+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7eev | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | Structure of UTP cyclohydrolase | ||||||
Components | GTP cyclohydrolase II | ||||||
Keywords | HYDROLASE / UTP / URCA / LYASE | ||||||
Function / homology | Function and homology information GTP cyclohydrolase II activity / riboflavin biosynthetic process / GTP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Rhodococcus wratislaviensis (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / SAD / Resolution: 2.15 Å | ||||||
Authors | Zhang, H. / Zhang, Y. / Yuchi, Z. | ||||||
Funding support | China, 1items
| ||||||
Citation | Journal: Acs Catalysis / Year: 2021 Title: Structural and biochemical investigation of UTP cyclohydrolase Authors: Zhang, H. / Wei, Y. / Lin, L. / Liu, J. / Chu, R. / Cao, P. / Ang, E.L. / Zhao, H. / Yuchi, Z. / Zhang, Y. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7eev.cif.gz | 182.5 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7eev.ent.gz | 144.8 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7eev.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7eev_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7eev_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | Display | |
Data in XML | 7eev_validation.xml.gz | 40.9 KB | Display | |
Data in CIF | 7eev_validation.cif.gz | 61.3 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eev ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eev | HTTPS FTP |
-Related structure data
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
| ||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-Components
#1: Protein | Mass: 45642.570 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Rhodococcus wratislaviensis (bacteria) / Gene: C8E05_0284 / Production host: Escherichia coli (E. coli) / References: UniProt: A0A3D9R4E8 #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
---|
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.94 Å3/Da / Density % sol: 58.13 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 292.15 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7.4 / Details: 15% w/v PEG 8000, 0.5 M lithium sulfate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Ambient temp details: 100 / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: SSRF / Beamline: BL18U1 / Wavelength: 0.97915 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 6M / Detector: PIXEL / Date: Nov 25, 2020 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.97915 Å / Relative weight: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.15→50 Å / Num. obs: 60586 / % possible obs: 100 % / Redundancy: 38.6 % / Biso Wilson estimate: 19.98 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.116 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.118 / Χ2: 0.447 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 2338007 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: SAD / Resolution: 2.15→23.56 Å / SU ML: 0.15 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / Phase error: 13.2 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 67.6 Å2 / Biso mean: 24.9937 Å2 / Biso min: 11.22 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.15→23.56 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14
|