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万見
- PDB-7ej3: UTP cyclohydrolase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ej3
タイトルUTP cyclohydrolase
要素GTP cyclohydrolase II
キーワードHYDROLASE / UTP / URCA / LYASE
機能・相同性
機能・相同性情報


GTP cyclohydrolase II activity / riboflavin biosynthetic process / GTP binding
類似検索 - 分子機能
GTP cyclohydrolase N-terminal / GTP cyclohydrolase N terminal / GTP cyclohydrolase II, RibA / GTP cyclohydrolase II / GTP cyclohydrolase II superfamily / GTP cyclohydrolase II
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHATE / GLYCINE / GTP cyclohydrolase II
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zhang, H. / Zhang, Y. / Yuchi, Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31870049 中国
引用ジャーナル: Acs Catalysis / 年: 2021
タイトル: Structural and biochemical investigation of UTP cyclohydrolase
著者: Zhang, H. / Wei, Y. / Lin, L. / Liu, J. / Chu, R. / Cao, P. / Ang, E.L. / Zhao, H. / Yuchi, Z. / Zhang, Y.
履歴
登録2021年4月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GTP cyclohydrolase II
B: GTP cyclohydrolase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,4377
ポリマ－90,8832
非ポリマー5545
水20,5731142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10290 Å2
ΔGint-133 kcal/mol
Surface area27060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.152, 115.152, 283.489
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1453-

HOH

21B-857-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21(chain B and (resid 27 through 52 or (resid 53...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLYGLYLEULEUchain AAA27 - 42325 - 421
21GLYGLYASNASN(chain B and (resid 27 through 52 or (resid 53...BB27 - 5225 - 50
22ARGARGALAALA(chain B and (resid 27 through 52 or (resid 53...BB53 - 5451 - 52
23HISHISASPASP(chain B and (resid 27 through 52 or (resid 53...BB24 - 42422 - 422
24HISHISASPASP(chain B and (resid 27 through 52 or (resid 53...BB24 - 42422 - 422
25HISHISASPASP(chain B and (resid 27 through 52 or (resid 53...BB24 - 42422 - 422
26HISHISASPASP(chain B and (resid 27 through 52 or (resid 53...BB24 - 42422 - 422

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要素

#1: タンパク質 GTP cyclohydrolase II


分子量: 45441.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus wratislaviensis (バクテリア)
遺伝子: C8E05_0284 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A3D9R4E8
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DPO / DIPHOSPHATE / ジホスファ-ト


分子量: 173.943 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: O7P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシン


タイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H5NO2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.61 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 / 詳細: 15% w/v PEG 8000, 0.5 M lithium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9715 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9715 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 146135 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.5 % / Biso Wilson estimate: 16.39 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.028 / Rrim(I) all: 0.119 / Χ2: 0.69 / Net I/σ(I): 4.1 / Num. measured all: 2709459
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.6-1.6319.21.08971730.8550.2541.1180.435100
1.63-1.6619.10.96171600.8760.2240.9870.443100
1.66-1.6919.10.83672160.9020.1950.8580.452100
1.69-1.7218.80.72571970.930.1710.7460.457100
1.72-1.7618.50.62772110.9430.1490.6440.462100
1.76-1.818.10.51972310.9630.1250.5340.48100
1.8-1.8517.20.41871870.9690.1030.430.501100
1.85-1.9180.36372190.9790.0880.3740.518100
1.9-1.9519.40.30472740.9860.070.3120.544100
1.95-2.0219.30.26172280.9880.0610.2680.587100
2.02-2.0919.20.21172520.9920.0490.2160.654100
2.09-2.17190.18472830.9930.0430.1890.715100
2.17-2.2718.30.15472560.9950.0370.1580.806100
2.27-2.3917.20.13673050.9960.0340.140.877100
2.39-2.5419.10.12173160.9970.0280.1240.964100
2.54-2.7419.40.10673430.9980.0250.1090.943100
2.74-3.0118.90.09273790.9980.0220.0950.938100
3.01-3.4517.20.07874420.9980.0190.080.963100
3.45-4.3418.70.06475320.9990.0150.0661.079100
4.34-5017.30.05379310.9990.0130.0540.95399.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→24.93 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 14.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1731 1923 1.37 %
Rwork0.1387 138513 -
obs0.1391 140436 96.08 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 104.35 Å2 / Biso mean: 22.6877 Å2 / Biso min: 9.99 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→24.93 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6050 0 24 1142 7216
Biso mean--21.12 35.55 -
残基数----798
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2432X-RAY DIFFRACTION3.804TORSIONAL
12B2432X-RAY DIFFRACTION3.804TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6-1.640.25891210.18498818893987
1.64-1.680.23631280.15639174930291
1.68-1.730.19961330.14199312944592
1.73-1.790.18471320.13519429956193
1.79-1.850.15341350.13029662979795
1.85-1.930.19431320.1369748988096
1.93-2.020.16961390.128399091004897
2.02-2.120.19551400.1272100361017698
2.12-2.250.15281390.125101141025399
2.25-2.430.19061400.1309101751031599
2.43-2.670.15951430.1386102731041699
2.67-3.060.17861450.14721036210507100
3.06-3.850.1711460.13721052210668100
3.85-24.930.15071500.14441097911129100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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