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- PDB-7eo9: Crystal structure of KIF1A Motor-Neck domain with ADP-Mg-AlFx -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eo9
タイトルCrystal structure of KIF1A Motor-Neck domain with ADP-Mg-AlFx
要素Kinesin-like protein KIF1A
キーワードMOTOR PROTEIN / kinesin
機能・相同性
機能・相同性情報


anterograde synaptic vesicle transport / protein transport along microtubule / interkinetic nuclear migration / neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / Kinesins / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of dendritic spine development ...anterograde synaptic vesicle transport / protein transport along microtubule / interkinetic nuclear migration / neuronal dense core vesicle membrane / dense core granule cytoskeletal transport / Kinesins / anterograde neuronal dense core vesicle transport / retrograde neuronal dense core vesicle transport / COPI-dependent Golgi-to-ER retrograde traffic / regulation of dendritic spine development / cytoskeleton-dependent intracellular transport / regulation of dendritic spine morphogenesis / anterograde axonal transport / plus-end-directed microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement / neuronal dense core vesicle / vesicle-mediated transport / axon cytoplasm / synaptic vesicle / presynapse / microtubule binding / postsynapse / microtubule / neuron projection / axon / neuronal cell body / dendrite / perinuclear region of cytoplasm / ATP hydrolysis activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
: / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. ...: / : / Kinesin-like KIF1-type / Kinesin protein 1B / Kinesin-like / Kinesin protein / Kinesin-associated / Kinesin-associated / Forkhead associated domain / Forkhead-associated (FHA) domain profile. / FHA domain / Forkhead-associated (FHA) domain / Kinesin motor domain signature. / Kinesin motor domain, conserved site / Kinesin motor domain profile. / Kinesin motor, catalytic domain. ATPase. / Kinesin motor domain / Kinesin motor domain / SMAD/FHA domain superfamily / Kinesin motor domain superfamily / PH domain / PH domain profile. / Pleckstrin homology domain. / Pleckstrin homology domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ALUMINUM FLUORIDE / Kinesin-like protein KIF1A
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Ogawa, T. / Jiang, X. / Hirokawa, N.
資金援助 日本, 5件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16H06372 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20K07222 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)20K16483 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101070 日本
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP20am0101071 日本
引用ジャーナル: Embo J. / 年: 2022
タイトル: A neuropathy-associated kinesin KIF1A mutation hyper-stabilizes the motor-neck interaction during the ATPase cycle.
著者: Morikawa, M. / Jerath, N.U. / Ogawa, T. / Morikawa, M. / Tanaka, Y. / Shy, M.E. / Zuchner, S. / Hirokawa, N.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月9日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kinesin-like protein KIF1A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,5084
ポリマ－43,9721
非ポリマー5353
水43224
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1050 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area17310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.502, 57.319, 154.826
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Kinesin-like protein KIF1A / Axonal transporter of synaptic vesicles


分子量: 43972.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Kif1a, Atsv, Kif1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P33173
#2: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物 ChemComp-AF3 / ALUMINUM FLUORIDE / トリフルオロアルミニウム


分子量: 83.977 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: AlF3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium acetate, Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.57→30 Å / Num. obs: 11987 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 39.9 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.063 / Net I/σ(I): 10.1
反射 シェル解像度: 2.57→2.63 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.517 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 859 / CC1/2: 0.898 / Rpim(I) all: 0.307 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VFX

1vfx


解像度: 2.57→28.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.929 / SU B: 14.309 / SU ML: 0.287 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.2 / ESU R Free: 0.314 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2389 616 5.1 %RANDOM
Rwork0.2252 ---
obs0.2259 11371 96.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 117.86 Å2 / Biso mean: 48.26 Å2 / Biso min: 27.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.03 Å20 Å20 Å2
2--8.39 Å2-0 Å2
3----5.36 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→28.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2745 0 32 24 2801
Biso mean--43.32 44.67 -
残基数----351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0132818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0172639
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5291.6533811
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.31.5856071
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.655348
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.14322.237152
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.59115502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.5851522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0660.2386
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.023186
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02645
LS精密化 シェル解像度: 2.57→2.637 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 39 -
Rwork0.308 859 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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