PDB-7ekw: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ekw

タイトル

Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (D535N) in complex with maltotetrose

要素

4-alpha-glucanotransferase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen Debranching Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / glycogen catabolic process / glycogen biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata CBS 138 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Shen, M. / Xiang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of glycogen-debranching enzyme mutants in complex with oligosaccharides.
著者: Shen, M. / Gong, X. / Xiang, S.

履歴

登録	2021年4月7日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ekw.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ekw.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ekw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ekw_validation.pdf.gz	780.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ekw_full_validation.pdf.gz	839.3 KB	表示
XML形式データ	7ekw_validation.xml.gz	101.2 KB	表示
CIF形式データ	7ekw_validation.cif.gz	134.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7ekw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ek/7ekw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eimC 7ejpC 7ejtC 7ekxC 5d0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ekx-d 7ejt-d 7eim-d 7ejp-d 5d0f-d 6014 5ipq-d 21312 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-alpha-glucanotransferase

B: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

351 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	160.250, 198.940, 134.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 104.870, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質

4-alpha-glucanotransferase / Amylo-alpha-1 / 6-glucosidase / Dextrin 6-alpha-D-glucosidase / Glycogen debrancher / Glycogen ...

分子量: 175543.547 Da / 分子数: 2 / 変異: D535N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Candida glabrata CBS 138 (菌類) / 株: CBS 138 / 遺伝子: GDB1, CAGL0G09977g / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6FSK0, 4-alpha-glucanotransferase, amylo-alpha-1,6-glucosidase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.97 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.6 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 20% PEG 5000 MME,0.1 M Tris pH7.0,5% Tasimate pH7.0, 3.5mM TCEP hydrochiloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97939 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97939 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→25.75 Å / Num. obs: 73585 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.991 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 3.1→3.27 Å / Num. unique obs: 10713 / CC_1/2: 0.564 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D0F

5d0f

解像度: 3.1→25.26 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.81 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2718	3764	5.13 %
R_work	0.248	69640	-
obs	0.2493	73404	99.73 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 217.62 Å² / B_iso mean: 101.9921 Å² / B_iso min: 41.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→25.26 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24507	0	23	0	24530
B_iso mean	-	-	116.11	-	-
残基数	-	-	-	-	3046

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 27

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.14	0.3931	143	0.3892	2571	2714	100
3.14-3.18	0.4182	133	0.3848	2557	2690	100
3.18-3.22	0.3711	149	0.3714	2571	2720	100
3.22-3.27	0.3654	122	0.3685	2616	2738	100
3.27-3.32	0.3712	135	0.3514	2551	2686	100
3.32-3.37	0.352	133	0.3314	2584	2717	100
3.37-3.43	0.3616	145	0.3346	2537	2682	100
3.43-3.48	0.3085	117	0.3234	2618	2735	100
3.48-3.55	0.3397	133	0.3156	2627	2760	100
3.55-3.62	0.3153	138	0.3032	2537	2675	100
3.62-3.69	0.326	133	0.2881	2581	2714	100
3.69-3.77	0.2921	138	0.2852	2590	2728	100
3.77-3.86	0.3056	134	0.2787	2592	2726	100
3.86-3.95	0.2949	114	0.2616	2581	2695	100
3.95-4.06	0.2613	143	0.2651	2584	2727	100
4.06-4.18	0.2492	155	0.2417	2536	2691	100
4.18-4.31	0.2385	160	0.2374	2568	2728	100
4.31-4.47	0.2603	131	0.2295	2586	2717	100
4.47-4.64	0.272	149	0.2211	2592	2741	100
4.64-4.85	0.2529	132	0.2266	2588	2720	100
4.85-5.11	0.2681	149	0.2129	2582	2731	100
5.11-5.42	0.2622	131	0.2146	2579	2710	100
5.42-5.84	0.2597	167	0.2309	2578	2745	100
5.84-6.42	0.2636	139	0.2364	2584	2723	99
6.42-7.33	0.2307	150	0.2223	2542	2692	99
7.33-9.15	0.2261	156	0.1807	2576	2732	99
9.16-25.26	0.1923	135	0.1732	2632	2767	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.347	-0.4958	-0.1502	3.0653	-0.2962	1.4562	0.1101	-0.4401	-0.4455	0.0091	0.116	0.525	0.412	-0.6592	-0.0295	0.7268	-0.2537	-0.0675	0.9537	0.0231	0.8391	-56.646	4.637	45.119
2	2.1515	-1.1174	-0.3631	3.408	0.7901	2.672	0.3562	-0.0308	0.743	-0.254	0.0742	-0.5351	-0.1193	0.663	-0.3056	0.6455	0.0786	0.1583	0.9055	-0.1159	0.9753	-100.116	10.573	41.858
3	2.5981	-0.4682	0.2548	1.7922	-0.1115	1.0938	0.1098	-0.0602	-0.8967	-0.1181	-0.0279	-0.0462	0.7431	-0.0589	0.0125	0.8779	-0.0695	-0.0425	0.5233	-0.0987	0.7271	-33.37	-10.31	39.688
4	3.2319	-1.2279	0.0837	2.648	0.1735	0.9782	0.2697	0.2279	1.009	-0.2213	-0.1083	-0.6175	-0.3864	0.1239	-0.0683	0.7111	0.0816	0.2591	0.5806	-0.0044	0.8134	-123.387	26.234	38.487
5	2.7703	1.7058	0.544	1.5606	-0.7979	2.0292	-0.2251	0.7979	-0.097	-1.4378	0.1418	-0.1822	0.2459	0.0812	0.1403	2.2246	-0.0072	0.0641	0.8329	-0.4231	0.9474	-47.573	-15.542	-0.22
6	1.1371	-0.064	-1.6056	0.2075	0.7548	2.4665	0.1093	0.7904	-0.1728	-0.4208	-0.0758	0.191	-0.4181	-0.4362	0.2777	1.6397	0.2774	0.3017	1.4955	0.2223	1.4353	-112.758	32.538	-2.552
7	4.3304	1.0896	0.8358	2.8419	0.3876	1.7569	-0.0217	-0.2284	-0.0687	-0.0977	-0.047	-0.3358	0.3661	0.1215	0.0885	0.6912	0.1	-0.0041	0.6493	0.0087	0.8544	-10.625	3.843	43.484
8	2.9142	0.5777	-0.9228	3.5309	-0.4731	1.7366	0.0467	-0.2081	-0.2928	-0.0408	-0.0951	0.1237	0.0179	-0.0331	-0.006	0.6926	0.232	0.1308	0.6886	0.0168	0.7344	-146.114	12.418	42.825
9	2.7801	-0.0285	0.3	3.3626	-0.903	2.4148	-0.2518	-0.3858	0.3844	0.7904	-0.0194	-0.8219	-0.2827	-0.2896	0.127	0.6324	0.0398	-0.2332	0.6386	-0.1952	0.5565	-36.976	31.718	56.599
10	4.0106	-0.3301	0.4321	2.7691	-0.4679	3.2292	0.4404	0.3298	-0.8599	-0.0388	0.0264	0.4347	-0.0084	-0.621	-0.3294	0.5074	0.1921	-0.0947	0.6014	-0.0111	0.5877	-120.361	-16.894	51.497
11	2.9317	-0.1122	0.6946	4.2269	0.1707	3.1782	-0.2318	-0.0653	0.818	-0.2287	0.0716	1.7148	-0.5998	-1.1348	-0.1729	0.348	0.4782	-0.1641	0.873	-0.3219	0.956	-68.993	49.336	47.397
12	4.3423	-0.4669	-0.0694	2.4914	-0.6036	2.6334	0.623	0.9826	-1.7316	-0.4205	-0.4631	-0.0945	0.4137	0.0258	0.2213	0.5641	0.3765	-0.1912	0.6044	-0.687	1.0969	-89.527	-34.692	38.915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND RESID 3:131 )	A	3 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND RESID 3:131 )	B	3 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	A	132 - 237
4	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN A AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	A	499 - 749
5	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	B	132 - 237
6	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN B AND ( RESID 132:237 OR RESID 499:749 ) )	B	499 - 749
7	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN A AND RESID 238:498 )	A	238 - 498
8	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN B AND RESID 238:498 )	B	238 - 498
9	X-RAY DIFFRACTION	7	( CHAIN A AND RESID 750:869 )	A	750 - 869
10	X-RAY DIFFRACTION	8	( CHAIN B AND RESID 750:869 )	B	750 - 869
11	X-RAY DIFFRACTION	9	( CHAIN A AND RESID 870:1022 )	A	870 - 1022
12	X-RAY DIFFRACTION	10	( CHAIN B AND RESID 870:1022 )	B	870 - 1022
13	X-RAY DIFFRACTION	11	( CHAIN A AND RESID 1023:1528 )	A	1023 - 1528
14	X-RAY DIFFRACTION	12	( CHAIN B AND RESID 1023:1528 )	B	1023 - 1528

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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