+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7eem | ||||||
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Title | RNA bulged-G motif | ||||||
Components | RNA (27-MER) | ||||||
Keywords | RNA / Bulged-G motif | ||||||
Function / homology | : / RNA / RNA (> 10) Function and homology information | ||||||
Biological species | synthetic construct (others) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / MOLECULAR REPLACEMENT / Resolution: 2.593 Å | ||||||
Authors | Kondo, J. / Sekiguchi, S. | ||||||
Citation | Journal: To Be Published Title: RNA bulged-G motif Authors: Kondo, J. / Sekiguchi, S. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 7eem.cif.gz | 25.7 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb7eem.ent.gz | 15.1 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 7eem.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 7eem_validation.pdf.gz | 394.9 KB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 7eem_full_validation.pdf.gz | 394.9 KB | Display | |
Data in XML | 7eem_validation.xml.gz | 2.8 KB | Display | |
Data in CIF | 7eem_validation.cif.gz | 3.2 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eem ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ee/7eem | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 7m3vC 1q9aS S: Starting model for refinement C: citing same article (ref.) |
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Similar structure data | Similarity search - Function & homologyF&H Search |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
#1: RNA chain | Mass: 8744.255 Da / Num. of mol.: 1 / Source method: obtained synthetically / Source: (synth.) synthetic construct (others) | ||||
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#2: Chemical | ChemComp-IR / #3: Water | ChemComp-HOH / | Has ligand of interest | N | |
-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.02 Å3/Da / Density % sol: 39.21 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop Details: sodium cacodylate, MPD, hexammine cobalt, potassium chloride |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: Photon Factory / Beamline: BL-17A / Wavelength: 1.10567 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: DECTRIS EIGER X 16M / Detector: PIXEL / Date: Jul 2, 2018 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1.10567 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.59→26.658 Å / Num. obs: 4239 / % possible obs: 99.1 % / Redundancy: 3.397 % / Biso Wilson estimate: 34.87 Å2 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.089 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 1.747 / Net I/σ(I): 10.87 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: MOLECULAR REPLACEMENT Starting model: 1Q9A Resolution: 2.593→26.658 Å / SU ML: 0.23 / Cross valid method: THROUGHOUT / σ(F): 1.42 / Phase error: 28.48 / Stereochemistry target values: ML Details: The Sf file contains friedel pairs under F_plus and F_minus columns.
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 228.25 Å2 / Biso mean: 24.1093 Å2 / Biso min: 5.14 Å2 | ||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: final / Resolution: 2.593→26.658 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / % reflection obs: 99 %
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