PDB-7epg: Crystal structure of E.coli CcdB mutant S12G

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7epg

タイトル

Crystal structure of E.coli CcdB mutant S12G

要素

Toxin CcdB

キーワード

TOXIN / CcdB / Topoisomerase poison / global suppressor

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) inhibitor activity / negative regulation of DNA-templated DNA replication / toxin-antitoxin complex / plasmid maintenance / transcription repressor complex / negative regulation of DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.631 Å

データ登録者

Manjunath, K. / Varadarajan, R.

資金援助

インド, 2件

引用

ジャーナル: Plos Genet. / 年: 2022
タイトル: Mechanistic insights into global suppressors of protein folding defects.
著者: Chattopadhyay, G. / Bhowmick, J. / Manjunath, K. / Ahmed, S. / Goyal, P. / Varadarajan, R.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年6月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年12月21日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7epg.cif.gz	39.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7epg.ent.gz	23.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7epg.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7epg_validation.pdf.gz	425.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7epg_full_validation.pdf.gz	426.8 KB	表示
XML形式データ	7epg_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	7epg_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7epg	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7epiC 7epjC 3vubS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

11.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

A: Toxin CcdB

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
23.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	35.570, 36.530, 67.528
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 93.691, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	I121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-395- HOH

#1: タンパク質	Toxin CcdB / Cytotoxic protein CcdB / LynB / Protein G / Protein LetD 分子量: 11691.482 Da / 分子数: 1 / 変異: S12G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: ccdB, G, letB, letD, ECOK12F043 / プラスミド: pBAD24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Top10Gyrase / 参照: UniProt: P62554
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.43 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.15 M CaCl2.2H2O, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-X / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2019年6月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.63→33.69 Å / Num. obs: 9822 / % possible obs: 90.6 % / 冗長度: 4.9 % / B_iso Wilson estimate: 11.66 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.083 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 1.63→1.72 Å / 冗長度: 4.9 % / R_merge(I) obs: 0.195 / Mean I/σ(I) obs: 4.8 / Num. unique obs: 1360 / CC_1/2: 0.967 / R_pim(I) all: 0.097 / R_rim(I) all: 0.218 / % possible all: 86.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
MOSFLM	7.2.2	データ削減
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3VUB

3vub

解像度: 1.631→33.69 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / SU B: 2.362 / SU ML: 0.088 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.156 / ESU R Free: 0.144 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2694	455	4.632 %	0
R_work	0.2276	9367	-	-
all	0.23	-	-	-
obs	-	9822	89.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.012 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.381 Å²	-0 Å²	0.446 Å²
2-	-	0.702 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.375 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.631→33.69 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	792	0	2	95	889

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	835
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	786
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.484	1.644	1135
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.253	1.576	1814
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.288	5	105
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	25.127	20.652	46
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.173	15	148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.491	15	8
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.058	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	927
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.202	0.2	163
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	792
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	396
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.077	0.2	397
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.183	0.2	74
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.266	0.2	26
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.256	0.2	81
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.117	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.416	1.734	405
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.385	1.731	403
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.263	2.6	506
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.245	2.599	506
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.403	1.816	430
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.401	1.817	431
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.294	2.649	626
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.293	2.65	627
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.629	20.841	966
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.497	20.307	937

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.631-1.673	0.332	38	0.329	637	0.329	787	0.956	0.971	85.7687	0.325
1.673-1.719	0.374	34	0.269	648	0.273	785	0.887	0.92	86.879	0.261
1.719-1.769	0.3	25	0.267	640	0.268	755	0.849	0.823	88.0795	0.258
1.769-1.823	0.265	26	0.249	636	0.25	748	0.793	0.808	88.5027	0.246
1.823-1.883	0.306	37	0.268	601	0.27	721	0.746	0.799	88.4882	0.267
1.883-1.948	0.409	34	0.406	544	0.406	676	0.774	0.789	85.503	0.385
1.948-2.022	0.226	40	0.241	554	0.24	660	0.811	0.819	90	0.256
2.022-2.104	0.262	25	0.291	560	0.29	653	0.805	0.822	89.5865	0.299
2.104-2.197	0.215	9	0.223	556	0.223	623	0.929	0.849	90.6902	0.249
2.197-2.304	0.455	16	0.365	506	0.369	594	0.851	0.854	87.8788	0.35
2.304-2.428	0.282	30	0.212	487	0.216	564	0.842	0.894	91.6667	0.243
2.428-2.574	0.253	31	0.193	460	0.196	531	0.908	0.922	92.467	0.223
2.574-2.751	0.269	32	0.198	431	0.203	500	0.916	0.932	92.6	0.232
2.751-2.97	0.185	14	0.168	425	0.169	469	0.952	0.946	93.6034	0.206
2.97-3.251	0.221	19	0.181	386	0.183	430	0.94	0.947	94.186	0.222
3.251-3.63	0.223	7	0.145	365	0.147	399	0.98	0.963	93.2331	0.184
3.63-4.184	0.228	16	0.162	308	0.165	344	0.955	0.963	94.186	0.195
4.184-5.104	0.2	12	0.164	278	0.166	308	0.976	0.972	94.1558	0.197
5.104-7.137	0.158	8	0.245	213	0.241	233	0.96	0.938	94.8498	0.314
7.137-33.694	0.51	2	0.246	131	0.25	142	0.952	0.951	93.662	0.293

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関連情報:EMDBヘッダ

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