PDB-7eix: Human histidine decarboxylase mutant Y334F

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eix

タイトル

Human histidine decarboxylase mutant Y334F

要素

Histidine decarboxylase

キーワード

LYASE / Pyridoxal-dependent decarboxylase

機能・相同性

機能・相同性情報

histamine biosynthetic process / histidine decarboxylase / histidine decarboxylase activity / Histidine catabolism / L-histidine catabolic process / L-histidine metabolic process / catecholamine biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Komori, H.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J Biol Macromol / 年: 2021
タイトル: Structural analysis of the HDC Y334F mutant
著者: Komori, H. / Nitta, Y.

履歴

登録	2021年4月1日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年4月19日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eix.cif.gz	356.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eix.ent.gz	279.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eix.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eix ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eix	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eiwC 7eiyC 4e1oS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Histidine decarboxylase

B: Histidine decarboxylase

ヘテロ分子

109 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.984, 85.086, 188.302
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Histidine decarboxylase / HDC 分子量: 54314.172 Da / 分子数: 2 / 変異: C181S, C418S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19113, histidine decarboxylase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 詳細: 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), 28% (w/v) PEG 3350, 0.2 M lithium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→35 Å / Num. obs: 73859 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 22.5
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / R_merge(I) obs: 0.759 / Num. unique obs: 7309

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4E1O

4e1o

解像度: 1.9→34.301 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.962 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / WR_factor R_free: 0.193 / WR_factor R_work: 0.158 / SU B: 6.637 / SU ML: 0.099 / Average fsc free: 0.9314 / Average fsc work: 0.9444 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2061	3719	5.042 %
R_work	0.1671	70043	-
all	0.169	-	-
obs	-	73762	99.181 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.497 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.108 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.874 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.767 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→34.301 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7416	0	35	397	7848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	7700
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	7221
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.723	1.638	10463
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.409	1.574	16653
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.996	5	944
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.385	21.654	405
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.504	15	1304
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.836	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.085	0.2	985
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr_other	0.121	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	8636
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	1802
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	1597
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.178	0.2	6846
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	3721
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.083	0.2	3551
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.134	0.2	408
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.003	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.154	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.174	0.2	35
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.13	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.098	1.849	3738
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.098	1.849	3737
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.681	2.765	4670
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.681	2.766	4671
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.457	2.037	3962
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.45	2.035	3955
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.339	2.989	5784
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.33	2.987	5779
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	3.703	21.879	8781
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	3.674	21.733	8712

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.9-1.949	0.257	267	0.232	5135	0.233	5406	0.879	0.893	99.926	0.204
1.949-2.002	0.234	253	0.206	5047	0.208	5300	0.901	0.91	100	0.177
2.002-2.06	0.244	256	0.195	4875	0.198	5133	0.904	0.923	99.961	0.167
2.06-2.123	0.23	246	0.183	4693	0.186	4946	0.924	0.934	99.8585	0.156
2.123-2.193	0.226	243	0.177	4619	0.18	4873	0.922	0.94	99.7743	0.152
2.193-2.269	0.235	242	0.17	4415	0.173	4666	0.924	0.943	99.8071	0.146
2.269-2.355	0.231	264	0.162	4268	0.166	4542	0.933	0.95	99.7798	0.139
2.355-2.45	0.227	214	0.159	4111	0.162	4357	0.933	0.956	99.2655	0.137
2.45-2.559	0.221	216	0.16	3961	0.163	4207	0.937	0.953	99.2869	0.14
2.559-2.683	0.241	207	0.173	3761	0.177	4013	0.934	0.949	98.8786	0.153
2.683-2.827	0.212	189	0.162	3601	0.165	3843	0.943	0.957	98.6209	0.145
2.827-2.997	0.198	194	0.158	3375	0.16	3617	0.954	0.963	98.6729	0.145
2.997-3.202	0.189	173	0.168	3211	0.169	3447	0.954	0.961	98.1723	0.157
3.202-3.457	0.214	173	0.175	2943	0.178	3194	0.942	0.952	97.5579	0.17
3.457-3.783	0.196	125	0.161	2789	0.162	2960	0.95	0.963	98.4459	0.16
3.783-4.223	0.16	130	0.146	2503	0.147	2701	0.972	0.974	97.4824	0.152
4.223-4.864	0.164	129	0.137	2216	0.139	2402	0.975	0.979	97.627	0.147
4.864-5.927	0.187	87	0.166	1962	0.167	2062	0.96	0.969	99.3695	0.176
5.927-8.26	0.155	66	0.156	1581	0.156	1647	0.974	0.974	100	0.166
8.26-34.301	0.212	45	0.184	963	0.185	1013	0.964	0.969	99.5064	0.204

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.4633	-0.0813	-0.1627	0.4536	0.1038	0.4056	-0.0053	-0.0738	0.0202	0.0562	0.0283	0.0011	0.0163	0.0616	-0.023	0.0228	0.0075	0.013	0.0391	-0.0042	0.0128	-25.6724	16.224	-27.7461
2	0.5356	0.0032	-0.0677	0.6206	0.2394	0.8412	-0.0789	-0.1379	-0.1623	0.2044	0.0564	-0.0058	0.2727	0.1174	0.0225	0.1621	0.0834	0.0373	0.0655	0.0511	0.0545	-20.6946	-9.0882	-17.9842

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	2 - 477
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 477

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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