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- PDB-7eme: Putative Leptospira interrogans recombinant L-amino acid oxidase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eme
タイトルPutative Leptospira interrogans recombinant L-amino acid oxidase
要素NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Leptospira interrogans / L-amino acid oxidase / FAD-dependent oxidoreductase / Flavoprotein / Putative amine oxidase
機能・相同性Flavin amine oxidase / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / oxidoreductase activity / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase
機能・相同性情報
生物種Leptospira interrogans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.78 Å
データ登録者Vaigundan, D. / Yuvaraj, I. / Krishnaswamy, P.R. / Sekar, K. / Murthy, M.R.N. / Sunita, P.
引用
ジャーナル: Curr.Sci. / 年: 2022
タイトル: Structural characterization of a putative recombinant L-amino acid oxidase from Leptospira interrogans
著者: Vaigundan, D. / Yuvaraj, I. / Sunita, P. / Sekar, K. / Murthy, M.R.N. / Krishnaswamy, P.R.
#1: ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of a putative recombinant L-amino acid oxidase from Leptospira interrogans
著者: Vaigundan, D. / Krishnaswamy, P.R.
履歴
登録2021年4月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase
B: NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,0914
ポリマ－98,5202
非ポリマー1,5712
水13,277737
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6460 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area30100 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.756, 106.229, 139.916
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 NAD(P)/FAD-dependent oxidoreductase


分子量: 49260.070 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leptospira interrogans (バクテリア)
遺伝子: E4414_19605 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A4D8SV19
#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 737 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.99 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 0.1 M Potassium thiocyanate, 30% w/v Polyethylene glycol monomethyl ether 2000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.0723 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0723 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.78→84.61 Å / Num. obs: 74369 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 11.3 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 1.78→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.39 / Num. unique obs: 4197 / CC1/2: 0.978 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.78→70.06 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 2.573 / SU ML: 0.082 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.133 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2195 3634 5 %RANDOM
Rwork0.1744 ---
obs0.1767 69277 97.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 73.44 Å2 / Biso mean: 15.409 Å2 / Biso min: 6.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.41 Å2-0 Å20 Å2
2--0.36 Å2-0 Å2
3---0.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.78→70.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 106 737 7077
Biso mean--9.19 24.79 -
残基数----825
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0136508
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0176115
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6431.6358856
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4931.57414021
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.4265839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.76322.238286
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.718151075
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6311536
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2906
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.027410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021492
LS精密化 シェル解像度: 1.78→1.824 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.216 227 -
Rwork0.162 5200 -
obs--99.71 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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