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- PDB-7en0: Structure and Activity of SLAC1 Channels for Stomatal Signaling i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7en0
タイトルStructure and Activity of SLAC1 Channels for Stomatal Signaling in Leaves
要素SLow Anion Channel 1
キーワードMEMBRANE PROTEIN / anion channel
機能・相同性
機能・相同性情報


inorganic anion transport / response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / response to carbon dioxide / response to abscisic acid ...inorganic anion transport / response to humidity / stomatal closure / regulation of stomatal opening / voltage-gated monoatomic anion channel activity / regulation of stomatal closure / response to ozone / intracellular monoatomic ion homeostasis / response to carbon dioxide / response to abscisic acid / multicellular organismal-level water homeostasis / organic anion transport / response to light stimulus / protein phosphatase binding / protein kinase binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
S-type anion channel / Transporter protein SLAC1/Mae1/ Ssu1/TehA / Voltage-dependent anion channel superfamily / Voltage-dependent anion channel
類似検索 - ドメイン・相同性
DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / SPHINGOSINE / Uncharacterized protein
類似検索 - 構成要素
生物種Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Deng, Y. / Kashtoh, H. / Wang, Q. / Zhen, G. / Li, Q. / Tang, L. / Gao, H. / Zhang, C. / Qin, L. / Su, M. ...Deng, Y. / Kashtoh, H. / Wang, Q. / Zhen, G. / Li, Q. / Tang, L. / Gao, H. / Zhang, C. / Qin, L. / Su, M. / Li, F. / Huang, X. / Wang, Y. / Xie, Q. / Clarke, O.B. / Hendrickson, W.A. / Chen, Y.
資金援助 中国, 米国, 5件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31470728 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31322005 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31872721 中国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01GM107462 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)P41GM116799 米国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2021
タイトル: Structure and activity of SLAC1 channels for stomatal signaling in leaves.
著者: Ya-Nan Deng / Hamdy Kashtoh / Quan Wang / Guang-Xiao Zhen / Qi-Yu Li / Ling-Hui Tang / Hai-Long Gao / Chun-Rui Zhang / Li Qin / Min Su / Fei Li / Xia-He Huang / Ying-Chun Wang / Qi Xie / ...著者: Ya-Nan Deng / Hamdy Kashtoh / Quan Wang / Guang-Xiao Zhen / Qi-Yu Li / Ling-Hui Tang / Hai-Long Gao / Chun-Rui Zhang / Li Qin / Min Su / Fei Li / Xia-He Huang / Ying-Chun Wang / Qi Xie / Oliver B Clarke / Wayne A Hendrickson / Yu-Hang Chen /
要旨: Stomata in leaves regulate gas exchange between the plant and its atmosphere. Various environmental stimuli elicit abscisic acid (ABA); ABA leads to phosphoactivation of slow anion channel 1 (SLAC1); ...Stomata in leaves regulate gas exchange between the plant and its atmosphere. Various environmental stimuli elicit abscisic acid (ABA); ABA leads to phosphoactivation of slow anion channel 1 (SLAC1); SLAC1 activity reduces turgor pressure in aperture-defining guard cells; and stomatal closure ensues. We used electrophysiology for functional characterizations of SLAC1 (SLAC1) and cryoelectron microscopy (cryo-EM) for structural analysis of SLAC1 (SLAC1), at 2.97-Å resolution. We identified 14 phosphorylation sites in SLAC1 and showed nearly 330-fold channel-activity enhancement with 4 to 6 of these phosphorylated. Seven SLAC1-conserved arginines are poised in SLAC1 for regulatory interaction with the N-terminal extension. This SLAC1 structure has its pores closed, in a basal state, spring loaded by phenylalanyl residues in high-energy conformations. SLAC1 phosphorylation fine-tunes an equilibrium between basal and activated SLAC1 trimers, thereby controlling the degree of stomatal opening.
履歴
登録2021年4月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月5日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-31197
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SLow Anion Channel 1
B: SLow Anion Channel 1
C: SLow Anion Channel 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)190,8029
ポリマ－188,0353
非ポリマー2,7676
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 SLow Anion Channel 1 / SLAC1


分子量: 62678.348 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ)
遺伝子: 100841201, BRADI_5g18980v3 / 発現宿主: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母) / 参照: UniProt: A0A0Q3IDG7
#2: 化合物 ChemComp-PLC / DIUNDECYL PHOSPHATIDYL CHOLINE / O-(1-O,2-O-ジドデカノイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 622.834 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H65NO8P / コメント: リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-SPH / SPHINGOSINE


分子量: 299.492 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H37NO2
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: Cryo-EM structure of Brachypodium distachyon SLAC1 / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Brachypodium distachyon (セイヨウヤマカモジ)
由来(組換発現)生物種: Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: UltrAuFoil R0.6/1
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 71.3 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

EMソフトウェア名称: cryoSPARC / バージョン: 2.0.27 / カテゴリ: ３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
対称性点対称性: C3 (3回回転対称)
3次元再構成解像度: 2.97 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 95704 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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