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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7eem | ||||||
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タイトル | RNA bulged-G motif | ||||||
要素 | RNA (27-MER) | ||||||
キーワード | RNA (リボ核酸) / Bulged-G motif | ||||||
機能・相同性 | : / リボ核酸 / RNA (> 10) 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.593 Å | ||||||
データ登録者 | Kondo, J. / Sekiguchi, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: RNA bulged-G motif 著者: Kondo, J. / Sekiguchi, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7eem.cif.gz | 25.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7eem.ent.gz | 15.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7eem.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eem | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 7m3vC 1q9aS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 8744.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-IR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.21 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: sodium cacodylate, MPD, hexammine cobalt, potassium chloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 1.10567 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月2日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.10567 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.59→26.658 Å / Num. obs: 4239 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.397 % / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.747 / Net I/σ(I): 10.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1Q9A 解像度: 2.593→26.658 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / 位相誤差: 28.48 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: The Sf file contains friedel pairs under F_plus and F_minus columns.
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 228.25 Å2 / Biso mean: 24.1093 Å2 / Biso min: 5.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.593→26.658 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 99 %
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