PDB-7ef1: crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with an...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7ef1

タイトル

crystal structure of maize SHH2 SAWADEE domain in complex with and H3K9me1 peptide

要素

HB transcription factor
Histone H3.2

キーワード

GENE REGULATION / SAWADEE domain / Maize / SHH2

機能・相同性

機能・相同性情報

chromocenter / structural constituent of chromatin / nucleosome / protein heterodimerization activity / chromatin binding / DNA binding / nucleus / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Zea mays (トウモロコシ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Wang, Y. / Du, J.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J Integr Plant Biol / 年: 2021
タイトル: Recognition of H3K9me1 by maize RNA-directed DNA methylation factor SHH2.
著者: Wang, Y. / Zhou, X. / Luo, J. / Lv, S. / Liu, R. / Du, X. / Jia, B. / Yuan, F. / Zhang, H. / Du, J.

履歴

登録	2021年3月20日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2021年6月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月29日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7ef1.cif.gz	146.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7ef1.ent.gz	113.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7ef1.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7ef1_validation.pdf.gz	450.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7ef1_full_validation.pdf.gz	451.5 KB	表示
XML形式データ	7ef1_validation.xml.gz	15.6 KB	表示
CIF形式データ	7ef1_validation.cif.gz	22 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7ef1 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ef/7ef1	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7eezSC 7ef0C 7ef2C 7ef3C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7ef3-1 7ef2-1 6mx2-7 6mx2-8 7ef3-2 6mx2-6 2agm-d 3byi-1 6mx2-2 1h6h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#112 - 2009年4月 Oct・Sox転写因子 (Oct and Sox Transcription Factors) 類似性 (3) #7 - 2000年7月ヌクレオソーム (Nucleosome) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

登録構造単位

A: HB transcription factor

B: HB transcription factor

P: Histone H3.2

Q: Histone H3.2

ヘテロ分子

38.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: HB transcription factor

P: Histone H3.2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
19.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: HB transcription factor

Q: Histone H3.2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: isothermal titration calorimetry
19.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	64.821, 68.563, 80.976
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	HB transcription factor / Protein SAWADEE HOMEODOMAIN HOMOLOG 2 分子量: 17914.150 Da / 分子数: 2 / 変異: R235G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100279552, HB131, ZEAMMB73_Zm00001d005584 / プラスミド: pET-Sumo / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: B7ZYP9
#2: タンパク質・ペプチド	Histone H3.2 分子量: 1163.351 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Zea mays (トウモロコシ) / 参照: UniProt: P69246
#3: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 234 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M HEPES, pH7.5, 70% MPD

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年6月28日

放射

モノクロメーター: silicon crystal (111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 29252 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.102 / R_pim(I) all: 0.055 / R_rim(I) all: 0.116 / Χ²: 1.043 / Net I/σ(I): 7.4 / Num. measured all: 116568

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.9-1.97	3.9	0.757	2883	0.741	0.421	0.869	0.771	99.5
1.97-2.05	4	0.593	2862	0.831	0.32	0.676	0.846	99.3
2.05-2.14	4.1	0.469	2873	0.879	0.248	0.532	0.862	99.4
2.14-2.25	4	0.341	2892	0.934	0.181	0.388	0.932	99.8
2.25-2.39	4.1	0.263	2877	0.962	0.14	0.299	0.951	99.6
2.39-2.58	4	0.205	2909	0.971	0.11	0.233	1.006	99.8
2.58-2.84	4	0.149	2942	0.98	0.081	0.17	1.215	99.9
2.84-3.25	4	0.09	2958	0.993	0.05	0.103	1.33	100
3.25-4.09	3.9	0.046	2951	0.998	0.026	0.053	1.274	99
4.09-50	3.9	0.034	3105	0.998	0.019	0.04	1.227	99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7EEZ

7eez

解像度: 1.9→34.863 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 20.86 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2259	1476	5.09 %
R_work	0.1912	27505	-
obs	0.193	28981	99.6 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 91.44 Å² / B_iso mean: 32.5679 Å² / B_iso min: 12.66 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.9→34.863 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2478	0	2	234	2714
B_iso mean	-	-	26.36	38.91	-
残基数	-	-	-	-	306

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	2525
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.877	3399
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.034	358
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	451
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.941	953

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.9-1.9613	0.2331	113	0.2157	2483	99
1.9613-2.0314	0.2265	149	0.207	2426	99
2.0314-2.1127	0.2264	147	0.2043	2425	100
2.1127-2.2089	0.2336	143	0.2008	2486	100
2.2089-2.3253	0.2201	124	0.1838	2479	100
2.3253-2.471	0.2246	126	0.1906	2496	100
2.471-2.6617	0.2274	146	0.1957	2468	100
2.6617-2.9294	0.2213	130	0.1935	2518	100
2.9294-3.353	0.2512	143	0.1903	2516	100
3.353-4.2233	0.1959	123	0.1673	2533	99
4.2233-34.863	0.2336	132	0.2001	2675	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5711	4.406	-1.3609	5.5862	-2.1672	6.4274	0.451	0.0823	0.0782	0.4441	-0.0919	0.3978	0.1716	-0.4351	-0.3353	0.2649	-0.0097	-0.0278	0.2212	-0.0073	0.2558	-21.4168	10.4273	-14.566
2	6.1553	2.4465	2.0218	2.2907	2.2993	5.1594	0.2193	0.0066	0.4003	-0.1426	-0.3234	0.0893	-0.2531	-0.1466	0.0242	0.2089	0.0356	-0.0171	0.1155	0.033	0.2003	-15.2418	20.2432	-17.8686
3	3.8847	1.0881	0.6958	5.1419	1.4964	6.5945	-0.0343	0.5806	-0.2365	-0.2983	0.5048	-0.8717	0.0319	0.7711	-0.2645	0.2744	-0.0434	0.0071	0.3076	-0.1171	0.2526	-12.2592	10.5333	-31.958
4	3.4795	-0.0385	0.1676	6.9384	1.2236	5.0634	0.3146	0.2489	0.6267	-0.8245	-0.3353	0.0102	-1.0542	-0.6242	-0.0014	0.3761	0.0691	-0.0427	0.2524	0.0016	0.2142	-19.6993	22.4316	-23.5541
5	3.783	-0.2096	0.0233	1.9645	-1.2222	2.0941	-0.0416	0.0323	-0.0994	-0.1793	0.0408	0.0449	0.2051	-0.196	0.0255	0.1585	-0.0098	-0.0246	0.1344	-0.0034	0.163	-15.1991	13.1714	-15.7726
6	3.8157	-1.2142	0.3677	2.8371	-0.9749	4.0049	-0.1727	-0.1791	0.1994	0.1585	0.0407	-0.0202	-0.329	-0.0111	0.0959	0.1487	0.0083	-0.0225	0.1476	-0.0496	0.1484	-10.5061	18.616	-1.7203
7	6.3064	2.2351	-0.5926	1.1564	-1.7199	6.7861	-0.5211	-1.3395	1.0385	1.3583	0.686	0.5949	-0.2366	-0.3969	-0.0195	0.5027	0.0946	0.0964	0.4361	-0.0366	0.3508	-17.1546	18.0169	13.4689
8	4.7591	1.452	-2.572	4.9108	-1.8292	7.1545	0.0103	-0.4324	0.5437	0.1258	-0.0514	-0.1964	-0.2842	0.3955	0.0947	0.1294	0.003	-0.045	0.1522	-0.0382	0.2048	-3.7935	20.3943	-2.036
9	1.4528	0.8489	0.5504	3.3273	2.0823	3.8104	-0.0405	-0.0229	0.1546	0.1576	0.1041	-0.172	-0.1874	0.0835	-0.0594	0.1721	0.0522	-0.0014	0.1705	-0.0213	0.1906	-12.3281	19.1864	0.1364
10	5.5087	5.0124	-5.2122	6.8372	-5.0418	8.515	0.1593	-0.053	-0.2698	0.7082	0.3196	0.7394	-0.1461	-0.7382	-0.3776	0.2343	-0.0082	0.0512	0.2806	0.0772	0.3288	-19.6903	0.8871	3.1207
11	9.2118	8.2913	2.1286	9.1498	1.6879	4.5593	0.1322	0.0969	-0.5166	-0.2033	-0.1315	0.0291	0.3126	-0.1924	0.1503	0.2142	-0.0053	0.0239	0.301	0.0497	0.2272	-8.9862	-8.2152	5.1225
12	4.6185	3.077	-2.299	3.4197	-2.3288	5.6077	-0.0388	-0.4946	-0.1799	0.0741	-0.2916	-0.2515	0.0616	0.8718	0.1338	0.1793	0.0524	0.0234	0.3255	0.0722	0.2135	2.4501	-6.9384	8.4988
13	5.325	0.9593	-1.7767	3.7231	-1.0275	7.5343	0.3512	-0.3507	0.5132	0.2614	-0.3061	-0.5533	-0.067	1.0721	-0.1561	0.1906	-0.0327	0.0199	0.4036	0.0796	0.2718	-0.2478	-7.3882	17.6962
14	3.0374	0.4492	2.0812	1.9109	-1.6906	7.6128	0.0752	-0.2753	-0.1144	0.0257	-0.0002	-0.0307	-0.1576	-0.0856	-0.0792	0.1379	-0.0045	0.036	0.2114	0.0253	0.226	-3.7899	-3.9335	6.6104
15	4.2665	0.2415	-0.3121	3.5845	0.5632	3.1268	-0.0187	-0.0841	-0.3296	-0.2451	-0.043	-0.2243	0.0355	0.5581	0.0213	0.1497	0.0046	0.0673	0.2158	-0.0025	0.1887	2.8128	-0.8441	-7.3777
16	4.4807	-0.9686	1.408	3.3484	4.898	9.0768	0.3675	0.6803	-0.3756	-0.8694	-0.5874	-0.0628	-0.3751	-0.1615	0.1116	0.3701	0.0326	0.0297	0.2892	-0.086	0.2735	-0.0424	-5.8242	-23.013
17	3.9157	0.322	0.693	2.4686	0.5673	4.0707	-0.1874	0.1781	-0.087	-0.3576	0.2955	-0.3012	-0.1061	0.3962	-0.1216	0.1682	-0.0204	0.0685	0.1545	-0.0542	0.1972	5.3019	1.0335	-8.5336
18	2.5369	-0.9481	2.1403	8.1939	-1.4529	3.9955	0.1681	0.3807	-0.5226	-0.5976	0.0102	1.1936	0.4063	-1.0461	-0.2769	0.2321	-0.0554	-0.0305	0.3466	-0.0503	0.3569	-13.8402	-1.1031	-8.1172
19	7.1764	1.4091	-2.5995	7.7121	-4.6388	3.4309	0.5007	-0.8257	0.1124	0.7175	0.0133	1.2033	-0.3831	0.294	-0.4029	0.3635	-0.0371	0.0169	0.2509	-0.0049	0.3554	-19.1297	25.064	-8.8026
20	2.3234	0.3728	0.2836	7.4989	0.1725	2.8526	-0.2327	0.451	-1.5905	-1.1341	0.239	-0.8745	0.396	1.41	-0.099	0.4206	0.0887	0.116	0.4413	-0.018	0.5329	5.4642	-12.4818	-2.5644

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 131 through 139 )	A	131 - 139
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 140 through 152 )	A	140 - 152
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 153 through 163 )	A	153 - 163
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 164 through 177 )	A	164 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 178 through 194 )	A	178 - 194
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 195 through 228 )	A	195 - 228
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 229 through 239 )	A	229 - 239
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 240 through 250 )	A	240 - 250
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 251 through 262 )	A	251 - 262
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 263 through 278 )	A	263 - 278
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 131 through 139 )	B	131 - 139
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 140 through 152 )	B	140 - 152
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 153 through 177 )	B	153 - 177
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 178 through 194 )	B	178 - 194
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 195 through 228 )	B	195 - 228
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 229 through 239 )	B	229 - 239
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'B' and (resid 240 through 261 )	B	240 - 261
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'B' and (resid 262 through 272 )	B	262 - 272
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'P' and (resid 2 through 10 )	P	2 - 10
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'Q' and (resid 3 through 8 )	Q	3 - 8

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)