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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eh2 | ||||||
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タイトル | Thermus thermophilus transcription initiation complex containing a template-strand pyrimidine at position TSS-2 and GpG RNA primer | ||||||
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![]() | TRANSCRIPTION/DNA/RNA / Thermus thermophilus / RNA polymerase / transcription initiation / GpG / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding ...sigma factor activity / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Li, L. / Zhang, Y. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Promoter-sequence determinants and structural basis of primer-dependent transcription initiation in Escherichia coli . 著者: Skalenko, K.S. / Li, L. / Zhang, Y. / Vvedenskaya, I.O. / Winkelman, J.T. / Cope, A.L. / Taylor, D.M. / Shah, P. / Ebright, R.H. / Kinney, J.B. / Zhang, Y. / Nickels, B.E. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 620.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 726.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 227.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 311.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 4種, 10分子 ABKLCMDNEO
#1: タンパク質 | 分子量: 35056.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質 | 分子量: 125436.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: タンパク質 | 分子量: 170997.391 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #4: タンパク質 | 分子量: 11533.316 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() |
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-DNA鎖 , 2種, 4分子 GJHQ
#6: DNA鎖 | 分子量: 8421.432 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #7: DNA鎖 | 分子量: 5781.736 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 4分子 FPIR
#5: タンパク質 | 分子量: 50769.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / 遺伝子: sigA, TTHA0532 / 発現宿主: ![]() ![]() #8: RNA鎖 | 分子量: 645.454 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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-非ポリマー , 3種, 49分子 ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#9: 化合物 | ChemComp-ZN / #10: 化合物 | #11: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.37 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.05 M Magnesium chloride, 0.2 M Potassium chloride, 0.1 M Tris-HCl pH 8, 10% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年10月11日 | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97918 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 3.34→123.62 Å / Num. obs: 162121 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 4.1 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.117 / Net I/σ(I): 10.4 / Num. measured all: 668766 / Scaling rejects: 5 | ||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4G7H 解像度: 3.34→97.817 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.91 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 216.04 Å2 / Biso mean: 96.5395 Å2 / Biso min: 30.76 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 3.34→97.817 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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