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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ei6 | ||||||
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Title | GNRA tetraloop receptor motif composed of RNA and DNA | ||||||
![]() | DNA/RNA (35-MER) | ||||||
![]() | DNA-RNA HYBRID / GNRA tetraloop / tetraloop receptor | ||||||
Function / homology | IRIDIUM (III) ION / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)![]() | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
![]() | ![]() Title: RNA GNRA tetraloop and tetraloop receptor motifs Authors: Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 32.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 18.5 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 365.4 KB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 365.4 KB | Display | |
Data in XML | ![]() | 2.7 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 3.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 7ei5C ![]() 4fnjS S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
#1: DNA/RNA hybrid | Mass: 11129.910 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||||
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#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.18 Å3/Da / Density % sol: 70.55 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Sodium malonate pH7.0, HEPES pH7.0, Jeffamine ED-2001 pH7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.10611 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→31.91 Å / Num. obs: 7926 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 2.634 % / Biso Wilson estimate: 42.802 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.635 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 20875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 4FNJ Resolution: 2.9→31.91 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / Phase error: 24.86 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 276.64 Å2 / Biso mean: 42.1098 Å2 / Biso min: 17.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→31.91 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
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