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- PDB-7enq: Crystal structure of human NAMPT in complex with compound NAT -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7enq
タイトルCrystal structure of human NAMPT in complex with compound NAT
要素Nicotinamide phosphoribosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / NAMPT / NAT / NAD
機能・相同性
機能・相同性情報


nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / Nicotinamide salvage / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction ...nicotinamide phosphoribosyltransferase / nicotinamide phosphoribosyltransferase activity / : / Nicotinamide salvage / NAD+ biosynthetic process / NPAS4 regulates expression of target genes / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian expression / cytokine activity / circadian regulation of gene expression / cell junction / cell-cell signaling / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / nuclear speck / inflammatory response / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular exosome / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Nicotinamide phosphoribosyl transferase / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinamide phosphoribosyltransferase, N-terminal domain / Nicotinate/nicotinamide phosphoribosyltransferase / Nicotinate phosphoribosyltransferase (NAPRTase) family / Nicotinate phosphoribosyltransferase-like, C-terminal / Aldolase-type TIM barrel
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J7F / PHOSPHATE ION / Nicotinamide phosphoribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.20496616708 Å
データ登録者Wang, G. / Wu, C. / Liu, M. / Yao, H. / Li, C. / Wang, L. / Tang, Y.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81872874 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91949101 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21772109 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21971140 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2022
タイトル: Discovery of small-molecule activators of nicotinamide phosphoribosyltransferase (NAMPT) and their preclinical neuroprotective activity.
著者: Yao, H. / Liu, M. / Wang, L. / Zu, Y. / Wu, C. / Li, C. / Zhang, R. / Lu, H. / Li, F. / Xi, S. / Chen, S. / Gu, X. / Liu, T. / Cai, J. / Wang, S. / Yang, M. / Xing, G.G. / Xiong, W. / Hua, L. ...著者: Yao, H. / Liu, M. / Wang, L. / Zu, Y. / Wu, C. / Li, C. / Zhang, R. / Lu, H. / Li, F. / Xi, S. / Chen, S. / Gu, X. / Liu, T. / Cai, J. / Wang, S. / Yang, M. / Xing, G.G. / Xiong, W. / Hua, L. / Tang, Y. / Wang, G.
履歴
登録2021年4月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)227,46314
ポリマ－225,6954
非ポリマー1,76710
水10,737596
1
A: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
B: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7317
ポリマ－112,8482
非ポリマー8845
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9180 Å2
ΔGint-56 kcal/mol
Surface area32230 Å2
手法PISA
2
C: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
D: Nicotinamide phosphoribosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,7317
ポリマ－112,8482
非ポリマー8845
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9290 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area32110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.241, 93.627, 242.614
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Nicotinamide phosphoribosyltransferase / NAmPRTase / Nampt / Pre-B-cell colony-enhancing factor 1 / Pre-B cell-enhancing factor / Visfatin


分子量: 56423.809 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NAMPT, PBEF, PBEF1 / 発現宿主: Expression vector pET-mod (その他)
参照: UniProt: P43490, nicotinamide phosphoribosyltransferase
#2: 化合物
ChemComp-J7F / 2-(2-~{tert}-butylphenoxy)-~{N}-(4-hydroxyphenyl)ethanamide


分子量: 299.364 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H21NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 596 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.29 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium phosphate, PEG 3350, NaCl, DTT, BaCl2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年4月28日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→49.61 Å / Num. obs: 88420 / % possible obs: 88.6 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 30.14 Å2 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.14 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.149 / Rsym value: 0.14 / Χ2: 0.891 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.20496616708→2.28 Å / 冗長度: 10.2 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Mean I/σ(I) obs: 19.8 / Num. unique obs: 88420 / CC1/2: 0.984 / CC star: 0.996 / Rpim(I) all: 0.045 / Rrim(I) all: 0.149 / Rsym value: 0.14 / Χ2: 0.891 / % possible all: 88.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2e5b

2e5b


解像度: 2.20496616708→49.61 Å / SU ML: 0.248 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 24.5757
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 4509 5.1 %
Rwork0.1779 83911 -
obs0.1808 88420 88.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 34.7 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.20496616708→49.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14806 0 118 596 15520
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.003315271
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.595820693
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04422256
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00452621
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.77895603
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2-2.230.33191160.22342384X-RAY DIFFRACTION75.55
2.23-2.260.29671420.22172433X-RAY DIFFRACTION79.28
2.26-2.280.26571380.22072547X-RAY DIFFRACTION81.04
2.28-2.310.31311260.21912491X-RAY DIFFRACTION79.93
2.31-2.340.28281430.20482614X-RAY DIFFRACTION83.02
2.34-2.380.28491450.20012517X-RAY DIFFRACTION82.7
2.38-2.410.27091400.20012617X-RAY DIFFRACTION82.92
2.41-2.450.28671390.19532616X-RAY DIFFRACTION83.89
2.45-2.480.22961360.19742597X-RAY DIFFRACTION83.12
2.48-2.520.26811350.20652634X-RAY DIFFRACTION84.01
2.52-2.570.30111400.19582601X-RAY DIFFRACTION83.93
2.57-2.610.28781370.20042628X-RAY DIFFRACTION82.93
2.61-2.660.27321300.19062661X-RAY DIFFRACTION85.09
2.66-2.720.31991160.19172625X-RAY DIFFRACTION83.16
2.72-2.780.24391510.20522638X-RAY DIFFRACTION83.98
2.78-2.840.24641350.21022701X-RAY DIFFRACTION85.86
2.84-2.910.2921710.21312698X-RAY DIFFRACTION86.73
2.91-2.990.27751690.20632720X-RAY DIFFRACTION87.39
2.99-3.080.23851820.20162739X-RAY DIFFRACTION87.88
3.08-3.180.24421420.1862883X-RAY DIFFRACTION90.79
3.18-3.290.22211460.18882936X-RAY DIFFRACTION93.25
3.29-3.430.24141400.18793078X-RAY DIFFRACTION96.17
3.43-3.580.23671790.17663080X-RAY DIFFRACTION97.93
3.58-3.770.24881640.16743167X-RAY DIFFRACTION99.37
3.77-4.010.2041520.1553161X-RAY DIFFRACTION99.61
4.01-4.320.20572010.14533152X-RAY DIFFRACTION99.23
4.32-4.750.20351590.13253161X-RAY DIFFRACTION98.4
4.75-5.440.2031720.14783178X-RAY DIFFRACTION98.67
5.44-6.840.20961820.17823236X-RAY DIFFRACTION99.56
6.85-49.610.18681810.17323418X-RAY DIFFRACTION99.67

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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