PDB-7epj: Crystal structure of E.coli CcdB mutant V46L

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7epj

タイトル

Crystal structure of E.coli CcdB mutant V46L

要素

Toxin CcdB

キーワード

TOXIN / CcdB / Topoisomerase poison / global suppressor

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / toxin-antitoxin complex / negative regulation of DNA-templated DNA replication / plasmid maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.354 Å

データ登録者

Manjunath, K. / Goyal, P. / Varadarajan, R.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into global suppressors of protein folding defects.
著者: Chattopadhyay, G. / Bhowmick, J. / Manjunath, K. / Ahmed, S. / Goyal, P. / Varadarajan, R.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7epj.cif.gz	41.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7epj.ent.gz	24.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7epj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7epj_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7epj_full_validation.pdf.gz	416.9 KB	表示
XML形式データ	7epj_validation.xml.gz	8 KB	表示
CIF形式データ	7epj_validation.cif.gz	11.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7epgC 7epiC 3vubS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.100, 36.760, 35.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.190, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-636- HOH
2	1	A-667- HOH

#1: タンパク質	Toxin CcdB / Cytotoxic protein CcdB / LynB / Protein G / Protein LetD 分子量: 11735.535 Da / 分子数: 1 / 変異: V46L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ccdB, G, letB, letD, ECOK12F043 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10Gyrase / 参照: UniProt: P62554
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 167 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 36 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.1 / 詳細: 200mM CaCl2, 25% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ELETTRA / ビームライン: 11.2C / 波長: 1.0358 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年2月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0358 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.35→33.98 Å / Num. obs: 19433 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 5.9 % / B_iso Wilson estimate: 5.8 Å² / CC_1/2: 0.994 / R_merge(I) obs: 0.098 / R_pim(I) all: 0.043 / R_rim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.35→1.43 Å / 冗長度: 5.1 % / R_merge(I) obs: 0.288 / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique obs: 2799 / CC_1/2: 0.928 / R_pim(I) all: 0.141 / R_rim(I) all: 0.322 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM	7.2.2	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.3	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VUB

3vub

解像度: 1.354→33.979 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.957 / WR_factor R_free: 0.185 / WR_factor R_work: 0.159 / SU B: 0.907 / SU ML: 0.038 / Average fsc free: 0.9456 / Average fsc work: 0.9501 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.058 / ESU R Free: 0.058 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1844	855	4.401 %
R_work	0.1616	18574	-
all	0.163	-	-
obs	-	19429	99.979 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 9.358 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.031 Å²	-0 Å²	-0.123 Å²
2-	-	0.276 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.132 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.354→33.979 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	792	0	2	167	961

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	834
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	781
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.922	1.637	1133
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.515	1.575	1810
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.444	5	108
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.249	21.667	42
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.47	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.625	15	7
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	109
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.02	932
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	178
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.208	0.2	149
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.184	0.2	742
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	418
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.093	0.2	368
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.253	0.2	121
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.086	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.377	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.258	0.2	57
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.3	0.2	25
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.227	0.862	411
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.223	0.857	410
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.884	1.29	514
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.887	1.296	515
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.547	0.901	423
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.547	0.898	423
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.351	1.29	615
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.349	1.289	615
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.686	11.689	1014
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.385	10.371	956

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.354-1.389	0.213	70	0.172	1352	0.174	1422	0.937	0.946	100	0.157
1.389-1.427	0.196	73	0.174	1301	0.175	1374	0.928	0.935	100	0.159
1.427-1.468	0.21	67	0.195	1271	0.196	1338	0.924	0.936	100	0.182
1.468-1.514	0.173	62	0.174	1276	0.174	1338	0.956	0.951	100	0.159
1.514-1.563	0.186	48	0.169	1220	0.17	1268	0.951	0.954	100	0.153
1.563-1.618	0.194	55	0.162	1174	0.164	1230	0.947	0.953	99.9187	0.15
1.618-1.679	0.17	53	0.17	1136	0.17	1189	0.95	0.949	100	0.15
1.679-1.747	0.252	34	0.209	1136	0.21	1170	0.915	0.925	100	0.185
1.747-1.825	0.252	38	0.189	1037	0.191	1075	0.915	0.932	100	0.167
1.825-1.913	0.223	49	0.188	1001	0.19	1050	0.919	0.93	100	0.17
1.913-2.017	0.19	40	0.176	964	0.177	1006	0.951	0.948	99.8012	0.166
2.017-2.138	0.201	30	0.152	928	0.154	958	0.953	0.962	100	0.144
2.138-2.285	0.178	20	0.176	870	0.176	891	0.957	0.956	99.8878	0.167
2.285-2.468	0.145	17	0.127	820	0.127	837	0.969	0.976	100	0.129
2.468-2.702	0.114	34	0.126	741	0.125	775	0.977	0.977	100	0.129
2.702-3.018	0.179	37	0.147	660	0.149	697	0.967	0.968	100	0.159
3.018-3.48	0.191	33	0.149	578	0.152	611	0.964	0.969	100	0.166
3.48-4.252	0.155	55	0.14	481	0.142	536	0.971	0.973	100	0.159
4.252-5.966	0.191	25	0.139	396	0.142	421	0.972	0.974	100	0.167
5.966-33.979	0.233	15	0.182	231	0.184	246	0.944	0.958	100	0.219

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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