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- PDB-7egs: The crystal structure of lobe domain of E. coli RNA polymerase co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7egs
タイトルThe crystal structure of lobe domain of E. coli RNA polymerase complexed with the C-terminal domain of UvrD
要素
  • DNA helicase II
  • DNA-directed RNA polymerase subunit beta
キーワードTRANSCRIPTION / TCR / Escherichia Coli / UvrD / RNA polymerase / DNA repair
機能・相同性
機能・相同性情報


rolling circle DNA replication / single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / DNA helicase complex / DNA translocase activity / single-stranded DNA helicase activity / SOS response / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase ...rolling circle DNA replication / single-stranded DNA-dependent ATP-dependent DNA helicase complex / mismatch repair involved in maintenance of fidelity involved in DNA-dependent DNA replication / DNA helicase complex / DNA translocase activity / single-stranded DNA helicase activity / SOS response / recombinational repair / 3'-5' DNA helicase activity / DNA 3'-5' helicase / submerged biofilm formation / cellular response to cell envelope stress / regulation of DNA-templated transcription initiation / replication fork processing / bacterial-type flagellum assembly / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / nitrate assimilation / mismatch repair / DNA helicase activity / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / isomerase activity / nucleotide-excision repair / DNA-templated transcription initiation / cell motility / response to radiation / ribonucleoside binding / : / : / : / : / : / : / DNA-directed RNA polymerase / response to heat / intracellular iron ion homeostasis / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / response to antibiotic / protein homodimerization activity / ATP hydrolysis activity / DNA binding / ATP binding / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
DNA helicase, ATP-dependent, UvrD type / PcrA/UvrD tudor domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain ...DNA helicase, ATP-dependent, UvrD type / PcrA/UvrD tudor domain / DExx box DNA helicase domain superfamily / UvrD-like DNA helicase C-terminal domain profile. / UvrD-like DNA helicase, C-terminal / UvrD-like helicase C-terminal domain / UvrD/REP helicase N-terminal domain / UvrD-like DNA helicase ATP-binding domain profile. / DNA helicase, UvrD/REP type / UvrD-like helicase, ATP-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2 / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 6 / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA helicase II / DNA-directed RNA polymerase subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Zheng, F. / Shen, L. / Li, L. / Zhang, Y.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, China)31670067 中国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Crucial role and mechanism of transcription-coupled DNA repair in bacteria.
著者: Bharati, B.K. / Gowder, M. / Zheng, F. / Alzoubi, K. / Svetlov, V. / Kamarthapu, V. / Weaver, J.W. / Epshtein, V. / Vasilyev, N. / Shen, L. / Zhang, Y. / Nudler, E.
履歴
登録2021年3月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.name
改定 1.22022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
B: DNA helicase II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,7543
ポリマ－41,6612
非ポリマー921
水2,900161
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.085, 42.241, 87.849
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 105.230, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 33931.730 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12
遺伝子: rpoB, groN, nitB, rif, ron, stl, stv, tabD, b3987, JW3950
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8V2, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA helicase II


分子量: 7729.751 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: uvrD, mutU, pdeB, rad, recL, b3813, JW3786 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03018, DNA helicase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.36 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.1 M HEPES pH 7.0, 10% w/v polyethylene glycol 4000, 10 % (v/v) isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→40 Å / Num. obs: 46583 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 29.57 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.041 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.137 / Net I/av σ(I): 16.3 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.7-1.733.20.40522940.8530.2630.4850.63499.4
1.73-1.763.30.35223560.8740.2290.4220.62599.2
1.76-1.793.30.323090.9230.1940.3590.67499.5
1.79-1.833.30.25523180.9450.1650.3050.70399.3
1.83-1.873.30.21523060.9490.1390.2570.75499
1.87-1.913.30.18623260.9610.1210.2220.81698.6
1.91-1.963.10.15722320.9540.1050.190.9797.2
1.96-2.023.50.12923240.9790.0810.1530.98599.4
2.02-2.073.40.11923340.9790.0750.1411.10599.3
2.07-2.143.40.10923410.9830.0690.131.2499.4
2.14-2.223.40.10123660.9840.0650.1211.31199.4
2.22-2.313.20.09522860.9810.0620.1141.45899
2.31-2.413.20.08923010.9890.0560.1051.53997.7
2.41-2.543.50.08523240.9870.0530.11.45499.5
2.54-2.73.40.07823530.9860.050.0931.50499.4
2.7-2.913.40.07623530.9870.0480.091.61199.2
2.91-3.23.30.07323150.9860.0470.0871.62197.9
3.2-3.663.50.06723530.9910.0420.0791.61599.2
3.66-4.613.20.05623590.9920.0360.0671.26897.8
4.61-403.40.04724330.9910.030.0560.76898.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LTI

3lti


解像度: 1.7→37.807 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 25.9 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2336 2439 5.34 %
Rwork0.2032 43254 -
obs0.2048 45693 96.73 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 84.83 Å2 / Biso mean: 38.6115 Å2 / Biso min: 19.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.7→37.807 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2705 0 6 161 2872
Biso mean--49.61 40.14 -
残基数----348
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082776
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0583749
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4171038
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7-1.73470.33721480.2841254798
1.7347-1.77240.30451350.2657260599
1.7724-1.81370.29661350.244257499
1.8137-1.8590.30731530.2409252398
1.859-1.90930.28091400.2371256697
1.9093-1.96540.29171230.2275248795
1.9654-2.02890.20991490.2237259298
2.0289-2.10140.25261510.2319255398
2.1014-2.18550.25521490.2175253598
2.1855-2.2850.26451490.2216254697
2.285-2.40540.2531530.2103249495
2.4054-2.55610.28531540.2288253897
2.5561-2.75340.24971540.2219255297
2.7534-3.03040.23331540.2234252396
3.0304-3.46860.22661450.1996253396
3.4686-4.36910.20081300.176254595
4.3691-37.8070.18851170.1721254192

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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