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- PDB-7eeo: Bulged-G motif composed of RNA, DNA and 2'-O-methyl RNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7eeo
タイトルBulged-G motif composed of RNA, DNA and 2'-O-methyl RNA
要素DNA/RNA (27-MER)
キーワードDNA-RNA HYBRID / Bulged-G motif / RNA
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA/RNA hybrid / DNA/RNA hybrid (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.701 Å
データ登録者Kondo, J. / Sekiguchi, S.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Bulged-G motif composed of RNA, DNA and 2'-O-methyl RNA
著者: Kondo, J. / Sekiguchi, S.
履歴
登録2021年3月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA/RNA (27-MER)
B: DNA/RNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1795
ポリマ－17,6952
非ポリマー4833
水1448
1
A: DNA/RNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,1703
ポリマ－8,8481
非ポリマー3222
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4050 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area3840 Å2
手法PISA
2
B: DNA/RNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0092
ポリマ－8,8481
非ポリマー1611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint17 kcal/mol
Surface area3600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)24.776, 116.432, 27.904
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.220, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: DNA/RNAハイブリッド DNA/RNA (27-MER)


分子量: 8847.591 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: sodium chloride, MPD, hexammine cobalt, lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.60496 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.60496 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→29.108 Å / Num. obs: 7521 / % possible obs: 90.3 % / 冗長度: 1.565 % / Biso Wilson estimate: 59.23 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 2.452 / Net I/σ(I): 8.33
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.7-2.771.5640.2672.368686515550.8960.37385.3
2.77-2.851.6420.22.828625695250.9450.27992.3
2.85-2.931.5670.1673.397685314900.940.23392.3
2.93-3.021.5880.1544.468595815410.9520.21693.1
3.02-3.121.640.1046.318875865410.980.14592.3
3.12-3.231.5910.096.746974744380.9770.12692.4
3.23-3.351.5590.0697.777225064630.9910.09791.5
3.35-3.491.5730.068.487555304800.9940.08490.6
3.49-3.641.5450.0519.445874283800.9930.07388.8
3.64-3.821.6060.05710.196654504140.9890.07892
3.82-4.031.5250.05511.185844253830.9890.07790.1
4.03-4.271.4930.06711.475244023510.980.09487.3
4.27-4.571.4740.05711.964823773270.9850.0886.7
4.57-4.931.3560.06511.754303653170.9770.09286.8
4.93-5.41.590.04413.554613072900.9920.06194.5
5.4-6.041.5750.04813.964222892680.990.06892.7
6.04-6.971.6280.03914.353892662390.9920.05589.8
6.97-8.541.5380.03614.423002211950.9930.05188.2
8.54-12.081.6060.03314.962281551420.9950.04691.6
12.08-29.1081.520.03214.5611496750.9930.04578.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.17.1精密化
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1Q9A

1q9a


解像度: 2.701→29.108 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.47 / 位相誤差: 35.27 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: The Sf file contains friedel pairs under F_plus and F_minus columns.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2648 756 10.05 %
Rwork0.2068 6765 -
obs0.2128 7521 92.01 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 121.12 Å2 / Biso mean: 49.5215 Å2 / Biso min: 20.95 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.701→29.108 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1023 21 8 1052
Biso mean--62.03 46.46 -
残基数----47
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061161
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5311814
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063216
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.583445
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.701-2.90910.43291470.3563132592
2.9091-3.20150.30461620.2451140394
3.2015-3.6640.25041510.1733137294
3.664-4.61330.20971440.1777132989
4.6133-29.1080.26141520.2053133691

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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