[日本語] English
万見
- PDB-7en7: The crystal structure of Escherichia coli MurR in complex with N-... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7en7
タイトルThe crystal structure of Escherichia coli MurR in complex with N-acetylmuramic-acid-6-phosphate
要素HTH-type transcriptional regulator MurR
キーワードGENE REGULATION / regulator / N-acetylmuramic-acid-6-phosphate / sugar-binding
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramic acid catabolic process / regulation of carbohydrate catabolic process / carbohydrate derivative metabolic process / carbohydrate derivative binding / carbohydrate metabolic process / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator HTH, MurR / Helix-turn-helix protein RpiR / Helix-turn-helix domain, rpiR family / RpiR-type HTH domain profile. / RpiR-like, SIS domain / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Homeobox-like domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-J79 / HTH-type transcriptional regulator MurR
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Zhang, Y. / Chen, W. / Ji, Q.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)21922705, 22077083, 21907066 中国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Molecular basis for cell-wall recycling regulation by transcriptional repressor MurR in Escherichia coli.
著者: Zhang, Y. / Chen, W. / Wu, D. / Liu, Y. / Wu, Z. / Li, J. / Zhang, S.Y. / Ji, Q.
履歴
登録2021年4月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator MurR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,7302
ポリマ－21,3571
非ポリマー3731
水4,702261
1
A: HTH-type transcriptional regulator MurR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator MurR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator MurR
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator MurR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,9198
ポリマ－85,4264
非ポリマー1,4934
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_555x,-y,-z1
Buried area16860 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area25710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.411, 72.759, 81.765
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-441-

HOH

21A-455-

HOH

31A-556-

HOH

41A-607-

HOH

51A-653-

HOH

61A-661-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator MurR / MurPQ operon repressor


分子量: 21356.570 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: murR / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P77245
#2: 化合物 ChemComp-J79 / (2R)-2-[(2R,3R,4R,5S,6R)-3-acetamido-2,5-bis(oxidanyl)-6-(phosphonooxymethyl)oxan-4-yl]oxypropanoic acid


分子量: 373.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H20NO11P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 261 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.62 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I/F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.02 M Citric acid, 0.08 M BIS-TRIS propane pH 8.8, 16% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→50 Å / Num. obs: 58134 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 12.8 % / CC1/2: 0.982 / CC star: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.108 / Net I/σ(I): 23
反射 シェル解像度: 1.22→1.26 Å / Rmerge(I) obs: 0.828 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 5733 / CC1/2: 0.82 / CC star: 0.949 / Rpim(I) all: 0.245 / Rrim(I) all: 0.864

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IVN

4ivn


解像度: 1.22→29.206 Å / SU ML: 0.08 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.53 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1692 2592 4.98 %
Rwork0.1533 49499 -
obs0.1541 52091 99.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 93.43 Å2 / Biso mean: 17.6402 Å2 / Biso min: 6.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.22→29.206 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1466 0 24 261 1751
Biso mean--14.35 31.95 -
残基数----191
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.22-1.24210.19081220.172605
1.2421-1.2660.18261460.16932560
1.266-1.29180.18031380.16632572
1.2918-1.31990.17211430.16062568
1.3199-1.35060.20011150.16352601
1.3506-1.38440.16881380.16182564
1.3844-1.42180.19021320.16652563
1.4218-1.46370.19621380.16582592
1.4637-1.51090.1761430.14862596
1.5109-1.56490.16161570.14382563
1.5649-1.62750.15551170.14992610
1.6275-1.70160.17611350.14652596
1.7016-1.79130.14931402602
1.7913-1.90350.17571330.15442606
1.9035-2.05050.16621440.15062603
2.0505-2.25670.16761570.14792597
2.2567-2.58310.17531190.15122670
2.5831-3.25380.19691360.15382662
3.2538-90.14181392769
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -8.355 Å / Origin y: -5.215 Å / Origin z: -14.262 Å
111213212223313233
T0.0835 Å2-0.0051 Å2-0.009 Å2-0.0804 Å2-0.0004 Å2--0.0765 Å2
L0.7232 °20.2114 °2-0.0506 °2-0.6366 °2-0.0719 °2--0.6041 °2
S-0.0364 Å °0.0552 Å °-0.0172 Å °-0.0463 Å °0.0436 Å °0.0235 Å °0.0172 Å °-0.0737 Å °-0.0084 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ( CHAIN A AND RESID 95:191 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る