+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7ei6 | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
Title | GNRA tetraloop receptor motif composed of RNA and DNA | ||||||
Components | DNA/RNA (35-MER) | ||||||
Keywords | DNA-RNA HYBRID / GNRA tetraloop / tetraloop receptor | ||||||
Function / homology | IRIDIUM (III) ION / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.9 Å | ||||||
Authors | Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: RNA GNRA tetraloop and tetraloop receptor motifs Authors: Kondo, J. / Hayasaka, A. | ||||||
History |
|
-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
---|
-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7ei6.cif.gz | 32.1 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
---|---|---|---|---|
PDB format | pdb7ei6.ent.gz | 18.5 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7ei6.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7ei6_validation.pdf.gz | 365.4 KB | Display | wwPDB validaton report |
---|---|---|---|---|
Full document | 7ei6_full_validation.pdf.gz | 365.4 KB | Display | |
Data in XML | 7ei6_validation.xml.gz | 2.7 KB | Display | |
Data in CIF | 7ei6_validation.cif.gz | 3.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7ei6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ei/7ei6 | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7ei5C 4fnjS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
---|---|
Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
Unit cell |
|
-Components
#1: DNA/RNA hybrid | Mass: 11129.910 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
---|
-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 4.18 Å3/Da / Density % sol: 70.55 % |
---|---|
Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: Sodium malonate pH7.0, HEPES pH7.0, Jeffamine ED-2001 pH7.0 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1.10611 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Mar 1, 2019 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.10611 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.9→31.91 Å / Num. obs: 7926 / % possible obs: 97.8 % / Redundancy: 2.634 % / Biso Wilson estimate: 42.802 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.068 / Rrim(I) all: 0.086 / Χ2: 1.635 / Net I/σ(I): 11.1 / Num. measured all: 20875 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
|
-Processing
Software |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 4FNJ Resolution: 2.9→31.91 Å / SU ML: 0.33 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / Phase error: 24.86 / Stereochemistry target values: ML
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 276.64 Å2 / Biso mean: 42.1098 Å2 / Biso min: 17.68 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.9→31.91 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
|