PDB-7eih: Ancestral L-Lys oxidase (ligand free form)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eih

タイトル

Ancestral L-Lys oxidase (ligand free form)

要素

FAD dependent enzyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / L-Lys oxidase

機能・相同性

FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE

機能・相同性情報

生物種

synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Sugiura, S. / Nakano, S. / Niwa, M. / Hasebe, F. / Ito, S.

資金援助

日本, 3件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2021
タイトル: Catalytic mechanism of ancestral L-lysine oxidase assigned by sequence data mining.
著者: Sugiura, S. / Nakano, S. / Niwa, M. / Hasebe, F. / Matsui, D. / Ito, S.

履歴

登録	2021年3月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年8月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月23日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eih.cif.gz	269 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eih.ent.gz	207.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eih.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7eih_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eih_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7eih_validation.xml.gz	47.5 KB	表示
CIF形式データ	7eih_validation.cif.gz	68 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eih ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7eih	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eiiC 7eijC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7eii-d 7eij-d 6c9z-d 3poc-d 2bdm-3 3m46-d 4i0w-d 6ca1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: FAD dependent enzyme

B: FAD dependent enzyme

ヘテロ分子

139 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	89.441, 80.462, 173.800
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: GLU / End label comp-ID: GLU / Auth seq-ID: 0 - 587 / Label seq-ID: 2 - 589

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	A	A
2	B	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	FAD dependent enzyme 分子量: 68691.469 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD 分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₇H₃₃N₉O₁₅P₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 498 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.96 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 12.5% (w/v) PEG3350, 0.1 M HEPES-NaOH (pH 7.5) and 0.2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年3月25日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.2→49.3 Å / Num. obs: 63996 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 13.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.106 / Net I/σ(I): 18.9
反射シェル	解像度: 2.2→2.31 Å / R_merge(I) obs: 0.846 / Num. unique obs: 9129 / CC_1/2: 0.868

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
AutoSol		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.2→49.3 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.917 / SU B: 7.582 / SU ML: 0.185 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.34 / ESU R Free: 0.234 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2552	3243	5.073 %
R_work	0.2136	60683	-
all	0.216	-	-
obs	-	63926	98.607 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 38.326 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.256 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.054 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.202 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.2→49.3 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9529	0	116	498	10143

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	9919
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9017
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.498	1.646	13472
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.275	1.581	20846
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.463	5	1171
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.213	23.98	510
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.039	15	1666
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.984	15	32
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	1234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11212
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2310
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.198	0.2	1995
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.182	0.2	8458
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.173	0.2	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.075	0.2	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.176	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.049	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.311	0.2	16
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.268	0.2	38
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.155	0.2	15
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.102	3.89	4693
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.101	3.889	4692
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.651	5.825	5861
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.651	5.825	5862
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.219	4.199	5226
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.215	4.198	5215
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.052	6.166	7611
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.046	6.164	7600
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.204	44.128	11455
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.199	44.071	11373
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.036	0.05	20153

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03637	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.03637	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2-2.253	0.335	216	0.296	4385	X-RAY DIFFRACTION	97.2933
2.253-2.314	0.334	227	0.279	4289	X-RAY DIFFRACTION	97.8124
2.314-2.381	0.323	233	0.261	4132	X-RAY DIFFRACTION	97.9358
2.381-2.455	0.295	205	0.253	4119	X-RAY DIFFRACTION	98.2058
2.455-2.535	0.317	229	0.249	3887	X-RAY DIFFRACTION	98.2808
2.535-2.624	0.324	218	0.241	3843	X-RAY DIFFRACTION	98.4724
2.624-2.723	0.301	203	0.248	3699	X-RAY DIFFRACTION	98.635
2.723-2.834	0.31	195	0.229	3564	X-RAY DIFFRACTION	98.7651
2.834-2.96	0.283	167	0.229	3454	X-RAY DIFFRACTION	98.5843
2.96-3.104	0.288	184	0.237	3278	X-RAY DIFFRACTION	98.4922
3.104-3.272	0.298	157	0.249	3157	X-RAY DIFFRACTION	99.2513
3.272-3.47	0.264	180	0.236	2967	X-RAY DIFFRACTION	99.3058
3.47-3.709	0.235	144	0.222	2817	X-RAY DIFFRACTION	98.8978
3.709-4.006	0.231	148	0.197	2640	X-RAY DIFFRACTION	99.5714
4.006-4.387	0.206	125	0.162	2425	X-RAY DIFFRACTION	99.2604
4.387-4.903	0.208	118	0.153	2216	X-RAY DIFFRACTION	99.4461
4.903-5.659	0.18	98	0.161	1980	X-RAY DIFFRACTION	99.5688
5.659-6.923	0.192	79	0.179	1704	X-RAY DIFFRACTION	99.6089
6.923-9.76	0.144	80	0.153	1336	X-RAY DIFFRACTION	99.7886
9.76-49.3	0.312	37	0.22	792	X-RAY DIFFRACTION	97.7594

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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