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万見
- PDB-7eo6: X-ray structure analysis of xylanase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eo6
タイトルX-ray structure analysis of xylanase
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / Xylanase
機能・相同性
機能・相同性情報


polysaccharide binding / endo-1,4-beta-xylanase / endo-1,4-beta-xylanase activity / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能
Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain ...Carbohydrate-binding type-2 domain / CBM2 (Carbohydrate-binding type-2) domain profile. / CBD_II / CBM2, carbohydrate-binding domain superfamily / Glycoside hydrolase family 11, active site 2 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 2. / Glycoside hydrolase family 11, active site 1 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) active site signature 1. / Glycoside hydrolase family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain / Glycosyl hydrolases family 11 / Glycosyl hydrolases family 11 (GH11) domain profile. / Glycoside hydrolase family 11/12 / CBM2/CBM3, carbohydrate-binding domain superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Endo-1,4-beta-xylanase
類似検索 - 構成要素
生物種Actinobacteria bacterium (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Wan, Q. / Yi, Y. / Xu, S.
資金援助1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)
引用ジャーナル: Appl.Microbiol.Biotechnol. / 年: 2021
タイトル: Characterization and structural analysis of a thermophilic GH11 xylanase from compost metatranscriptome.
著者: Yi, Y. / Xu, S. / Kovalevsky, A. / Zhang, X. / Liu, D. / Wan, Q.
履歴
登録2021年4月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,2944
ポリマ－43,0402
非ポリマー2542
水3,873215
1
A: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6472
ポリマ－21,5201
非ポリマー1271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area7960 Å2
手法PISA
2
B: Endo-1,4-beta-xylanase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6472
ポリマ－21,5201
非ポリマー1271
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area7910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.800, 42.476, 59.734
Angle α, β, γ (deg.)74.320, 87.400, 86.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 21520.178 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Actinobacteria bacterium (バクテリア)
遺伝子: DIU60_09020 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2W4QIY3, endo-1,4-beta-xylanase
#2: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.36 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 15% PEG 8000, 0.2M NaI, 0.1M MES, pH6.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2020年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→38.52 Å / Num. obs: 25769 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 3.2 % / Biso Wilson estimate: 9.68 Å2 / CC1/2: 0.969 / Rmerge(I) obs: 0.103 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 7.5 / Num. measured all: 82664 / Scaling rejects: 638
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.942.90.21475216450.760.1540.2624.395.3
9.11-38.523.60.088372320.9190.0550.09812.296.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1M4W

1m4w


解像度: 1.9→30.72 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.06 / 位相誤差: 20.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2164 1211 4.7 %
Rwork0.1919 24540 -
obs0.193 25751 96.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 48.81 Å2 / Biso mean: 11.1415 Å2 / Biso min: 4.65 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→30.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2999 0 2 215 3216
Biso mean--34.43 15.32 -
残基数----381
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.9001-1.97620.24721640.2147268995
1.9762-2.06610.21351390.2073268796
2.0661-2.1750.22551210.2026269296
2.175-2.31130.2251130.206274596
2.3113-2.48960.2461480.2162273597
2.4896-2.740.22661360.2038273597
2.74-3.13620.19791560.1884270897
3.1362-3.94990.20721080.1697278498
3.9499-4.06340.19651260.1719276598
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 4.9268 Å / Origin y: -13.5061 Å / Origin z: -14.0617 Å
111213212223313233
T0.0487 Å2-0.0006 Å2-0.0109 Å2-0.0676 Å20.0076 Å2--0.0589 Å2
L0.0913 °2-0.1253 °2-0.2012 °2-0.243 °20.2261 °2--0.2757 °2
S0.0051 Å °0.0331 Å °0.0151 Å °0.0014 Å °-0.0085 Å °0.0107 Å °-0.0077 Å °-0.0131 Å °-0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 192
2X-RAY DIFFRACTION1allB3 - 192
3X-RAY DIFFRACTION1allD2 - 259
4X-RAY DIFFRACTION1allC1 - 2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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