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- PDB-7edr: The crystal structure of the FERM and C-terminal domain complex o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7edr
タイトルThe crystal structure of the FERM and C-terminal domain complex of Drosophila Merlin
要素(Moesin/ezrin/radixin homolog 2) x 2
キーワードPROTEIN BINDING / NF2/Merlin / close conformation / lipid binding / membrane localization
機能・相同性
機能・相同性情報


Nebenkern / Kibra-Ex-Mer complex / regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / RHO GTPases activate PAKs / apicomedial cortex / subapical part of cell / male meiosis cytokinesis / axis specification / R8 cell fate specification / R8 cell development ...Nebenkern / Kibra-Ex-Mer complex / regulation of compound eye retinal cell programmed cell death / RHO GTPases activate PAKs / apicomedial cortex / subapical part of cell / male meiosis cytokinesis / axis specification / R8 cell fate specification / R8 cell development / cytoplasmic side of apical plasma membrane / pole plasm mRNA localization / compound eye photoreceptor cell differentiation / regulation of hippo signaling / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / compound eye morphogenesis / rhabdomere / regulation of organelle assembly / meiotic chromosome separation / sperm individualization / regulation of gliogenesis / positive regulation of early endosome to late endosome transport / epithelial structure maintenance / positive regulation of hippo signaling / positive regulation of cell-cell adhesion / negative regulation of organ growth / positive regulation of protein localization to early endosome / hippo signaling / endocytic recycling / negative regulation of glial cell proliferation / regulation of cell differentiation / regulation of signal transduction / protein localization to plasma membrane / filopodium / adherens junction / regulation of cell growth / positive regulation of protein phosphorylation / integrin binding / endocytosis / apical part of cell / cell-cell signaling / regulation of cell shape / regulation of cell population proliferation / actin binding / cell cortex / spermatogenesis / cytoskeleton / apical plasma membrane / positive regulation of apoptotic process / negative regulation of cell population proliferation / membrane / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain ...Moesin tail domain superfamily / Ezrin/radixin/moesin / Ezrin/radixin/moesin, C-terminal / ERM family, FERM domain C-lobe / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin family C terminal / Ezrin/radixin/moesin, alpha-helical domain / Ezrin/radixin/moesin-like / FERM, C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM C-terminal PH-like domain / FERM, N-terminal / FERM N-terminal domain / FERM central domain / FERM/acyl-CoA-binding protein superfamily / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / PH-like domain superfamily / Ubiquitin-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Moesin/ezrin/radixin homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.527 Å
データ登録者Zhang, F. / Long, J. / Zhou, H.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31870750 中国
National Natural Science Foundation of China (NSFC)31670758 中国
引用ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2021
タイトル: The crystal structure of the FERM and C-terminal domain complex of Drosophila Merlin.
著者: Zhang, F. / Liu, B. / Gao, Y. / Long, J. / Zhou, H.
履歴
登録2021年3月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02021年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月29日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Moesin/ezrin/radixin homolog 2
C: Moesin/ezrin/radixin homolog 2
B: Moesin/ezrin/radixin homolog 2
D: Moesin/ezrin/radixin homolog 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)101,5524
ポリマ－101,5524
非ポリマー00
水6,918384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12470 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area43730 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)86.464, 100.366, 163.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-726-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Moesin/ezrin/radixin homolog 2 / Ezrin-moesin-radixin 2 / Merlin / dMerlin


分子量: 36555.598 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 8-314 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mer, EMR2, CG14228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24564
#2: タンパク質 Moesin/ezrin/radixin homolog 2 / Ezrin-moesin-radixin 2 / Merlin / dMerlin


分子量: 14220.535 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 510-635 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Drosophila melanogaster (キイロショウジョウバエ)
遺伝子: Mer, EMR2, CG14228 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q24564
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 384 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Sodium cacodylate/Hydrochloric acid, pH 6.5, 1.0 M sodium citrate tribasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.527→50 Å / Num. obs: 48350 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / Rpim(I) all: 0.047 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 2.53→2.57 Å / Num. unique obs: 2354 / CC1/2: 0.892

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10_2155精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZRJ

4zrj


解像度: 2.527→47.976 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.235 2265 4.91 %
Rwork0.1841 43871 -
obs0.1866 46136 95.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 95.05 Å2 / Biso mean: 39.0684 Å2 / Biso min: 12.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.527→47.976 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6997 0 0 384 7381
Biso mean---37.87 -
残基数----849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097145
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9339642
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0521040
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051243
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2824320
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5275-2.58240.24471070.2315191868
2.5824-2.64250.31131210.2372228580
2.6425-2.70860.28191300.2287247187
2.7086-2.78180.3231430.2374264993
2.7818-2.86360.30971310.236280498
2.8636-2.9560.29741350.23472843100
2.956-3.06170.28081610.23632815100
3.0617-3.18420.26721280.21462879100
3.1842-3.32910.23931570.20182860100
3.3291-3.50460.25481610.18442831100
3.5046-3.72410.23411260.17072887100
3.7241-4.01150.20661420.1542884100
4.0115-4.41490.19221440.14612900100
4.4149-5.05320.18151510.13722901100
5.0532-6.36420.24561650.17582911100
6.3642-47.9760.18651630.1717303398

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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