PDB-7eq3: Apo diabody form of CRH2-directed antibody 9F8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eq3

タイトル

Apo diabody form of CRH2-directed antibody 9F8

要素

9F8 diabody

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Leptin receptor / antagonist

機能・相同性

ACETATE ION

機能・相同性情報

生物種

Mus musculus (ハツカネズミ)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.87 Å

データ登録者

Yan, L.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Tall cytokine receptor signaling fine-tuning through dimer geometric reconstitution
著者: Yan, L.

履歴

登録	2021年4月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eq3.cif.gz	57.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eq3.ent.gz	39.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eq3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eq3_validation.pdf.gz	439.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eq3_full_validation.pdf.gz	441.6 KB	表示
XML形式データ	7eq3_validation.xml.gz	10.1 KB	表示
CIF形式データ	7eq3_validation.cif.gz	12.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eq3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eq/7eq3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3v6oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 9F8 diabody

ヘテロ分子

25.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	106.806, 106.806, 50.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: 抗体	9F8 diabody 分子量: 25014.916 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 0.2M Ammonium acetate and 16% PEG 10000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5406 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年9月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5406 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.87→46.25 Å / Num. obs: 7564 / % possible obs: 91.3 % / 冗長度: 8.9 % / CC_1/2: 0.75 / Net I/σ(I): 9.7
反射シェル	解像度: 2.87→2.98 Å / Num. unique obs: 621 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V6O

3v6o

解像度: 2.87→46.25 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.01 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	384	5.08 %
R_work	0.2381	7177	-
obs	0.2384	7561	98.11 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 110.71 Å² / B_iso mean: 47.9912 Å² / B_iso min: 22.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.87→46.25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1746	0	0	0	1746
残基数	-	-	-	-	229

LS精密化シェル

解像度: 2.87→3.29 Å / R_factor R_free error: 0

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3951	108	-
R_work	0.3191	2272	-
obs	-	-	94 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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