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- PDB-7efz: Structure of Thermotoga maritima GH5 endoglucanase TM1752 in comp... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7efz | ||||||
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Title | Structure of Thermotoga maritima GH5 endoglucanase TM1752 in complex with TRIS | ||||||
![]() | Endoglucanase | ||||||
![]() | HYDROLASE / TIM barrel / Glycoside hydrolase / Endoglucanase | ||||||
Function / homology | ![]() glucan catabolic process / beta-glucosidase activity / cell surface / extracellular region Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Manoj, N. / Garg, P. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Structure of Thermotoga maritima GH5 endoglucanase TM1752 in complex with TRIS Authors: Manoj, N. / Garg, P. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 404.1 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 334 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1vjzS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
#1: Protein | Mass: 40815.488 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() Strain: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / Gene: TM_1752 / Plasmid: pMH4 / Production host: ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Chemical | #4: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | Y | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.32 Å3/Da / Density % sol: 47.01 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: 100 mM sodium citrate tribasic dihydrate (pH 5.8-6.2), 8-14% (v/v) isopropanol, 8-16% (w/v) PEG 4000 PH range: 5.8-6.2 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: MAR scanner 345 mm plate / Detector: IMAGE PLATE / Date: Oct 8, 2013 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.5418 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.69→40.34 Å / Num. obs: 83492 / % possible obs: 97 % / Redundancy: 6.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 13 / Num. measured all: 553735 / Scaling rejects: 3549 | ||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1VJZ Resolution: 1.69→39.019 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / Phase error: 17.19 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 72.97 Å2 / Biso mean: 16.9021 Å2 / Biso min: 5.23 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 1.69→39.019 Å
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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