PDB-7eiy: Human histidine decarboxylase mutant Y334F soaking with histidine

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eiy

タイトル

Human histidine decarboxylase mutant Y334F soaking with histidine

要素

Histidine decarboxylase

キーワード

LYASE / Pyridoxal-dependent decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

histamine biosynthetic process / histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / Histidine catabolism / L-histidine metabolic process / L-histidine catabolic process / catecholamine biosynthetic process / amino acid metabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

フーリエ合成 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Komori, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Macromol / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the HDC Y334F mutant
著者: Komori, H. / Nitta, Y.

履歴

登録	2021年4月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eiy.cif.gz	351 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eiy.ent.gz	280.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eiy.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eiy ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eiy	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eiwC 7eixC 4e1o C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine decarboxylase

B: Histidine decarboxylase

ヘテロ分子

110 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.930, 84.998, 187.417
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histidine decarboxylase / HDC 分子量: 54314.172 Da / 分子数: 2 / 変異: C180S, C418S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19113, histidine decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-HIS / HISTIDINE / ヒスチジン-N^α,3-ジカチオンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 156.162 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₀N₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 232 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.12 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.09 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 28% (w/v) PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 47992 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / R_merge(I) obs: 0.107 / Net I/σ(I): 19.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.28 Å / R_merge(I) obs: 0.61 / Num. unique obs: 4720

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
REFMAC		位相決定

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成 / 解像度: 2.2→36.43 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.961 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.929 / SU B: 11.783 / SU ML: 0.148 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.272 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2241	2425	5.062 %
R_work	0.1665	45480	-
all	0.169	-	-
obs	-	47905	99.919 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 34.338 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.668 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.475 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.143 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→36.43 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7424	0	57	232	7713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.013	7692
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7225
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.097	1.64	10436
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.442	1.578	16641
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.407	5	935
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.378	21.443	402
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.005	15	1296
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.626	15	55
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	982
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	8594
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1798
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.216	0.2	1657
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.19	0.2	6912
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	3702
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.092	0.2	3690
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.141	0.2	312
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.009	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.164	0.2	49
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.124	0.2	6
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.756	2.436	3740
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.756	2.436	3739
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.518	3.644	4666
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.518	3.644	4667
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.207	2.655	3952
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.192	2.653	3948
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	3.324	3.898	5767
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.298	3.894	5761
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.302	28.226	8677
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	4.291	28.165	8642

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.2-2.257	0.28	160	0.222	3314	0.225	3482	0.876	0.892	99.7702	0.193
2.257-2.319	0.275	161	0.19	3249	0.194	3410	0.891	0.924	100	0.161
2.319-2.385	0.247	173	0.179	3102	0.183	3275	0.915	0.933	100	0.152
2.385-2.459	0.244	173	0.179	3043	0.183	3217	0.923	0.939	99.9689	0.152
2.459-2.539	0.248	145	0.174	2968	0.177	3113	0.923	0.939	100	0.146
2.539-2.627	0.263	153	0.182	2865	0.186	3018	0.914	0.935	100	0.156
2.627-2.726	0.248	145	0.182	2760	0.185	2905	0.923	0.937	100	0.153
2.726-2.837	0.253	134	0.183	2676	0.186	2810	0.913	0.936	100	0.155
2.837-2.962	0.271	154	0.174	2542	0.18	2697	0.912	0.94	99.9629	0.15
2.962-3.106	0.257	123	0.173	2484	0.177	2607	0.908	0.946	100	0.15
3.106-3.272	0.24	140	0.176	2330	0.18	2470	0.928	0.951	100	0.159
3.272-3.469	0.227	103	0.165	2228	0.167	2331	0.943	0.962	100	0.152
3.469-3.706	0.198	107	0.161	2106	0.162	2213	0.945	0.963	100	0.15
3.706-4	0.203	87	0.147	1980	0.149	2067	0.954	0.968	100	0.143
4-4.376	0.171	101	0.133	1812	0.135	1913	0.97	0.977	100	0.137
4.376-4.884	0.171	103	0.141	1647	0.143	1750	0.97	0.976	100	0.146
4.884-5.623	0.219	89	0.16	1460	0.164	1550	0.959	0.97	99.9355	0.157
5.623-6.846	0.196	76	0.161	1263	0.163	1339	0.959	0.967	100	0.161
6.846-9.515	0.204	58	0.14	1017	0.143	1075	0.961	0.979	100	0.146
9.515-36.43	0.229	39	0.197	630	0.199	669	0.968	0.973	100	0.21

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5538	-0.193	-0.2168	0.571	0.1926	0.4165	-0.0162	-0.1162	0.0509	0.0451	0.0592	-0.015	0.0186	0.0865	-0.043	0.0263	0.0049	0.0096	0.0473	-0.022	0.0159	-25.6349	15.6038	-27.6169
2	0.6215	-0.1519	-0.1478	0.8145	0.365	0.986	-0.1372	-0.1972	-0.115	0.252	0.1318	0.0412	0.3054	0.1654	0.0054	0.18	0.1156	0.0363	0.0988	0.0434	0.0261	-20.6654	-9.3339	-17.3922

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 476
2	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	501
3	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 477
4	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1000

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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