PDB-7ejh: Crystal structure of KRED mutant-F147L/L153Q/Y190P/L199A/M205F/M2...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ejh

タイトル

Crystal structure of KRED mutant-F147L/L153Q/Y190P/L199A/M205F/M206F and 2-hydroxyisoindoline-1,3-dione complex

要素

3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Ketoreductases / NADPH-dependent / Enantioselectivity

機能・相同性

機能・相同性情報

酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / nucleotide binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Lactobacillus kefiri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.72883927603 Å

データ登録者

Cui, J. / Huang, X. / Wang, B. / Zhao, H. / Zhou, J.

引用

ジャーナル: Nat Catal / 年: 2022
タイトル: Photoinduced chemomimetic biocatalysis for enantioselective intermolecular radical conjugate addition
著者: Huang, X. / Feng, J. / Cui, J. / Jiang, G. / Harrison, W. / Zang, X. / Zhou, J. / Wang, B. / Zhao, H.

履歴

登録	2021年4月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ejh.cif.gz	239.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ejh.ent.gz	175.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ejh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ejh_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ejh_full_validation.pdf.gz	2.7 MB	表示
XML形式データ	7ejh_validation.xml.gz	46.4 KB	表示
CIF形式データ	7ejh_validation.cif.gz	66.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ej/7ejh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ejiC 7ejjC 7vdoC 7ve7C 4rf2S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (3) #77 - 2006年5月ブドウ糖酸化酵素 (Glucose Oxidase) 類似性 (3) #188 - 2015年8月テトラヒドロビオプテリンの生合成 (Tetrahydrobiopterin Biosynthesis) 類似性 (2) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

B: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

C: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

D: 3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase

ヘテロ分子

111 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	131.079, 56.128, 129.036
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.757, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

#1: タンパク質	3-alpha-(Or 20-beta)-hydroxysteroid dehydrogenase / NADPH dependent R-specific alcohol dehydrogenase / SDR family NAD(P)-dependent oxidoreductase 分子量: 26773.164 Da / 分子数: 4 / 変異: F147L, L153Q, Y190P, L199A, M205F, M206F / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Lactobacillus kefiri (バクテリア) 遺伝子: adhR, fabG3, DNL43_05835, LKE01_04370 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: Q6WVP7
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-J66 / 2-oxidanylisoindole-1,3-dione / N-ヒドロキシフタルイミド分子量: 163.130 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₈H₅NO₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 788 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.17 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.21 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES pH 6.5, 30% (w/v) PEG 2000 MME, 0.1 M Sodium acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.72→50 Å / Num. obs: 93853 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 18.3160424274 Å² / CC_1/2: 0.914 / R_merge(I) obs: 0.074 / R_sym value: 0.074 / Net I/σ(I): 23
反射シェル	解像度: 1.73→1.76 Å / R_merge(I) obs: 0.507 / Num. unique obs: 93853 / CC_1/2: 0.917 / R_sym value: 0.507

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.11.1_2575	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4RF2

4rf2

解像度: 1.72883927603→41.7340655768 Å / SU ML: 0.232614047856 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.3437467371 / 位相誤差: 28.0584998069
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235113616947	4290	5.0386413286 %
R_work	0.196485901834	80852	-
obs	0.19849978251	85142	89.0411102164 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.9078282165 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.72883927603→41.7340655768 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7460	0	243	788	8491

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00667946576356	7871
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.979182946698	10715
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0608525259459	1225
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00530352648001	1367
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	24.2782168925	2803

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.72884-1.7485	0.314033031618	91	0.266006686362	1711	X-RAY DIFFRACTION	56.3301031572
1.7485-1.7691	0.320336095113	94	0.265775089145	1856	X-RAY DIFFRACTION	62.2605363985
1.7691-1.7906	0.349724050842	107	0.259286728507	1884	X-RAY DIFFRACTION	62.8869235629
1.7906-1.8133	0.315324962093	107	0.256358898892	1989	X-RAY DIFFRACTION	66.0157480315
1.8133-1.8372	0.313023208178	110	0.248743503719	2074	X-RAY DIFFRACTION	69.2234548336
1.8372-1.8623	0.308461928001	111	0.240814370015	2171	X-RAY DIFFRACTION	72.559618442
1.8623-1.8889	0.28594185263	113	0.24600448661	2304	X-RAY DIFFRACTION	75.8631512869
1.8889-1.9171	0.31514305793	116	0.238581405805	2377	X-RAY DIFFRACTION	78.7677725118
1.9171-1.9471	0.302774150277	134	0.253825933908	2419	X-RAY DIFFRACTION	80.2325581395
1.9471-1.979	0.288951660114	128	0.263045145385	2588	X-RAY DIFFRACTION	84.9812265332
1.979-2.0131	0.312588803762	139	0.264282993025	2657	X-RAY DIFFRACTION	88.4530211958
2.0131-2.0497	0.32909150977	143	0.266533204752	2770	X-RAY DIFFRACTION	92.2127255461
2.0497-2.0892	0.31076598166	153	0.268885201188	2837	X-RAY DIFFRACTION	93.9070351759
2.0892-2.1318	0.336114548959	143	0.261518531407	2924	X-RAY DIFFRACTION	97.6129853596
2.1318-2.1781	0.278654716463	154	0.245876100444	2942	X-RAY DIFFRACTION	96.992481203
2.1781-2.2288	0.30687014219	160	0.237634061322	2976	X-RAY DIFFRACTION	98.4615384615
2.2288-2.2845	0.241094096206	162	0.248325549211	2940	X-RAY DIFFRACTION	98.9158163265
2.2845-2.3463	0.274695352398	167	0.232396468444	2997	X-RAY DIFFRACTION	98.7515605493
2.3463-2.4153	0.284130785207	152	0.220863090674	2999	X-RAY DIFFRACTION	99.3066498582
2.4153-2.4933	0.312660914535	150	0.217334394721	2968	X-RAY DIFFRACTION	98.8585922638
2.4933-2.5824	0.237367388416	161	0.209991705891	3033	X-RAY DIFFRACTION	99.315920398
2.5824-2.6858	0.253081211907	147	0.201327073464	3020	X-RAY DIFFRACTION	99.4973295633
2.6858-2.808	0.253377300061	181	0.209069739554	3021	X-RAY DIFFRACTION	99.6266334785
2.808-2.956	0.244946829873	180	0.197738765926	3004	X-RAY DIFFRACTION	99.7493734336
2.956-3.1411	0.248097072917	153	0.192243129518	3031	X-RAY DIFFRACTION	99.7806330304
3.1411-3.3836	0.2175561575	164	0.185014531936	3017	X-RAY DIFFRACTION	99.9057788945
3.3836-3.7239	0.18891095166	165	0.157091530956	3067	X-RAY DIFFRACTION	99.8763906057
3.7239-4.2623	0.163032493211	173	0.139091961234	3048	X-RAY DIFFRACTION	99.9069478908
4.2623-5.3682	0.145784716645	171	0.121432616904	3063	X-RAY DIFFRACTION	99.9381953028
5.3682-41.7	0.162428164503	161	0.143463557883	3165	X-RAY DIFFRACTION	99.5808383234

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