PDB-7ep9: The structure of carboxypeptidase from Fusobacterium nucleatum

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ep9

タイトル

The structure of carboxypeptidase from Fusobacterium nucleatum

要素

S9 family peptidase

キーワード

HYDROLASE / Fusobacterium nucleatum / serine peptidase / crystal screening

機能・相同性

Peptidase S9, prolyl oligopeptidase, catalytic domain / Prolyl oligopeptidase family / serine-type peptidase activity / Alpha/Beta hydrolase fold / S9 family peptidase

機能・相同性情報

生物種

Fusobacterium nucleatum (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.604 Å

データ登録者

Wang, X. / Jiang, Y.L.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical analyses of the tetrameric carboxypeptidase S9Cfn from Fusobacterium nucleatum.
著者: Wang, X. / Cheng, M.T. / Chen, Z.P. / Jiang, Y.L. / Ge, Y.S. / Xia, R. / Hou, W.T.

履歴

登録	2021年4月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年10月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ep9.cif.gz	529.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ep9.ent.gz	436.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ep9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ep9_validation.pdf.gz	454.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ep9_full_validation.pdf.gz	485.5 KB	表示
XML形式データ	7ep9_validation.xml.gz	92.1 KB	表示
CIF形式データ	7ep9_validation.cif.gz	125.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7ep9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ep/7ep9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5djs-d 6ikg-d 3fsl-d 5yzo-d 6vqw-d 5yzn-d 6p63-d 2p9i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#202 - 2016年10月ジペプチジルペプチダーゼ4 (Dipeptidyl Peptidase 4) 類似性 (2)

登録構造単位

G: S9 family peptidase

A: S9 family peptidase

B: S9 family peptidase

C: S9 family peptidase

307 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	192.004, 124.797, 128.898
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	S9 family peptidase 分子量: 76625.797 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Fusobacterium nucleatum (バクテリア) 遺伝子: BKN39_05345 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1S1MBE1
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 490 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.18 %
結晶化	温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 21%PEG_2000 and 0.1 M Tris pH 7.9

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97934 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年11月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 95180 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.7 % / CC_1/2: 0.84 / Net I/σ(I): 10.2
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / R_merge(I) obs: 0.7 / Num. unique obs: 94966

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3228	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.604→44.83 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 27.76 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2738	4942	5.2 %
R_work	0.2294	90024	-
obs	0.2317	94966	99.66 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 90.19 Å² / B_iso mean: 38.4944 Å² / B_iso min: 11.67 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.604→44.83 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	21636	0	0	490	22126
B_iso mean	-	-	-	33.68	-
残基数	-	-	-	-	2640

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
2.604-2.6333	0.3662	143	0.3137	2831	95
2.6333-2.6643	0.3737	165	0.2967	2939	100
2.6643-2.6968	0.3667	158	0.2843	2993	100
2.6968-2.7309	0.3221	144	0.2988	2994	100
2.7309-2.7669	0.3401	166	0.2807	3002	100
2.7669-2.8048	0.3606	168	0.2848	2957	100
2.8048-2.8448	0.3511	170	0.2939	2974	100
2.8448-2.8873	0.3282	172	0.2913	2969	100
2.8873-2.9324	0.3684	182	0.2783	2964	100
2.9324-2.9805	0.2877	174	0.2629	2959	100
2.9805-3.0318	0.3308	163	0.2608	2996	100
3.0318-3.087	0.3342	145	0.2664	3005	100
3.087-3.1463	0.3212	129	0.2594	3026	100
3.1463-3.2105	0.2973	164	0.2614	3003	100
3.2105-3.2803	0.3313	167	0.2526	2988	100
3.2803-3.3566	0.3197	162	0.2508	2981	100
3.3566-3.4405	0.272	155	0.2468	3007	100
3.4405-3.5335	0.3043	166	0.2345	3005	100
3.5335-3.6374	0.318	176	0.2356	2977	100
3.6374-3.7548	0.2956	164	0.2259	3026	100
3.7548-3.8889	0.2721	148	0.2223	3030	100
3.8889-4.0445	0.2628	159	0.2197	3014	100
4.0445-4.2285	0.2338	164	0.2054	3006	100
4.2285-4.4512	0.2342	183	0.195	3038	100
4.4512-4.7298	0.2394	173	0.1941	3009	100
4.7298-5.0945	0.232	186	0.1826	3021	100
5.0945-5.6063	0.2234	183	0.1867	3057	100
5.6063-6.4156	0.2001	162	0.1962	3089	100
6.4156-8.0752	0.2148	179	0.201	3082	100
8.0752-44.83	0.1917	172	0.1862	3082	95

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関連情報:EMDBヘッダ

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