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- PDB-7eqf: Crystal Structure of a Transcription Factor in complex with Ligand -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eqf
タイトルCrystal Structure of a Transcription Factor in complex with Ligand
要素TetR/AcrR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
DNA-binding HTH domain, TetR-type, conserved site / TetR-type HTH domain signature. / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeobox-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-JB0 / TetR/AcrR family transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces griseoluteus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Uehara, S. / Tsugita, A. / Matsui, T. / Yokoyama, T. / Ostash, I. / Ostash, B. / Tanaka, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS) 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2022
タイトル: The carbohydrate tail of landomycin A is responsible for its interaction with the repressor protein LanK.
著者: Tsugita, A. / Uehara, S. / Matsui, T. / Yokoyama, T. / Ostash, I. / Deneka, M. / Yalamanchili, S. / Bennett, C.S. / Tanaka, Y. / Ostash, B.
履歴
登録2021年5月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR/AcrR family transcriptional regulator
B: TetR/AcrR family transcriptional regulator
C: TetR/AcrR family transcriptional regulator
D: TetR/AcrR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,6037
ポリマ－89,3424
非ポリマー3,2613
水00
1
A: TetR/AcrR family transcriptional regulator
B: TetR/AcrR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,7583
ポリマ－44,6712
非ポリマー1,0871
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2980 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18030 Å2
手法PISA
2
C: TetR/AcrR family transcriptional regulator
D: TetR/AcrR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8454
ポリマ－44,6712
非ポリマー2,1742
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3160 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area18300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)166.469, 53.556, 109.978
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 95.200, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
TetR/AcrR family transcriptional regulator


分子量: 22335.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces griseoluteus (バクテリア)
遺伝子: E5082_18205 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A4Z1DIH6
#2: 化合物 ChemComp-JB0 / (6~{R})-3-methyl-8-[(2~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-methyl-5-[(2~{S},4~{R},5~{R},6~{R})-6-methyl-4-[(2~{S},5~{S},6~{S})-6-methyl-5-[(2~{S},4~{R},5~{S},6~{R})-6-methyl-5-[(2~{S},4~{S},5~{S},6~{R})-6-methyl-4-[(2~{S},5~{S},6~{S})-6-methyl-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-oxan-2-yl]oxy-5-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-4-oxidanyl-oxan-2-yl]oxy-1,6,11-tris(oxidanyl)-5,6-dihydrobenzo[a]anthracene-7,12-dione


分子量: 1087.163 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C55H74O22 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.98 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: HEPES-NaOH pH 7.5, polyethylene glycol 4000, isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.977945 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.977945 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.91→47.73 Å / Num. obs: 40256 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.42 % / Biso Wilson estimate: 76.41 Å2 / Rsym value: 0.134 / Net I/σ(I): 8.69
反射 シェル解像度: 2.91→3.08 Å / Num. unique obs: 5721 / Rsym value: 0.922

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7EQE

7eqe


解像度: 2.91→47.73 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.64 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2655 3205 7.97 %
Rwork0.2476 37025 -
obs0.249 40230 96.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 218.89 Å2 / Biso mean: 76.0306 Å2 / Biso min: 37.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.91→47.73 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5466 0 159 0 5625
Biso mean--87.99 --
残基数----705
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 23

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.91-2.950.42591070.46831234134174
2.95-30.4221240.42451428155285
3-3.050.44261300.39741481161189
3.05-3.10.371370.35161554169195
3.1-3.160.37011470.33711682182999
3.16-3.220.33531450.313516331778100
3.22-3.280.38021400.29891653179399
3.28-3.350.30741410.304217271868100
3.35-3.430.34761390.30081587172699
3.43-3.520.35051460.31311670181699
3.52-3.610.35531440.281816631807100
3.61-3.720.30551420.26681610175299
3.72-3.840.25351510.25041714186599
3.84-3.980.24221440.2371586173099
3.98-4.130.27061480.22771649179799
4.13-4.320.27131370.227716441781100
4.32-4.550.23331440.21781658180299
4.55-4.840.20151450.21921666181199
4.84-5.210.23951430.22941637178099
5.21-5.730.32251300.24321614174498
5.73-6.560.33131450.25471644178999
6.56-8.260.20941400.19731665180599
8.26-47.730.14441360.18391626176297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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