PDB-7eha: Crystal structure of the flagellar hook cap from Salmonella enter...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7eha

タイトル

Crystal structure of the flagellar hook cap from Salmonella enterica serovar Typhimurium

要素

Basal-body rod modification protein FlgD

キーワード

MOTOR PROTEIN / Bacterial flagellum / Hook / Hook cap / Salmonella enterica serovar Typhimurium

機能・相同性

FlgD Tudor-like domain / FlgD Tudor-like domain / Flagellar hook capping protein / Flagellar hook capping protein - N-terminal region / FlgD Ig-like domain / FlgD Ig-like domain / bacterial-type flagellum organization / Basal-body rod modification protein FlgD

機能・相同性情報

生物種

Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 3.3 Å

データ登録者

Matsunami, H. / Yoon, Y.-H. / Imada, K. / Namba, K. / Samatey, F.A.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: Structure of the bacterial flagellar hook cap provides insights into a hook assembly mechanism
著者: Matsunami, H. / Yoon, Y.H. / Imada, K. / Namba, K. / Samatey, F.A.

履歴

登録	2021年3月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え	2021年11月24日	ID: 6IEE
改定 1.0	2021年11月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月29日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.selection_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7eha.cif.gz	380.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7eha.ent.gz	267.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7eha.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7eha_validation.pdf.gz	467.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7eha_full_validation.pdf.gz	476.6 KB	表示
XML形式データ	7eha_validation.xml.gz	28.9 KB	表示
CIF形式データ	7eha_validation.cif.gz	38.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/7eha ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/eh/7eha	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7eh9C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4kqe-1 6qib-d 6i8a-1 4m8o-d 6h1v-d 6fwk-1 4ptf-d 4ghk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Basal-body rod modification protein FlgD

B: Basal-body rod modification protein FlgD

C: Basal-body rod modification protein FlgD

D: Basal-body rod modification protein FlgD

E: Basal-body rod modification protein FlgD

120 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: cross-linking

単位格子

Length a, b, c (Å)	141.283, 141.283, 153.487
Angle α, β, γ (deg.)	90.0, 90.0, 120.0
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21
Space group name Hall	P3₂2"
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -y,x-y,z+2/3 #3: -x+y,-x,z+1/3 #4: x-y,-y,-z+1/3 #5: -x,-x+y,-z+2/3 #6: y,x,-z

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1
3	1
4	1

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Selection details	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	VAL	VAL	LYS	LYS	chain 'B' and segid 'B '	B	B	68 - 112	68 - 112
1	2	VAL	VAL	GLN	GLN	chain 'B' and segid 'B '	B	B	119 - 130	119 - 130
1	3	ALA	ALA	THR	THR	chain 'B' and segid 'B '	B	B	133 - 164	133 - 164
1	4	LYS	LYS	VAL	VAL	chain 'B' and segid 'B '	B	B	168 - 206	168 - 206
1	5	LEU	LEU	ILE	ILE	chain 'B' and segid 'B '	B	B	215 - 232	215 - 232
2	6	VAL	VAL	LYS	LYS	chain 'C' and segid 'C '	C	C	68 - 112	68 - 112
2	7	VAL	VAL	GLN	GLN	chain 'C' and segid 'C '	C	C	119 - 130	119 - 130
2	8	ALA	ALA	THR	THR	chain 'C' and segid 'C '	C	C	133 - 164	133 - 164
2	9	LYS	LYS	VAL	VAL	chain 'C' and segid 'C '	C	C	168 - 206	168 - 206
2	10	LEU	LEU	ILE	ILE	chain 'C' and segid 'C '	C	C	215 - 232	215 - 232
3	11	VAL	VAL	LYS	LYS	chain 'D' and segid 'D '	D	D	68 - 112	68 - 112
3	12	VAL	VAL	GLN	GLN	chain 'D' and segid 'D '	D	D	119 - 130	119 - 130
3	13	ALA	ALA	THR	THR	chain 'D' and segid 'D '	D	D	133 - 164	133 - 164
3	14	LYS	LYS	VAL	VAL	chain 'D' and segid 'D '	D	D	168 - 206	168 - 206
3	15	LEU	LEU	ILE	ILE	chain 'D' and segid 'D '	D	D	215 - 232	215 - 232
4	16	VAL	VAL	LYS	LYS	chain 'E' and segid 'E '	E	E	68 - 112	68 - 112
4	17	VAL	VAL	GLN	GLN	chain 'E' and segid 'E '	E	E	119 - 130	119 - 130
4	18	ALA	ALA	THR	THR	chain 'E' and segid 'E '	E	E	133 - 164	133 - 164
4	19	LYS	LYS	VAL	VAL	chain 'E' and segid 'E '	E	E	168 - 206	168 - 206
4	20	LEU	LEU	ILE	ILE	chain 'E' and segid 'E '	E	E	215 - 232	215 - 232

#1: タンパク質	Basal-body rod modification protein FlgD / Flagellar hook cap 分子量: 24001.637 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 遺伝子: flgD, fla FIV, flaV, STM1176 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A1I9

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 66.62 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.6 / 詳細: PEG 2000, sodium citrate, 2,3-butanediol, glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 40 K / Ambient temp details: Helium gas flow / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月15日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.3→47.8 Å / Num. obs: 27142 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 3.3→3.48 Å / R_merge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique obs: 3930

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BSS		データ収集
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
SHARP		位相決定
PHENIX	1.9_1692	精密化

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 3.3→47.2 Å / SU ML: 0.392618180736 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37992078097 / 位相誤差: 27.8411812832

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.284	2589	5.02162654926 %
R_work	0.244	48968	-
obs	0.246	27142	99.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 137.22 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.3→47.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5988	0	0	0	5988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.00349837902806	6045
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.779841890521	8236
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0296680664753	1051
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.00314458021529	1065
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.0916738323	2138

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.3-3.3635	0.299723526193	147	0.274471417298	2776	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3635-3.4322	0.310192277136	132	0.263797111833	2700	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4322-3.5068	0.320713536296	186	0.261002845724	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5068-3.5883	0.287658197005	102	0.275771708341	2748	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5883-3.678	0.337272506985	167	0.28193140797	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
3.678-3.7774	0.338087494073	158	0.286642729296	2751	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7774-3.8885	0.311156965301	174	0.276538974346	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8885-4.014	0.279910981253	154	0.273121586276	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
4.014-4.1574	0.330696474202	156	0.25015519538	2691	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1574-4.3237	0.267315746346	110	0.236924445395	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3237-4.5203	0.227027307122	152	0.22517899329	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5203-4.7584	0.202952269782	128	0.201295669348	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7584-5.0563	0.23388837818	124	0.202274062063	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0563-5.4461	0.251585792009	164	0.220392399166	2711	X-RAY DIFFRACTION	100
5.4461-5.9932	0.25266526196	114	0.238610285882	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9932-6.8582	0.320334192741	134	0.276869944114	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
6.8582-8.632	0.273301824469	124	0.247877538086	2731	X-RAY DIFFRACTION	99.6509598604
8.632-47.2	0.313124351727	163	0.241537316369	2707	X-RAY DIFFRACTION	99.7220291869

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0530110354193	-0.124440189208	-0.0668284025128	0.0678008869117	0.0359015992271	0.0600295151099	0.259897140884	0.504927617566	-1.76186773533	-0.257942270487	0.740990311948	-1.03530600861	0.307050069705	0.731216813855	0.0377777128122	1.76156023501	0.285785040469	-0.667725952511	1.12165079981	-0.259165870505	3.42171538665	-16.7971934396	24.1509558385	-4.190714562
2	2.58854719309	1.06210258846	1.57051542282	3.45968708737	-1.13873914503	5.90530766339	-0.386122807289	-0.288018717466	0.197552310695	-0.036037753197	-0.226354833994	-0.215885635177	-0.455687237171	-0.485047273867	-0.00194940972072	0.496025006807	-0.0997115922027	-0.17782727112	0.660806895534	0.0444978993992	0.554230713886	-39.547259136	63.3102329877	-12.7038074973
3	5.64679229606	-3.09260878032	-1.48236454001	1.80666315716	0.778971066456	0.337829700725	-0.635164714615	-1.04537016191	0.737326267514	-0.59223908285	0.874305479139	-1.2650905905	1.65524453983	0.787134863655	0.257688880864	1.82587597222	0.12625789352	0.113192509138	1.25439362631	0.220370696091	1.67375672518	-22.2578839159	28.6983752196	3.91721841574
4	1.12740270213	-0.249261372436	0.684165398646	0.925834577387	-0.368541189697	0.817287671515	0.0593947939753	0.563979592735	0.685448019636	-0.990383575888	-0.348066293865	0.166847809885	-0.722851102684	0.222943419172	-0.0614544763269	1.56247185724	-0.511121196692	-0.327265226166	0.781600722348	0.385079368565	1.15931455091	-58.4604579232	37.3012191736	-9.17744719769
5	0.88904689869	-0.00508427171941	0.382091668774	0.957362929596	-0.72907559111	0.731390376856	0.595036358911	-0.0635890778643	-0.350867657207	-0.0326732696445	-0.404049135358	-0.521021923364	0.578840071703	0.256999682271	0.173571603713	1.37561933669	-0.720962065903	-0.213845853288	1.21651906401	0.636778308153	1.22896932026	-43.4951109721	30.6157316122	-2.492391834
6	0.0157373760429	-0.133056711416	0.0156166511043	0.50614286607	-0.205028266862	0.0477956565383	0.520880087378	-0.0557347751514	-0.171897371335	-0.733346912906	-0.152035915972	-1.82917790009	1.01423175684	0.995351894548	0.0947499391185	1.27253501748	0.0481944816537	0.158394443717	1.91003406444	0.365666486967	2.31137312503	-9.36294205274	37.5535746046	5.39713227272
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 56 through 96 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 97 through 232 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 62 through 104 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 105 through 187 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 188 through 232 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 63 through 98 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 99 through 163 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 164 through 206 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 215 through 232 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 68 through 96 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 97 through 141 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'D' and (resid 142 through 150 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 151 through 163 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 164 through 195 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 196 through 232 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'E' and (resid 67 through 96 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'E' and (resid 97 through 110 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'E' and (resid 111 through 124 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'E' and (resid 125 through 232 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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