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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ei6 | ||||||
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タイトル | GNRA tetraloop receptor motif composed of RNA and DNA | ||||||
要素 | DNA/RNA (35-MER) | ||||||
キーワード | DNA-RNA HYBRID / GNRA tetraloop / tetraloop receptor | ||||||
機能・相同性 | IRIDIUM (III) ION / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: RNA GNRA tetraloop and tetraloop receptor motifs 著者: Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ei6.cif.gz | 32.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ei6.ent.gz | 18.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ei6.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ei6_validation.pdf.gz | 365.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ei6_full_validation.pdf.gz | 365.4 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ei6_validation.xml.gz | 2.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ei6_validation.cif.gz | 3.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7ei6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7ei6 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7ei5C 4fnjS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA/RNAハイブリッド | 分子量: 11129.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.55 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: Sodium malonate pH7.0, HEPES pH7.0, Jeffamine ED-2001 pH7.0 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.10611 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月1日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.10611 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.9→31.91 Å / Num. obs: 7926 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 2.634 % / Biso Wilson estimate: 42.802 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.635 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 20875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4FNJ 解像度: 2.9→31.91 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 24.86 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 276.64 Å2 / Biso mean: 42.1098 Å2 / Biso min: 17.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.9→31.91 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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