 49313.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: csy1, ALP65_00954, IPC1505_30690 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3A8DDU9 |
-RNA鎖 , 1種, 1分子 M
#5: RNA鎖 | 分子量: 19265.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: GenBank: 313291946 |
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-DNA鎖 , 2種, 2分子 NO
#6: DNA鎖 | 分子量: 16708.691 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
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#8: DNA鎖 | 分子量: 16574.561 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) |
-詳細
配列の詳細 | The reference sequence database of chain L is WP_004343806.1 in GenBank. |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 |
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由来(天然) | 生物種: Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) | ||||||||||||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli (大腸菌) | ||||||||||||||||||||||||
緩衝液 | pH: 7.5 | ||||||||||||||||||||||||
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES | ||||||||||||||||||||||||
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: DARK FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 173096 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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