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- PDB-7elg: LC3B modificated with a covalent probe -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7elg
タイトルLC3B modificated with a covalent probe
要素Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
キーワードPROTEIN BINDING / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane ...SARS-CoV-2 modulates autophagy / ceramide binding / phosphatidylethanolamine binding / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / TBC/RABGAPs / cellular response to nitrogen starvation / Receptor Mediated Mitophagy / Macroautophagy / organelle membrane / autophagosome membrane / axoneme / autophagosome assembly / autophagosome maturation / Pexophagy / mitophagy / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / endomembrane system / autophagosome / cellular response to starvation / macroautophagy / mitochondrial membrane / autophagy / KEAP1-NFE2L2 pathway / Translation of Replicase and Assembly of the Replication Transcription Complex / cytoplasmic vesicle / microtubule binding / microtubule / ubiquitin protein ligase binding / mitochondrion / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy protein Atg8 ubiquitin-like / Autophagy protein Atg8 ubiquitin like / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-8Z6 / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.599 Å
データ登録者Fan, S. / Wan, W.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81625022 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)91853205 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)81821005 中国
引用ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2021
タイトル: Inhibition of Autophagy by a Small Molecule through Covalent Modification of the LC3 Protein.
著者: Fan, S. / Yue, L. / Wan, W. / Zhang, Y. / Zhang, B. / Otomo, C. / Li, Q. / Lin, T. / Hu, J. / Xu, P. / Zhu, M. / Tao, H. / Chen, Z. / Li, L. / Ding, H. / Yao, Z. / Lu, J. / Wen, Y. / Zhang, N. ...著者: Fan, S. / Yue, L. / Wan, W. / Zhang, Y. / Zhang, B. / Otomo, C. / Li, Q. / Lin, T. / Hu, J. / Xu, P. / Zhu, M. / Tao, H. / Chen, Z. / Li, L. / Ding, H. / Yao, Z. / Lu, J. / Wen, Y. / Zhang, N. / Tan, M. / Chen, K. / Xie, Y. / Otomo, T. / Zhou, B. / Jiang, H. / Dang, Y. / Luo, C.
履歴
登録2021年4月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年10月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年2月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7823
ポリマ－14,4801
非ポリマー3022
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area7730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.108, 54.766, 60.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Microtubule-associated proteins 1A/1B light chain 3B / Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light ...Autophagy-related protein LC3 B / Autophagy-related ubiquitin-like modifier LC3 B / MAP1 light chain 3-like protein 2 / MAP1A/MAP1B light chain 3 B / MAP1A/MAP1B LC3 B / Microtubule-associated protein 1 light chain 3 beta


分子量: 14479.567 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MAP1LC3B, MAP1ALC3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9GZQ8
#2: 化合物 ChemComp-8Z6 / 2-methylidene-5-thiophen-2-yl-cyclohexane-1,3-dione


分子量: 206.261 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H10O2S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.05 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2.0M ammonium sulfate, 0.1M tri-sodium citrate (pH 5.6), 0.2M potassium sodium tartrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年6月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.599→30.402 Å / Num. obs: 16025 / % possible obs: 99.69 % / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 0.03709 / Net I/σ(I): 36.72
反射 シェル解像度: 1.599→1.656 Å / Rmerge(I) obs: 0.469 / Num. unique obs: 1562

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3VTU

3vtu


解像度: 1.599→30.402 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 770 4.8 %
Rwork0.1929 15255 -
obs0.1948 16025 99.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 81.24 Å2 / Biso mean: 33.5022 Å2 / Biso min: 16.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.599→30.402 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1015 0 19 77 1111
Biso mean--43.79 40.93 -
残基数----122
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071056
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0131423
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058155
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.493651
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
1.599-1.72250.2561310.21093002
1.7225-1.89580.22651470.20463023
1.8958-2.17010.2181720.19163006
2.1701-2.73380.2451510.20443056
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 12.8016 Å / Origin y: -2.7713 Å / Origin z: -3.296 Å
111213212223313233
T0.1716 Å2-0.0053 Å20.0119 Å2-0.164 Å20.0212 Å2--0.1797 Å2
L1.5216 °20.3864 °20.3419 °2-1.4787 °20.393 °2--2.4187 °2
S-0.0254 Å °0.0482 Å °-0.0154 Å °-0.0111 Å °0.0668 Å °-0.0466 Å °-0.0463 Å °0.1495 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA2 - 123
2X-RAY DIFFRACTION1allB1
3X-RAY DIFFRACTION1allC1
4X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 81

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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