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- PDB-7ei0: Crystal structure of falcipain 2 from 3D7 strain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ei0
タイトルCrystal structure of falcipain 2 from 3D7 strain
要素Cysteine proteinase falcipain 2a
キーワードHYDROLASE / malaria / plasmodium / protease / falcipain 2 / drug target
機能・相同性
機能・相同性情報


MHC class II antigen presentation / Neutrophil degranulation / food vacuole / proteolysis involved in protein catabolic process / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular space / membrane
類似検索 - 分子機能
Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease ...Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Cathepsin propeptide inhibitor domain (I29) / Papain-like cysteine endopeptidase / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / : / Peptidase C1A, papain C-terminal / Papain family cysteine protease / Papain family cysteine protease / Cysteine peptidase, cysteine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases cysteine active site. / Papain-like cysteine peptidase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / Falcipain-2a
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.4 Å
データ登録者Chakraborty, S. / Biswas, S.
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2022
タイトル: New insights of falcipain 2 structure from Plasmodium falciparum 3D7 strain.
著者: Chakraborty, S. / Alam, B. / Biswas, S.
履歴
登録2021年3月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cysteine proteinase falcipain 2a
B: Cysteine proteinase falcipain 2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,58614
ポリマ－54,5252
非ポリマー1,06012
水95553
1
A: Cysteine proteinase falcipain 2a
ヘテロ分子

B: Cysteine proteinase falcipain 2a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,58614
ポリマ－54,5252
非ポリマー1,06012
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_454x-1/2,-y+1/2,-z-1/41
Buried area3450 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area22940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)115.550, 115.550, 240.891
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-439-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 41 or resid 43 through 241))
21(chain B and (resid 1 through 41 or resid 43 through 241))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLNGLNSERSER(chain A and (resid 1 through 41 or resid 43 through 241))AA1 - 411 - 41
12TRPTRPGLUGLU(chain A and (resid 1 through 41 or resid 43 through 241))AA43 - 24143 - 241
21GLNGLNSERSER(chain B and (resid 1 through 41 or resid 43 through 241))BB1 - 411 - 41
22TRPTRPGLUGLU(chain B and (resid 1 through 41 or resid 43 through 241))BB43 - 24143 - 241

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Cysteine proteinase falcipain 2a


分子量: 27262.723 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate 3D7) (マラリア病原虫)
遺伝子: PF3D7_1115700 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8I6U4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ

-
非ポリマー , 6種, 65分子

#2: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 7.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 83.32 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ethylene glycol, ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.4→48.48 Å / Num. obs: 23265 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.22 / Rpim(I) all: 0.061 / Rrim(I) all: 0.228 / Net I/σ(I): 10.9 / Num. measured all: 319821 / Scaling rejects: 50
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
3.4-3.6713.51.9146308446610.7140.5391.9891.8100
9-48.48120.0421696214170.9990.0120.04346.899.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.2データスケーリング
PHENIX1.14精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BPF

3bpf


解像度: 3.4→38.688 Å / SU ML: 0.54 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 31.91 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2855 1151 4.98 %
Rwork0.2622 21971 -
obs0.2633 23122 99.71 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 316.21 Å2 / Biso mean: 136.1669 Å2 / Biso min: 1.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.4→38.688 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3826 0 144 53 4023
Biso mean--101.01 93.74 -
残基数----482
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1422X-RAY DIFFRACTION14.947TORSIONAL
12B1422X-RAY DIFFRACTION14.947TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.4001-3.55470.37271560.38072661100
3.5547-3.7420.37431530.34562676100
3.742-3.97620.38661280.34292731100
3.9762-4.28290.36321250.3162270399
4.2829-4.71320.28881320.2736272599
4.7132-5.39360.31761450.26832737100
5.3936-6.78940.30331640.26542790100
6.7894-38.6880.19511480.18912948100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9834-5.1875-1.75655.2488-0.61036.4487-0.568-0.1967-1.6969-0.3968-0.4918-1.29152.9971-1.34551.14741.772-0.26970.17141.20040.40931.9861-33.517-1.358-40.735
27.92362.14754.05243.81891.894810.1810.0071-1.1122-0.11520.4633-0.3797-0.38970.30690.31290.35050.79930.17290.04861.38340.53280.9501-21.79917.759-28.972
35.10991.8711-0.55337.86462.20178.6979-0.32350.3867-0.6416-1.277-0.011-0.83572.02730.82930.36711.03770.11360.04020.91370.41260.99-24.5117.364-42.224
45.70865.8969-3.49325.5782-1.80338.574-0.55111.90110.1062-2.217-0.2296-1.66670.47170.81990.54051.1449-0.00260.26891.54710.26621.324-18.78818.885-53.615
56.77681.73562.11895.94254.88624.4507-0.56710.4066-1.0643-0.2378-0.31620.51911.29590.98270.9880.9034-0.04570.12531.14780.19440.9319-31.22813.417-56.706
611.7313.01841.02119.5571-2.68535.232-0.1474-0.3498-0.7807-0.6345-0.00720.10240.52960.85070.37310.69990.13170.09830.94530.26670.5688-25.23513.415-45.948
73.4664-1.2237-2.78684.9921-1.77544.0312.5825-2.2494-0.34194.4442-0.99610.51811.5336-3.2646-1.39292.4017-0.8951-0.08412.31590.33131.3517-4.06618.9851.182
811.309715.5129-0.150519.8376-2.0875.8819-0.1880.528-0.9352-0.8220.414-1.132-0.1689-0.2516-0.2930.68750.1271-0.0051.37390.33150.887.03329.642-18.136
92.86128.41810.991811.3059-4.49355.58144.567-4.3668-3.38036.053-4.2098-2.9673-0.37911.3591-0.02192.0575-0.8617-0.91432.40290.78451.54981.8719.035-4.376
107.70690.5794-5.02449.9218-4.56895.4047-0.01970.8368-4.0571-1.43780.197-3.04054.44091.3443-0.16291.8462-0.07160.15561.9347-0.08732.16988.7164.999-20.64
111.08033.5592-1.2612.3075-0.8789-0.2341-0.576-0.2361-5.83990.6523-0.2716-8.05061.5843-0.24390.84431.7578-0.4681-0.11811.65810.2923.2951-4.3632.309-13.387
129.86399.7567-4.24919.86961.76393.60770.376-0.7712-3.3460.0345-0.4772-4.24610.1262-0.63420.10221.4873-0.0615-0.19411.5840.47612.37152.44512.993-13.849
131.99821.99431.99953.9759-2.5481.6359-0.85930.90151.6682-0.1857-0.87510.1721-1.61080.69730.27682.5447-0.7632-3.17361.99770.0715-3.5246-18.48530.102-41.658
141.99882.00612.00011.99029.74623.13143.2506-0.819-2.95021.7583-2.5634-2.8470.60290.3606-0.7552-0.72261.2608-2.33074.067-0.66620.9828-10.23713.628-39.078
151.39880.3678-0.7471.26111.3232.37620.2978-0.32121.9119-2.46980.5929-3.6403-0.68050.3122-0.41882.4050.4792-1.7372-3.9947-1.05944.2588-33.99219.937-54.803
161.999722.000422.00021.9988-16.737438.76520.2957-13.67167.059-6.2226-18.323713.19389.68736.9616-1.104-3.0607-2.5743-0.45293.6258-30.875-6.668-43.575
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 1:23 )A1 - 23
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 24:124 )A24 - 124
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 125:157 )A125 - 157
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 158:173 )A158 - 173
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 174:203 )A174 - 203
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 204:241 )A204 - 241
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 1:23 )B1 - 23
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 24:124 )B24 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN B AND RESID 125:150 )B125 - 150
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN B AND RESID 151:173 )B151 - 173
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 174:203 )B174 - 203
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 204:241 )B204 - 241
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN A AND RESID 301:301 )A301
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN A AND RESID 302:302 )A302
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN A AND RESID 304:304 )A304
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN A AND RESID 306:306 )A306

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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