PDB-7eim: Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching En...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eim

タイトル

Crystal Structure of the Candida Glabrata Glycogen Debranching Enzyme (W470A) in complex with maltopentaose

要素

4-alpha-glucanotransferase

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / Glycogen Debranching Enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

amylo-alpha-1,6-glucosidase / amylo-alpha-1,6-glucosidase activity / 4-alpha-glucanotransferase / 4-alpha-glucanotransferase activity / beta-maltose 4-alpha-glucanotransferase activity / glycogen catabolic process / glycogen biosynthetic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Candida glabrata CBS 138 (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.1 Å

データ登録者

Shen, M. / Xiang, S.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2021
タイトル: Crystal structures of glycogen-debranching enzyme mutants in complex with oligosaccharides.
著者: Shen, M. / Gong, X. / Xiang, S.

履歴

登録	2021年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年11月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eim.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eim.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eim.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eim_validation.pdf.gz	2.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eim_full_validation.pdf.gz	2.2 MB	表示
XML形式データ	7eim_validation.xml.gz	102.9 KB	表示
CIF形式データ	7eim_validation.cif.gz	136.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eim ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eim	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ejpC 7ejtC 7ekwC 7ekxC 5d0fS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ejt-d 7ejp-d 5d0f-d 7ekw-d 7ekx-d 21312 1578 21310 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: 4-alpha-glucanotransferase

B: 4-alpha-glucanotransferase

ヘテロ分子

354 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	156.524, 200.327, 134.281
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 100.840, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2004))
2	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2000))

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2004))	A	3 - 1528
1	2	1	(chain A and (resid 3 through 1528 or resid 2004))	A	2004
2	1	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2000))	B	3 - 1528
2	2	1	(chain B and (resid 3 through 1528 or resid 2000))	B	2000

#1: タンパク質

4-alpha-glucanotransferase / Amylo-alpha-1 / 6-glucosidase / Dextrin 6-alpha-D-glucosidase / Glycogen debrancher / Glycogen ...

分子量: 175429.406 Da / 分子数: 2 / 変異: W470A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Candida glabrata CBS 138 (菌類) / 株: CBS 138 / 遺伝子: GDB1, CAGL0G09977g / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q6FSK0, 4-alpha-glucanotransferase, amylo-alpha-1,6-glucosidase

#2: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D- ...

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 828.719 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-4DGlcpa1-ROH	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,5,4/[a2122h-1a_1-5]/1-1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1_d4-e1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 多糖

alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.96 Å³/Da / 溶媒含有率: 58.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 20% PEG 5000 MME,0.1 M Tris pH7.0,5% Tasimate pH7.0, 3.5mM TCEP hydrochiloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.91769 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.91769 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.1→38.77 Å / Num. obs: 73503 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 18.57
反射シェル	解像度: 3.1→3.15 Å / Num. unique obs: 3642 / CC_1/2: 0.47

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.17.1_3660	精密化
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5D0F

5d0f

解像度: 3.1→38.77 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 36.49 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2816	3606	5.02 %
R_work	0.2501	68297	-
obs	0.2517	71903	98.25 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 229.03 Å² / B_iso mean: 116.1988 Å² / B_iso min: 47.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 3.1→38.77 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	24538	0	204	0	24742
B_iso mean	-	-	136.42	-	-
残基数	-	-	-	-	3052

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	A	14675	X-RAY DIFFRACTION	9.737	TORSIONAL
1	2	B	14675	X-RAY DIFFRACTION	9.737	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 26

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
3.1-3.14	0.4161	133	0.4236	2399	2532	92
3.14-3.19	0.404	169	0.4257	2632	2801	99
3.19-3.23	0.5844	125	0.5346	2168	2293	82
3.23-3.28	0.5228	113	0.5006	2550	2663	95
3.28-3.33	0.3895	142	0.3508	2661	2803	100
3.33-3.39	0.3779	138	0.3496	2637	2775	100
3.39-3.45	0.448	132	0.4078	2658	2790	98
3.45-3.51	0.3646	128	0.3426	2640	2768	99
3.51-3.58	0.3255	157	0.312	2638	2795	100
3.58-3.65	0.3883	132	0.3442	2678	2810	99
3.65-3.73	0.3974	122	0.3934	2626	2748	98
3.73-3.81	0.302	138	0.2998	2668	2806	100
3.81-3.91	0.3609	132	0.3567	2593	2725	98
3.91-4.02	0.3425	152	0.2942	2615	2767	99
4.02-4.13	0.303	129	0.2516	2708	2837	100
4.13-4.27	0.2972	135	0.2431	2647	2782	100
4.27-4.42	0.269	151	0.2311	2666	2817	100
4.42-4.6	0.2784	141	0.2257	2684	2825	100
4.6-4.8	0.2729	126	0.2142	2679	2805	100
4.8-5.06	0.2925	148	0.2045	2672	2820	100
5.06-5.37	0.2378	151	0.2065	2654	2805	100
5.37-5.79	0.231	136	0.2164	2701	2837	100
5.79-6.37	0.2626	130	0.2296	2686	2816	100
6.37-7.28	0.256	140	0.2213	2678	2818	100
7.28-9.15	0.2016	145	0.1769	2698	2843	100
9.16-38.77	0.1958	161	0.1609	2661	2822	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8644	0.3973	-0.1446	2.6117	0.4044	2.2267	0.1332	-0.4238	-0.0714	0.1062	-0.0298	0.3185	0.2747	-0.3259	-0.1439	0.5906	-0.0708	0.0025	1.087	0.0838	0.6379	-52.72	-4.1771	49.0595
2	1.8403	0.344	0.2358	1.4967	-0.1948	0.9622	0.245	-0.248	-0.3707	0.3401	-0.0312	-0.2972	0.8594	-0.0292	-0.2029	1.0596	0.1912	-0.0961	1.0534	0.0146	0.9124	-27.6008	-30.798	43.1225
3	0.6704	0.0974	0.7435	1.6146	-1.1323	3.201	0.0224	0.0702	-0.1689	-0.2011	0.1447	-0.1099	0.236	-0.0402	-0.1358	0.9038	0.0055	-0.0476	1.0194	-0.1136	0.8395	-45.6076	-23.7532	2.6012
4	1.6411	-0.3138	0.4247	1.9874	0.1873	0.1587	0.0899	0.0203	0.0022	0.0197	0.0288	-0.0555	0.3277	0.1837	-0.1241	0.6797	0.0251	-0.0248	1.0461	0.0107	0.4813	-30.4039	-13.4117	41.7952
5	3.0306	0.5402	0.4777	1.6899	0.3288	1.3653	-0.0349	-0.4282	0.1557	0.091	0.0129	-0.1266	0.1783	0.4457	0.0206	0.6238	0.1312	-0.0495	1.4435	-0.0774	0.5947	-6.9519	-3.9969	44.434
6	1.9958	-1.1399	0.5161	2.353	0.4086	2.4462	-0.142	-0.184	0.4015	0.2076	0.1929	-0.3729	0.0028	0.4237	-0.0539	0.5494	-0.046	-0.016	1.0838	-0.1046	0.5927	-32.9945	23.3507	59.281
7	2.0154	-0.239	-0.0019	3.1289	0.7812	2.4841	-0.1312	-0.0775	0.4941	-0.3154	0.064	0.8742	-0.5822	-0.4675	0.1453	0.7539	0.1505	-0.1676	0.939	-0.03	1.0799	-69.1052	38.4601	46.0891
8	1.426	-0.2399	-0.1647	1.8817	-0.3392	1.8504	0.1398	-0.1504	0.2196	-0.0138	0.1931	-0.4581	-0.125	0.5138	-0.3532	0.6455	0.0616	0.0465	0.8221	-0.208	0.8418	-93.466	3.8171	36.5156
9	1.3438	0.4873	0.3092	1.3456	-0.2063	1.5127	0.207	-0.0245	0.3283	-0.0381	-0.1402	0.1789	-0.9799	-0.0613	-0.0797	1.0717	0.2603	0.0692	0.6275	-0.0959	0.9769	-118.3116	31.275	36.3236
10	0.3858	0.331	0.4431	1.0133	1.1323	3.7812	-0.162	0.2025	0.2717	-0.2949	-0.0476	0.4057	-0.7496	-0.4061	0.2233	1.2503	0.1972	0.0487	1.0316	0.0332	1.1457	-110.101	23.8307	-7.1263
11	1.8769	0.0467	-0.6922	1.596	0.1231	1.1827	0.0429	-0.0021	0.2495	-0.0219	-0.051	-0.1665	-0.4214	-0.2379	-0.0007	0.6816	0.1719	0.0137	0.6613	-0.079	0.6448	-116.4563	13.8374	34.3689
12	1.534	0.4051	-0.0034	1.5416	-0.3649	1.7129	-0.0937	-0.4279	-0.0544	0.066	0.0725	0.0441	-0.3127	-0.514	0.0426	0.5831	0.2228	0.0342	1.0235	-0.1346	0.5872	-139.077	5.1801	41.9876
13	2.3967	-0.432	-0.071	1.3727	0.4284	1.7604	-0.3014	-0.4977	-0.5056	0.4392	0.1162	0.3752	0.3732	-0.3667	0.1496	0.7224	0.1271	0.0898	0.6743	0.1031	0.7391	-111.5458	-23.0546	50.7826
14	2.8352	-0.0926	-0.3418	3.2181	-0.0529	2.6423	-0.2064	-0.1944	-1.3138	0.1037	0.2919	-0.4673	0.8614	0.3368	-0.0432	1.0224	0.3616	-0.0402	0.6995	-0.0798	1.4341	-81.9162	-40.9209	36.5392

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 131 )	A	3 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 132 through 237 )	A	132 - 237
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 238 through 498 )	A	238 - 498
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 499 through 749 )	A	499 - 749
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 750 through 869 )	A	750 - 869
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 870 through 1022 )	A	870 - 1022
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 1203 through 1528 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 3 through 131 )	B	3 - 131
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 132 through 237 )	B	132 - 237
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 238 through 498 )	B	238 - 498
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 499 through 749 )	B	499 - 749
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 750 through 869 )	B	750 - 869
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 870 through 1022 )	B	870 - 1022
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 1023 through 1528 )	B	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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