PDB-7eqb: Crystal structure of the dimerization domain of ZEN-4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eqb

タイトル

Crystal structure of the dimerization domain of ZEN-4

要素

Kinesin-like protein

キーワード

CELL CYCLE / ZEN-4 / Dimerization domain / Coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

pronuclear migration / regulation of actomyosin contractile ring contraction / meiotic spindle midzone assembly / polar body extrusion after meiotic divisions / mitotic spindle midzone assembly / mitotic spindle midzone / plus-end-directed microtubule motor activity / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.103 Å

データ登録者

Chen, Z. / Pan, H.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2021
タイトル: Mechanistic insights into central spindle assembly mediated by the centralspindlin complex.
著者: Pan, H. / Guan, R. / Zhao, R. / Ou, G. / Chen, Z.

履歴

登録	2021年5月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eqb.cif.gz	68.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eqb.ent.gz	51 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eqb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eqb_validation.pdf.gz	449.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eqb_full_validation.pdf.gz	449.6 KB	表示
XML形式データ	7eqb_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	7eqb_validation.cif.gz	9.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eqb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eqb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eqcC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (8) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (7) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kinesin-like protein

B: Kinesin-like protein

ヘテロ分子

18.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	116.542, 116.542, 47.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Kinesin-like protein / ZEN-4 分子量: 9226.589 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: zen-4, CELE_M03D4.1, M03D4.1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: G5EG83
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 71.6 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 16% PEG2K, 200mM MgSO4, 5mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 19067 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 4.8 % / CC_1/2: 0.522 / Net I/σ(I): 16.949
反射シェル	解像度: 2.1→2.17 Å / Num. unique obs: 1695 / CC_1/2: 0.552

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.103→34.937 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.59 / 位相誤差: 25.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2686	954	5 %
R_work	0.2305	18111	-
obs	0.2324	19065	98.16 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 115.53 Å² / B_iso mean: 38.12 Å² / B_iso min: 2.32 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.103→34.937 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1117	0	20	24	1161
B_iso mean	-	-	90.92	34.06	-
残基数	-	-	-	-	136

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1141
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	1501
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	151
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	196
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.949	489

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.103-2.2136	0.2892	123	0.2592	2336	91
2.2136-2.3523	0.2825	135	0.25	2553	98
2.3523-2.5338	0.3222	135	0.2403	2581	100
2.5338-2.7887	0.2463	138	0.2393	2610	100
2.7887-3.192	0.3086	137	0.2583	2617	100
3.192-4.0207	0.2692	140	0.2136	2668	100
4.0207-34.937	0.2392	146	0.2171	2746	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0006	-0.0004	-0.0001	0.0018	-0	-0.0001	0.0033	0.0035	0.0035	0.0003	0.002	0.0029	0.0059	0.0102	-0	0.2911	-0.141	-0.0227	0.214	-0.0256	0.3499	-7.6442	32.4805	3.1246
2	0.0001	0.0003	0.0003	0.0004	-0.0012	-0.0001	-0.0265	0.0069	-0.0009	0.0276	0.005	-0.0121	0.0136	0.0038	0	0.0954	-0.4297	0.0001	0.0344	-0.0726	0.2526	-19.0119	22.1923	3.657
3	0.0015	0.0008	-0.0013	0.0003	0.0019	-0.0012	-0.0168	0.0063	0.0082	0.0143	0.0009	-0.0018	-0.0206	-0.0031	0	-0.0564	-0.329	-0.0144	0.0304	-0.0641	0.141	-35.1254	9.1207	-1.2127
4	0.0021	-0	0.0005	0.0009	-0.0007	0.0017	0.0051	0.0001	-0.0042	0.0029	0.0107	-0.0068	-0.0065	0.0185	-0	0.0233	0.0515	0.0454	0.0649	0.0195	0.0492	-50.9166	-1.6309	-7.6388
5	0.0026	-0.0001	-0.0011	0	0.0005	0.0009	-0.0161	-0.0011	-0.0025	-0	-0.0003	0.0034	0.0093	0.0075	0	-0.0008	-0.0146	-0.0118	0.0658	-0.0536	-0.0577	-61.2328	-6.2746	-9.5373
6	0.0008	0.0008	-0.0007	0.0006	0.0002	0.0016	-0.002	-0.0018	0.0025	0.0078	0.0062	-0.0117	-0.0027	-0.0087	-0	0.0566	-0.0824	-0.003	0.2183	-0.0126	0.0729	-67.9433	-10.3742	-11.6307
7	0.0012	-0.0005	-0.0003	0.0006	0.0001	0.0016	0.0065	0.0057	-0.0025	-0.0032	0.005	-0.0005	0.0022	-0.0059	0	-0.0401	-0.202	-0.0492	0.1098	-0.0443	0.0623	-75.8334	-13.0218	-9.9932
8	0.0015	0.0014	-0.0017	0.0008	-0.0011	0.0042	0.0115	-0.0111	-0.0028	-0.0016	0.0028	0.0023	-0.0016	-0.0052	-0	0.3359	-0.1777	-0.0004	0.4373	-0.0523	0.3602	-83.7449	-17.4646	-12.0714
9	0.0003	0.0015	-0.0014	-0.0011	-0.0019	0.0022	-0.0087	0.007	-0.005	0.0006	0.0124	-0.017	0.0249	-0.0105	-0	0.0402	-0.5466	0.134	0.1527	-0.0722	0.2599	-15.4277	23.7711	-5.1778
10	0.0002	0.0038	-0.0001	-0.0017	-0.0048	-0.005	0.0019	0.0109	0.0186	-0.0135	0.025	-0.046	-0.0628	0.0925	-0	-0.1522	-0.3375	0.1433	-0.1842	0.1391	-0.0446	-42.2552	14.1391	-5.9055
11	0.0019	-0.0006	-0.0017	-0.0002	-0.0055	-0.0008	0.0135	0.0039	0.0353	0.0197	-0.0523	-0.0231	0.0871	-0.0548	-0	-0.2607	-0.193	0.0946	-0.0029	0.0506	0.0969	-67.7912	-4.3441	-2.4761
12	0.0005	0.0013	-0.0002	0.0001	-0.0007	0.0004	-0.0006	-0.001	-0.0048	0.0015	0.0069	0.0062	0.0042	-0.0003	-0	0.1143	-0.2518	0.0079	0.1656	-0.0265	0.19	-82.7012	-20.0544	0.1065

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 532:537)	A	532 - 537
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 538:551)	A	538 - 551
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 552:566)	A	552 - 566
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 567:577)	A	567 - 577
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 578:582)	A	578 - 582
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 583:587)	A	583 - 587
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 588:593)	A	588 - 593
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 594:599)	A	594 - 599
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 534:551)	B	534 - 551
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 552:572)	B	552 - 572
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 573:593)	B	573 - 593
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 594:601)	B	594 - 601

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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