PDB-7epi: Crystal structure of E.coli CcdB mutant S60E

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7epi

タイトル

Crystal structure of E.coli CcdB mutant S60E

要素

Toxin CcdB

キーワード

TOXIN / CcdB / Topoisomerase poison / global suppressor

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / toxin-antitoxin complex / plasmid maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.931 Å

データ登録者

Manjunath, K. / Goyal, P. / Varadarajan, R.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into global suppressors of protein folding defects.
著者: Chattopadhyay, G. / Bhowmick, J. / Manjunath, K. / Ahmed, S. / Goyal, P. / Varadarajan, R.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7epi.cif.gz	39 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7epi.ent.gz	23.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7epi.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7epi_validation.pdf.gz	411.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7epi_full_validation.pdf.gz	411.9 KB	表示
XML形式データ	7epi_validation.xml.gz	6.9 KB	表示
CIF形式データ	7epi_validation.cif.gz	9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epi	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7epgC 7epjC 3vubS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.810, 36.640, 35.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 114.970, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-407- HOH
2	1	A-486- HOH
3	1	A-498- HOH

#1: タンパク質	Toxin CcdB / Cytotoxic protein CcdB / LynB / Protein G / Protein LetD 分子量: 11763.544 Da / 分子数: 1 / 変異: S60E / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ccdB, G, letB, letD, ECOK12F043 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10Gyrase / 参照: UniProt: P62554
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 98 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 200mM CaCl2, 10% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2020年12月30日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.93→10 Å / Num. obs: 6557 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 3.4 % / B_iso Wilson estimate: 8.6 Å² / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.13 / R_pim(I) all: 0.081 / R_rim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.93→2.03 Å / 冗長度: 3.3 % / R_merge(I) obs: 0.424 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 890 / CC_1/2: 0.801 / R_pim(I) all: 0.268 / R_rim(I) all: 0.504 / % possible all: 91.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM	7.2.2	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VUB

3vub

解像度: 1.931→9.996 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.902 / WR_factor R_free: 0.194 / WR_factor R_work: 0.151 / SU B: 3.531 / SU ML: 0.102 / Average fsc free: 0.9302 / Average fsc work: 0.9486 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.202 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2135	333	5.079 %
R_work	0.1697	6224	-
all	0.172	-	-
obs	-	6557	97.807 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 10.319 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.006 Å²	-0 Å²	-0.372 Å²
2-	-	0.359 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.005 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.931→9.996 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	803	0	2	98	903

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.005	0.013	837
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	794
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.325	1.646	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.157	1.577	1833
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.452	5	101
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	22.936	20.408	49
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.584	15	156
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.731	15	9
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	111
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	924
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	187
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	140
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.172	0.2	771
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.154	0.2	399
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.076	0.2	377
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	71
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.262	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.213	0.2	88
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.152	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.756	1.013	398
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.718	1.006	397
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.357	1.5	495
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.363	1.506	496
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.702	1.065	439
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.69	1.065	439
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.216	1.568	636
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.216	1.567	636
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.335	11.782	947
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.117	11.47	925

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.931-1.981	0.259	19	0.246	450	X-RAY DIFFRACTION	94.5564
1.981-2.035	0.235	22	0.175	437	X-RAY DIFFRACTION	98.2869
2.035-2.094	0.179	35	0.182	416	X-RAY DIFFRACTION	98.2571
2.094-2.158	0.176	26	0.164	420	X-RAY DIFFRACTION	98.022
2.158-2.229	0.281	29	0.157	405	X-RAY DIFFRACTION	98.19
2.229-2.307	0.194	12	0.178	406	X-RAY DIFFRACTION	98.3529
2.307-2.393	0.245	21	0.154	373	X-RAY DIFFRACTION	98.995
2.393-2.491	0.198	20	0.164	369	X-RAY DIFFRACTION	98.731
2.491-2.601	0.17	14	0.152	367	X-RAY DIFFRACTION	98.7047
2.601-2.727	0.165	16	0.153	335	X-RAY DIFFRACTION	98.8732
2.727-2.873	0.199	18	0.154	327	X-RAY DIFFRACTION	99.4236
2.873-3.046	0.236	11	0.151	318	X-RAY DIFFRACTION	100
3.046-3.255	0.297	21	0.141	291	X-RAY DIFFRACTION	100
3.255-3.513	0.141	18	0.143	263	X-RAY DIFFRACTION	100
3.513-3.844	0.206	15	0.156	254	X-RAY DIFFRACTION	100
3.844-4.291	0.235	12	0.13	236	X-RAY DIFFRACTION	100
4.291-4.941	0.192	13	0.125	198	X-RAY DIFFRACTION	100
4.941-6.02	0.164	3	0.192	188	X-RAY DIFFRACTION	99.4792
6.02-8.382	0.327	8	0.305	136	X-RAY DIFFRACTION	99.3103
8.382-9.996		0	8.446	35	X-RAY DIFFRACTION	38.8889

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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