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- PDB-7eow: High-resolution structure of vWF A1 domain in complex with caplac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eow
タイトルHigh-resolution structure of vWF A1 domain in complex with caplacizumab, the first nanobody-based medicine
要素
  • caplacizumab
  • von Willebrand factor
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / vWF / vFW A1 / caplacizumab / nanobody
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen ...Defective VWF binding to collagen type I / Enhanced cleavage of VWF variant by ADAMTS13 / Defective VWF cleavage by ADAMTS13 variant / Defective F8 binding to von Willebrand factor / Enhanced binding of GP1BA variant to VWF multimer:collagen / Defective binding of VWF variant to GPIb:IX:V / Weibel-Palade body / hemostasis / platelet alpha granule / Platelet Adhesion to exposed collagen / GP1b-IX-V activation signalling / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / cell-substrate adhesion / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / positive regulation of intracellular signal transduction / immunoglobulin binding / Integrin cell surface interactions / collagen binding / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Integrin signaling / extracellular matrix / platelet alpha granule lumen / Signaling by high-kinase activity BRAF mutants / MAP2K and MAPK activation / platelet activation / response to wounding / integrin binding / Signaling by RAF1 mutants / Signaling by moderate kinase activity BRAF mutants / Paradoxical activation of RAF signaling by kinase inactive BRAF / Signaling downstream of RAS mutants / blood coagulation / Signaling by BRAF and RAF1 fusions / Platelet degranulation / protein-folding chaperone binding / : / protease binding / cell adhesion / endoplasmic reticulum / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain ...von Willebrand factor, VWA N-terminal domain / Von Willebrand factor / VWA N-terminal / Von Willebrand factor-like domain / : / C8 domain / Uncharacterised domain, cysteine-rich / C8 / von Willebrand factor, type D domain / von Willebrand factor type D domain / VWFD domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type D domain / von Willebrand factor (vWF) type C domain / Trypsin Inhibitor-like, cysteine rich domain / Serine protease inhibitor-like superfamily / Trypsin Inhibitor like cysteine rich domain / von Willebrand factor type C domain / C-terminal cystine knot signature. / C-terminal cystine knot domain profile. / Cystine knot, C-terminal / C-terminal cystine knot-like domain (CTCK) / VWFC domain signature. / VWFC domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type C domain / VWFC domain / von Willebrand factor type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor (vWF) type A domain / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
von Willebrand factor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Lee, H.T. / Heo, Y.-S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: High-resolution structure of the vWF A1 domain in complex with caplacizumab, the first nanobody-based medicine for treating acquired TTP.
著者: Lee, H.T. / Park, U.B. / Jeong, T.J. / Gu, N. / Lee, S.H. / Kim, Y. / Heo, Y.S.
履歴
登録2021年4月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: von Willebrand factor
B: caplacizumab


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5672
ポリマ－41,5672
非ポリマー00
水6,846380
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, size exclusion chromatography
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1240 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area14740 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)74.741, 74.741, 122.288
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
Space group name HallP61
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+1/6
#3: y,-x+y,z+5/6
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: -x,-y,z+1/2

-
要素

#1: タンパク質 von Willebrand factor / vWF


分子量: 26508.443 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VWF, F8VWF / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04275
#2: 抗体 caplacizumab


分子量: 15058.780 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 380 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.15 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 20 mM Tris-HCl pH 8 150 mM NaCl 10% glycerol 40% glycerol ethoxylate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→27.55 Å / Num. obs: 48735 / % possible obs: 95.37 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 20.22 Å2 / CC1/2: 0.996 / CC star: 0.999 / Rrim(I) all: 0.064 / Χ2: 1.539 / Net I/σ(I): 5.36
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 10.5 % / Mean I/σ(I) obs: 5.36 / Num. unique obs: 2549 / CC1/2: 0.943 / CC star: 0.985 / Rrim(I) all: 0.541 / Χ2: 0.473

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MxDCデータ収集
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データスケーリング
PHENIXモデル構築
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GGS

5ggs


解像度: 1.6→27.55 Å / SU ML: 0.1542 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.3908
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1984 2373 4.87 %4.87%
Rwork0.1754 46362 --
obs0.1765 48735 95.37 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 29.81 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→27.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2600 0 0 380 2980
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00592648
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.80073573
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0517394
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.00791617
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.630.21271780.1882773X-RAY DIFFRACTION98.53
1.63-1.670.21011460.18182847X-RAY DIFFRACTION99.73
1.67-1.70.2141510.1842841X-RAY DIFFRACTION99.57
1.7-1.750.23751370.18872852X-RAY DIFFRACTION99.63
1.75-1.790.22331400.18472833X-RAY DIFFRACTION99.87
1.79-1.850.18611330.18142849X-RAY DIFFRACTION99.8
1.85-1.910.21761110.20352105X-RAY DIFFRACTION73.5
1.91-1.980.35751220.31562459X-RAY DIFFRACTION87.11
1.98-2.050.19941470.17872859X-RAY DIFFRACTION99.9
2.05-2.150.22061300.17782868X-RAY DIFFRACTION100
2.15-2.260.20981340.21172231X-RAY DIFFRACTION78.62
2.26-2.40.21490.18292712X-RAY DIFFRACTION95.4
2.4-2.590.20991520.17812846X-RAY DIFFRACTION99.97
2.59-2.850.20561460.17932848X-RAY DIFFRACTION100
2.85-3.260.19251460.16682898X-RAY DIFFRACTION100
3.26-4.10.16881340.15762611X-RAY DIFFRACTION91.53
4.1-27.550.15651170.14272930X-RAY DIFFRACTION99.58
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.63212438186-2.232544643530.3150226050812.32047413559-1.03299795550.797205185793-0.292743433176-0.3317465011960.07974179743960.3939907898470.243839610075-0.0764552845374-0.11343379616-0.0896694373110.001002221362660.3106866174570.0632438266422-0.07609816076270.2053469901190.02110864843110.243204861879-0.68237523221351.447360046765.3547968997
22.07271812927-1.19407382192-0.3395746690012.33828313424-0.08885434744851.18573382682-0.568690947182-0.799152224245-0.4035121802860.7528208885010.5325451506590.103607005674-0.056682307822-0.147831414746-0.1291273776790.4522195517110.148516033059-0.03981989477990.3193549231340.08355438416660.244035913949-0.12006248185146.060596530673.4119984981
30.57174186293-0.4432328974260.442008632032.315523409-0.7714918673591.87833694915-0.0540009465093-0.448957403944-0.536671044204-0.1172474043830.2059047630970.3599555956830.0869252979999-0.306730484369-0.1178757982870.2676358527640.0112306758892-0.03469173728510.1680705323440.0485770367640.3582591788260.41145775201335.031880395461.9088460878
41.64207155176-0.3911913205580.4088176041391.89827029903-0.2705396458391.12086287905-0.141256142635-0.023179530272-0.030435598117-0.03716976266650.0298943830835-0.419570349402-0.030801122880.229017775510.2057713859850.2877797902860.0174294821825-0.06194489327430.2331223862910.03649415511280.40321729391913.352911089239.257227760563.2857773134
52.48426228024-0.8590814645070.1351568751582.41206999117-0.3048639121561.44847154774-0.2519429947110.190463596847-0.0550765550099-0.3322911265150.0522198320805-0.246094968821-0.01400034359530.170799906650.1819106180250.271736620625-0.0092180643407-0.01720378960550.1870603202220.03989790650730.25533602963410.387057982539.452756660257.7546134396
64.35724924904-0.496656090596-0.02806117772953.292007760070.179593021394.94168206822-0.5152616457711.195980487530.331090576751-0.74543937322-0.0465458181301-0.289410477778-0.05253974152130.7708597745190.2305269963930.344064499117-0.06088921832610.06241176483810.3956396924170.09323565019860.33009960880416.951499162841.877979698654.3255437059
72.24176969351-0.733435667553-0.6472606951492.16360973592-1.182029049471.1792240183-0.5238053399470.6166488446680.227531534189-0.656212917590.282590019862-0.239925973595-0.3381316014190.1571367968310.2804651490590.320732671546-0.0948760067907-0.06773261807630.3363048292670.06470911375320.3869712701711.511360478649.307025563154.417714658
83.277091693620.1799527453421.984158844254.577800596940.9047846800434.32628957831-0.4914389044180.3183464630430.455515136551-0.46919393840.0704957061959-0.0449323777345-0.569734564770.3476655054320.3712119578480.314785074271-0.0121540584441-0.07985493936690.1912448593980.05658539457610.3601615683012.9858673087455.67913476856.2110044585
93.11613113784-1.578951742820.5948636819582.76793845601-1.206311127422.485370207840.07242936976040.245878814674-0.1994607718580.0287050796454-0.08110503758690.507574828231-0.0359227863029-0.219085029749-0.009150269696090.132229193421-0.01169802578620.02078091676010.1616635231160.01830485500430.10283119912-32.034097425270.708231833150.4057494188
101.50446904052-1.333668376690.3169040555842.47070518751-0.1456012526060.483943497305-0.385556693085-0.318615618289-0.14476913020.567042903510.4891308075970.01018592355270.129289694232-0.0964884500084-0.09803944370560.2340910265080.01819565067510.03192645820650.1568049058330.0255505758410.128694283476-28.592546800168.048413471954.9405609986
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 27 through 86 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 87 through 120 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 121 through 141 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 142 through 160 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 161 through 185 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 186 through 195 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 196 through 206 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 207 through 228 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 2 through 18 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 19 through 26 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 27 through 34 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 35 through 52 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 53 through 62 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 63 through 74 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 75 through 84 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 85 through 100 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 101 through 112 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 113 through 119 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 120 through 129 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る