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- PDB-7eno: Mutant strain M3 of foot-and-mouth disease virus type O -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eno
タイトルMutant strain M3 of foot-and-mouth disease virus type O
要素
  • VP1 of O type FMDV capsid
  • VP2 of O type FMDV capsid
  • VP3 of O type FMDV capsid
  • VP4 of O type FMDV capsid
キーワードVIRUS / FMDV
機能・相同性
機能・相同性情報


symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing ...symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / regulation of translation / channel activity / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / viral protein processing / host cell endoplasmic reticulum membrane / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / virion attachment to host cell / host cell nucleus / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Dong, H. / Lu, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)No. 31941011, 12034006 中国
引用ジャーナル: J Virol / 年: 2021
タイトル: A Heat-Induced Mutation on VP1 of Foot-and-Mouth Disease Virus Serotype O Enhanced Capsid Stability and Immunogenicity.
著者: Hu Dong / Yuanlu Lu / Yun Zhang / Suyu Mu / Nan Wang / Ping Du / Xiaoying Zhi / Xiaobo Wen / Xiangxi Wang / Shiqi Sun / Yanming Zhang / Huichen Guo /
要旨: Foot-and-mouth disease (FMD) is a highly contagious viral disease affecting cloven-hoofed animals that causes a significant economic burden globally. Vaccination is the most effective FMD control ...Foot-and-mouth disease (FMD) is a highly contagious viral disease affecting cloven-hoofed animals that causes a significant economic burden globally. Vaccination is the most effective FMD control strategy. However, FMD virus (FMDV) particles are prone to dissociate when appropriate physical or chemical conditions are unavailable, such as an incomplete cold chain. Such degraded vaccines result in compromised herd vaccination. Therefore, thermostable FMD particles are needed for use in vaccines. This study generated thermostable FMDV mutants (M3 and M10) by serial passages at high temperature, subsequent amplification, and purification. Both mutants contained an alanine-to-threonine mutation at position 13 in VP1 (A1013T), although M3 contained 3 additional mutations. The selected mutants showed improved stability and immunogenicity in neutralizing antibody titers, compared with the wild-type (wt) virus. The sequencing analysis and cryo-electron microscopy showed that the mutation of alanine to threonine at the 13th amino acid in the VP1 protein (A1013T) is critical for the capsid stability of FMDV. Virus-like particles containing A1013T (VLP) also showed significantly improved stability to heat treatment. This study demonstrated that Thr at the 13th amino acid of VP1 could stabilize the capsid of FMDV. Our findings will facilitate the development of a stable vaccine against FMDV serotype O. Foot-and-mouth disease (FMD) serotype O is one of the global epidemic serotypes and causes significant economic loss. Vaccination plays a key role in the prevention and control of FMD. However, the success of vaccination mainly depends on the quality of the vaccine. Here, the thermostable FMD virus (FMDV) mutants (M3 and M10) were selected through thermal screening at high temperatures with improved stability and immunogenicity compared with the wild-type virus. The results of multisequence alignment and cryo-electron microscopy (cryo-EM) analysis showed that the Thr substitution at the 13th amino acid in the VP1 protein is critical for the capsid stability of FMDV. For thermolabile type O FMDV, this major discovery will aid the development of its thermostable vaccine.
履歴
登録2021年4月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年6月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.02021年6月2日Data content type: Image / Data content type: Image / Provider: repository / タイプ: Initial release
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改定 1.02021年6月2日Data content type: Primary map / Data content type: Primary map / Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年8月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / database_2
Item: _citation.journal_volume / _citation.title ..._citation.journal_volume / _citation.title / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22021年8月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.52021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.62021年12月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.72021年12月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.82022年1月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.92024年6月5日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_oper_list.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _pdbx_struct_oper_list.type
改定 1.102025年7月2日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: em_admin / em_software / pdbx_entry_details / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name
改定 1.12025年7月2日Data content type: EM metadata / Data content type: EM metadata / EM metadata / Group: Data processing / Experimental summary / Data content type: EM metadata / EM metadata / カテゴリ: em_admin / em_software / Data content type: EM metadata / EM metadata / Item: _em_admin.last_update / _em_software.name

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構造の表示

ムービー
  • 生物学的単位 - complete icosahedral assembly
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral pentamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 生物学的単位 - icosahedral 23 hexamer
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • 単純化した表面モデル + あてはめた原子モデル
  • マップデータ: EMDB-31218
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31218
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O type FMDV capsid
3: VP3 of O type FMDV capsid
4: VP4 of O type FMDV capsid


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,4194
ポリマ－80,4194
非ポリマー00
水00
1
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O type FMDV capsid
3: VP3 of O type FMDV capsid
4: VP4 of O type FMDV capsid
x 60


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,825,150240
ポリマ－4,825,150240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation59
2


  • 登録構造と同一
  • icosahedral asymmetric unit
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O type FMDV capsid
3: VP3 of O type FMDV capsid
4: VP4 of O type FMDV capsid
x 5


  • icosahedral pentamer
  • 402 kDa, 20 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)402,09620
ポリマ－402,09620
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation4
4
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O type FMDV capsid
3: VP3 of O type FMDV capsid
4: VP4 of O type FMDV capsid
x 6


  • icosahedral 23 hexamer
  • 483 kDa, 24 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)482,51524
ポリマ－482,51524
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
point symmetry operation5
5


  • 登録構造と同一（異なる座標系）
  • icosahedral asymmetric unit, std point frame
タイプ名称対称操作数
transform to point frame1
6
1: VP1 of O type FMDV capsid
2: VP2 of O type FMDV capsid
3: VP3 of O type FMDV capsid
4: VP4 of O type FMDV capsid
x 60


  • crystal asymmetric unit, crystal frame
  • 4.83 MDa, 240 ポリマー
分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,825,150240
ポリマ－4,825,150240
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z2
point symmetry operation59
対称性点対称性: (シェーンフリース記号: I (正20面体型対称))

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要素

#1: タンパク質 VP1 of O type FMDV capsid


分子量: 23247.596 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 VP2 of O type FMDV capsid


分子量: 24510.613 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質 VP3 of O type FMDV capsid


分子量: 23882.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: タンパク質 VP4 of O type FMDV capsid


分子量: 8778.129 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L0AP64
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Foot-and-mouth disease virus / タイプ: VIRUS / Entity ID: all / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Foot-and-mouth disease virus - type O (ウイルス)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
ウイルスについての詳細中空か: NO / エンベロープを持つか: NO / 単離: STRAIN / タイプ: VIRION
緩衝液pH: 7.4
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: DARK FIELD
撮影電子線照射量: 30 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 QUANTUM (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.17.1_3660: / 分類: 精密化
EMソフトウェア名称: PHENIX / カテゴリ: モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING ONLY
3次元再構成解像度: 3.15 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 298 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0055228
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.637138
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d5.506708
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.044808
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.005921

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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