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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ei5 | ||||||
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Title | GNRA tetraloop receptor motif composed of RNA and DNA | ||||||
![]() | DNA/RNA (35-MER) | ||||||
![]() | DNA-RNA HYBRID / GNRA tetraloop / tetraloop receptor | ||||||
Function / homology | : / STRONTIUM ION / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: RNA GNRA tetraloop and tetraloop receptor motifs Authors: Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 33.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 19.2 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ei6C ![]() 4fnjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: DNA/RNA hybrid | Mass: 11129.910 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||||||
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#2: Chemical | #3: Chemical | ChemComp-SR / #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.96 Å3/Da / Density % sol: 68.97 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: sodium cacodylate, MPD, hexammine cobalt, strontium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS PILATUS3 S 2M / Detector: PIXEL / Date: Jun 18, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→30.44 Å / Num. obs: 7623 / % possible obs: 98.8 % / Redundancy: 2.669 % / Biso Wilson estimate: 37.566 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.063 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 1.057 / Net I/σ(I): 13.75 / Num. measured all: 20349 / Scaling rejects: 2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4fnj Resolution: 2.9→30.44 Å / SU ML: 0.31 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.98 / Phase error: 22.13 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 143.69 Å2 / Biso mean: 35.5645 Å2 / Biso min: 11.34 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→30.44 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 5
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